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Commit e3bd000

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1 parent b128d25 commit e3bd000

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13 files changed

+82
-84
lines changed

‎docs/source/conf.py‎

Lines changed: 8 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -154,7 +154,7 @@
154154
# html_logo = None
155155

156156
# The name of an image file (relative to this directory) to use as a favicon of
157-
# the docs. This file should be a Windows icon file (.ico) being 16x16 or 32x32
157+
# the docs. This file should be a Windows icon file (.ico) being 16x16 or 32x32
158158
# pixels large.
159159
#
160160
# html_favicon = None
@@ -265,7 +265,13 @@
265265
# (source start file, target name, title,
266266
# author, documentclass [howto, manual, or own class]).
267267
latex_documents = [
268-
(master_doc, "PySUS.tex", "PySUS Documentation", "Flavio Codeco Coelho", "manual"),
268+
(
269+
master_doc,
270+
"PySUS.tex",
271+
"PySUS Documentation",
272+
"Flavio Codeco Coelho",
273+
"manual"
274+
),
269275
]
270276

271277
# The name of an image file (relative to this directory) to place at the top of

‎pysus/__init__.py‎

Lines changed: 0 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -3,8 +3,6 @@
33

44
from importlib import metadata as importlib_metadata
55

6-
from . import preprocessing, utilities
7-
86

97
def get_version() -> str:
108
try:

‎pysus/data/__init__.py‎

Lines changed: 0 additions & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,4 +1,3 @@
1-
import logging
21
import os
32
import struct
43
from datetime import datetime

‎pysus/ftp/__init__.py‎

Lines changed: 3 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -5,7 +5,7 @@
55
import pathlib
66
from datetime import datetime
77
from ftplib import FTP
8-
from typing import Any, Dict, List, Optional, Set, Tuple, Union
8+
from typing import Any, Dict, List, Optional, Tuple, Union
99

1010
import humanize
1111
from aioftp import Client
@@ -473,8 +473,8 @@ def __repr__(self) -> str:
473473
def content(self) -> List[Union[Directory, File]]:
474474
"""
475475
Lists Database content. The `paths` will be loaded if this property is
476-
called or if explicitly using `load()`. To add specific Directory inside
477-
content, `load()` the directory and call `content` again.
476+
called or if explicitly using `load()`. To add specific Directory
477+
inside content, `load()` the directory and call `content` again.
478478
"""
479479
if not self.__content__:
480480
logger.info(

‎pysus/ftp/databases/ciha.py‎

Lines changed: 17 additions & 14 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -11,20 +11,23 @@ class CIHA(Database):
1111
"long_name": "Comunicação de Internação Hospitalar e Ambulatorial",
1212
"source": "http://ciha.datasus.gov.br/CIHA/index.php",
1313
"description": (
14-
"A CIHA foi criada para ampliar o processo de planejamento, programação, "
15-
"controle, avaliação e regulação da assistência à saúde permitindo um "
16-
"conhecimento mais abrangente e profundo dos perfis nosológico e "
17-
"epidemiológico da população brasileira, da capacidade instalada e do "
18-
"potencial de produção de serviços do conjunto de estabelecimentos de saúde "
19-
"do País. O sistema permite o acompanhamento das ações e serviços de saúde "
20-
"custeados por: planos privados de assistência à saúde; planos públicos; "
21-
"pagamento particular por pessoa física; pagamento particular por pessoa "
22-
"jurídica; programas e projetos federais (PRONON, PRONAS, PROADI); recursos "
23-
"próprios das secretarias municipais e estaduais de saúde; DPVAT; gratuidade "
24-
"e, a partir da publicação da Portaria GM/MS nº 2.905/2022, consórcios públicos. "
25-
"As informações registradas na CIHA servem como base para o processo de "
26-
"Certificação de Entidades Beneficentes de Assistência Social em Saúde (CEBAS) "
27-
"e para monitoramento dos programas PRONAS e PRONON."
14+
"A CIHA foi criada para ampliar o processo de planejamento, "
15+
"programação, controle, avaliação e regulação da assistência à "
16+
"saúde permitindo um conhecimento mais abrangente e profundo dos "
17+
"perfis nosológico e epidemiológico da população brasileira, da "
18+
"capacidade instalada e do potencial de produção de serviços do "
19+
"conjunto de estabelecimentos de saúde do País. O sistema permite "
20+
"o acompanhamento das ações e serviços de saúde custeados "
21+
"por: planos privados de assistência à saúde; planos públicos; "
22+
"pagamento particular por pessoa física; pagamento particular por "
23+
"pessoa jurídica; programas e projetos federais (PRONON, PRONAS, "
24+
"PROADI); recursos próprios das secretarias municipais e estaduais"
25+
" de saúde; DPVAT; gratuidade e, a partir da publicação da "
26+
"Portaria GM/MS nº 2.905/2022, consórcios públicos. As "
27+
"informações registradas na CIHA servem como base para o processo "
28+
"de Certificação de Entidades Beneficentes de Assistência Social "
29+
"em Saúde (CEBAS) e para monitoramento dos programas PRONAS e "
30+
"PRONON"
2831
),
2932
}
3033
groups = {

