This repository was archived by the owner on Mar 20, 2023. It is now read-only.
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
Expand file tree
/
Copy patha_recombinant.csv
More file actions
We can make this file beautiful and searchable if this error is corrected: It looks like row 2 should actually have 181 columns, instead of 1 in line 1.
21 lines (21 loc) · 7.31 KB
/
a_recombinant.csv
File metadata and controls
21 lines (21 loc) · 7.31 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
Position,78,92,97,98,101,102,103,104,105,106,113,120,121,122,123,124,125,126,127,134,135,137,144,163,174,175,176,180,193,194,200,203,207,208,209,219,228,233,238,239,240,243,252,253,255,256,257,259,261,264,265,266,267,268,269,270,271,272,273,274,275,276,277,278,279,280,281,282,283,284,285,286,287,288,289,290,292,297,299,301,302,307,311,313,314,317,319,325,326,327,341,356,358,359,360,361,362,363,364,368,369,370,374,375,376,377,378,379,380,386,388,389,390,392,393,394,398,403,410,412,413,414,415,419,420,421,424,449,451,454,455,464,469,470,475,476,477,483,486,487,490,498,503,507,513,515,518,521,522,523,524,525,526,527,528,529,530,531,532,535,537,539,540,542,543,544,546,556,560,561,564,571,572,602,615,616,617,618,619,
CORES
HLA-A_01:01:01:01,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_02:01:01:01,T,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,A,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,T,G,G,G,C,G,G,G,G,A,C,G,G,A,A,A,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,C,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,G,C,C,A,G,A,G,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,T,G,G,T,C,T,C,C,A,C,T,A,C,C,C,G,A,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,C,A,A,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,T,G,G,C,G,G,A,T,T,A,G,A,C,G,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_02:05:01,T,A,T,A,C,C,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,A,A,G,C,G,C,G,C,G,G,G,G,A,G,A,A,G,G,T,G,G,G,C,G,G,G,G,A,C,G,G,A,A,A,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,C,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,C,C,C,A,G,A,G,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,T,G,G,T,G,T,C,C,A,C,T,A,C,C,C,G,A,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,C,A,A,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,T,G,G,C,G,G,A,T,G,A,G,A,C,G,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_03:01:01:01,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,G,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,A,G,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,A,G,G,C,G,G,A,T,T,A,G,A,C,T,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_11:01:01:01,C,A,T,A,C,C,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,G,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,A,A,G,A,C,G,C,G,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_24:02:01:01,C,A,T,C,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,G,A,G,G,A,G,G,G,A,A,A,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,A,A,A,C,T,G,C,T,C,T,A,C,C,C,C,C,A,G,A,T,G,T,T,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,A,C,T,A,C,C,C,G,A,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,A,G,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,T,G,G,C,G,G,A,C,A,A,G,A,C,G,A,C,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_26:01:01:01,C,A,T,A,C,C,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,G,A,C,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,G,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,A,G,G,A,C,T,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,C,G,G,G,A,G,C,C,C,A,T,G,A,G,G,C,G,G,A,T,G,A,G,A,C,G,C,G,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_29:02:01:01,C,A,A,C,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,T,G,C,A,G,G,G,A,A,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,T,C,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,G,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,A,C,C,A,G,A,T,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,T,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,C,G,G,G,G,G,C,C,C,G,T,G,T,G,G,C,G,G,A,T,T,A,G,A,C,G,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_30:01:01,C,A,T,C,C,A,T,C,C,G,G,C,A,G,T,G,G,A,G,G,C,T,A,A,G,C,G,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,A,G,G,T,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,G,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,G,G,G,T,C,T,T,G,A,A,C,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,C,G,G,G,G,G,C,C,C,G,T,T,G,G,G,C,G,G,A,T,T,A,G,A,C,G,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_74:01:01,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,T,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,C,A,C,C,A,G,A,T,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,C,C,T,C,C,A,G,G,A,C,C,T,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,C,G,G,G,G,G,C,C,C,G,T,G,T,G,G,C,G,G,A,T,T,A,G,A,C,G,A,C,G,G,T,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_80:01:01:01,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,A,T,G,C,A,C,G,C,A,G,G,G,A,G,A,A,G,A,G,G,G,G,C,G,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,A,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,T,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,G,T,A,G,G,G,G,G,C,C,C,G,T,C,G,G,G,C,G,G,A,C,T,A,G,A,C,G,G,A,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
SNP PARENTS
HLA-A_01:02,C,A,T,C,C,A,T,C,C,G,G,C,A,G,T,G,G,A,G,G,C,T,A,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:12,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,C,C,C,A,T,G,T,G,G,C,G,G,A,C,A,A,G,A,C,G,A,C,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:127,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,A,A,G,A,C,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:13,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,G,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,T,G,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:66,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,G,C,C,A,G,A,G,G,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:67:02,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,C,A,G,G,A,C,G,G,A,A,T,A,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,C,T,G,G,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,
HLA-A_01:83:01,C,A,T,T,C,A,T,C,C,G,G,C,C,G,C,G,G,G,G,G,C,T,C,A,G,C,G,C,G,C,A,A,G,G,A,G,A,A,G,G,G,G,G,G,C,G,G,G,G,A,C,G,G,A,A,A,G,T,G,A,A,G,G,C,C,C,A,C,T,C,A,C,A,G,A,C,G,A,C,A,A,G,C,C,T,G,G,T,A,C,A,A,C,C,A,G,A,T,A,T,A,T,T,G,C,G,A,C,G,C,G,G,A,G,G,G,T,C,T,C,C,G,G,G,A,C,C,C,G,C,G,C,T,T,C,G,C,A,T,G,A,T,A,G,G,G,G,G,T,C,C,A,T,G,C,G,G,C,G,G,A,C,G,A,G,A,T,G,C,G,G,C,G,G,G,C,A,C,G,