‎pysus/ftp/databases/ibge_datasus.py‎

Lines changed: 2 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,8 +1,7 @@
11
from typing import List, Literal, Optional, Union
22

3-
from loguru import logger
43
from pysus.ftp import Database, Directory, File
5-
from pysus.ftp.utils import to_list, zfill_year
4+
from pysus.ftp.utils import zfill_year
65

76

87
class IBGEDATASUS(Database):
@@ -12,7 +11,7 @@ class IBGEDATASUS(Database):
1211
Directory("/dissemin/publicos/IBGE/censo"),
1312
Directory("/dissemin/publicos/IBGE/POPTCU"),
1413
Directory("/dissemin/publicos/IBGE/projpop"),
15-
# Directory("/dissemin/publicos/IBGE/Auxiliar") # this has a different file name pattern
14+
# Directory("/dissemin/publicos/IBGE/Auxiliar") # this has a different file name pattern # noqa
1615
)
1716
metadata = {
1817
"long_name": "Populaçao Residente, Censos, Contagens "

‎pysus/ftp/databases/sih.py‎

Lines changed: 10 additions & 9 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -13,20 +13,21 @@ class SIH(Database):
1313
metadata = {
1414
"long_name": "Sistema de Informações Hospitalares",
1515
"source": (
16-
"https://datasus.saude.gov.br/acesso-a-informacao/morbidade-hospitalar-do-sus-sih-sus/",
17-
"https://datasus.saude.gov.br/acesso-a-informacao/producao-hospitalar-sih-sus/",
16+
"https://datasus.saude.gov.br/acesso-a-informacao/morbidade-hospitalar-do-sus-sih-sus/", # noqa
17+
"https://datasus.saude.gov.br/acesso-a-informacao/producao-hospitalar-sih-sus/", # noqa
1818
),
1919
"description": (
2020
"A finalidade do AIH (Sistema SIHSUS) é a de transcrever todos os "
2121
"atendimentos que provenientes de internações hospitalares que "
2222
"foram financiadas pelo SUS, e após o processamento, gerarem "
23-
"relatórios para os gestores que lhes possibilitem fazer os pagamentos "
24-
"dos estabelecimentos de saúde. Além disso, o nível Federal recebe "
25-
"mensalmente uma base de dados de todas as internações autorizadas "
26-
"(aprovadas ou não para pagamento) para que possam ser repassados às "
27-
"Secretarias de Saúde os valores de Produção de Média e Alta complexidade "
28-
"além dos valores de CNRAC, FAEC e de Hospitais Universitários – em suas "
29-
"variadas formas de contrato de gestão."
23+
"relatórios para os gestores que lhes possibilitem fazer os "
24+
"pagamentos dos estabelecimentos de saúde. Além disso, o nível "
25+
"Federal recebe mensalmente uma base de dados de todas as "
26+
"internações autorizadas (aprovadas ou não para pagamento) para "
27+
"que possam ser repassados às Secretarias de Saúde os valores de "
28+
"Produção de Média e Alta complexidade além dos valores de CNRAC, "
29+
"FAEC e de Hospitais Universitários – em suas variadas formas de "
30+
"contrato de gestão."
3031
),
3132
}
3233
groups = {

‎pysus/ftp/databases/territory.py‎

Lines changed: 0 additions & 11 deletions
This file was deleted.

‎pysus/online_data/Infogripe.py‎

Lines changed: 4 additions & 4 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -4,12 +4,12 @@
44

55
import pandas as pd
66

7-
BASEURL = r"https://gitlab.fiocruz.br/marcelo.gomes/infogripe/-/raw/master/Dados/InfoGripe/"
7+
BASEURL = r"https://gitlab.fiocruz.br/marcelo.gomes/infogripe/-/raw/master/Dados/InfoGripe/" # noqa
88
DATASETS = {
99
"Alerta de situação": r"tabela_de_alerta.csv",
10-
"Casos por idade, sexo e virus": r"dados_semanais_faixa_etaria_sexo_virus.csv.gz",
11-
"Casos Totais e estimativas": r"serie_temporal_com_estimativas_recentes.csv.gz",
12-
"Valores esperados por localidades": "valores_esperados_por_localidade.csv",
10+
"Casos por idade, sexo e virus": r"dados_semanais_faixa_etaria_sexo_virus.csv.gz", # noqa
11+
"Casos Totais e estimativas": r"serie_temporal_com_estimativas_recentes.csv.gz", # noqa
12+
"Valores esperados por localidades": "valores_esperados_por_localidade.csv", # noqa
1313
}
1414

1515

‎pysus/online_data/SIM.py‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -227,7 +227,7 @@ def get_municipios(cache=True):
227227
try:
228228
ftp.retrbinary("RETR {}".format(fname), open(fname, "wb").write)
229229

230-
except:
230+
except Exception:
231231
raise Exception("Could not download {}".format(fname))
232232

233233
dbf = DBF(fname, encoding="iso-8859-1")
@@ -272,7 +272,7 @@ def get_ocupations(cache=True):
272272
try:
273273
ftp.retrbinary("RETR {}".format(fname), open(fname, "wb").write)
274274

275-
except:
275+
except Exception:
276276
raise Exception("Could not download {}".format(fname))
277277

278278
dbf = DBF(fname, encoding="iso-8859-1")

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