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ENDNOTE_EXPORT.md

File metadata and controls

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EndNote导出功能使用指南

🎯 功能概述

EndNote导出功能是MCP PubMed服务器的核心特性，自动将搜索到的论文转换为EndNote兼容的格式，为研究人员提供一键导入文献管理工具的便利。

🚀 核心特性

1. 自动导出

  • 默认开启: 每次搜索自动导出论文
  • 双格式支持: 同时生成RIS和BibTeX格式
  • 智能缓存: 避免重复导出相同论文

2. 格式支持

  • RIS格式: EndNote、Zotero、Mendeley等主流工具支持
  • BibTeX格式: LaTeX、Overleaf等学术写作工具支持
  • 标准兼容: 遵循国际标准格式规范

3. 文件管理

  • 自动命名: 使用PMID作为文件名
  • 索引管理: 完整的导出记录和统计
  • 清理机制: 自动清理过期文件

🛠️ 使用方法

环境配置

在 .env 文件中配置：

# EndNote导出配置
ENDNOTE_EXPORT=enabled  # enabled, disabled

自动导出

每次使用 pubmed_search 搜索时，系统会自动导出论文：

{
  "name": "pubmed_search",
  "arguments": {
    "query": "machine learning healthcare",
    "max_results": 10
  }
}

返回结果包含导出信息:

{
  "success": true,
  "total": 150,
  "found": 10,
  "articles": [...],
  "endnote_export": {
    "success": true,
    "exported": 10,
    "failed": 0,
    "results": [...]
  }
}

手动管理

使用 pubmed_endnote_status 工具管理导出：

{
  "name": "pubmed_endnote_status",
  "arguments": {
    "action": "stats"  // stats, list, clean, clear
  }
}

📁 文件结构

目录结构

cache/
├── papers/           # 论文元数据缓存
├── fulltext/         # 全文PDF缓存
├── endnote/          # EndNote导出文件
│   ├── index.json   # 导出索引
│   ├── 26000488.ris # RIS格式文件
│   ├── 26000488.bib # BibTeX格式文件
│   └── 26000487.ris
└── index.json       # 主索引文件

文件格式

RIS格式示例

TY  - JOUR
TI  - Machine Learning in Healthcare: A Systematic Review
AU  - Smith, John
AU  - Doe, Jane
T2  - Nature Medicine
PY  - 2024
VL  - 30
IS  - 3
SP  - 123-145
DO  - 10.1038/s41591-024-12345-6
PMID - 26000488
AB  - This systematic review examines the applications of machine learning...
KW  - machine learning
KW  - healthcare
KW  - artificial intelligence
LA  - eng
DB  - PubMed
ER  -

BibTeX格式示例

@article{smith202426000488,
  title = {Machine Learning in Healthcare: A Systematic Review},
  author = {Smith, John and Doe, Jane},
  journal = {Nature Medicine},
  year = {2024},
  volume = {30},
  number = {3},
  pages = {123-145},
  doi = {10.1038/s41591-024-12345-6},
  pmid = {26000488},
  abstract = {This systematic review examines the applications of machine learning...},
  publisher = {PubMed},
  url = {https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26000488/},
}

📊 使用示例

示例1: 查看导出状态

{
  "name": "pubmed_endnote_status",
  "arguments": {
    "action": "stats"
  }
}

返回结果:

{
  "success": true,
  "action": "stats",
  "endnote_export": {
    "enabled": true,
    "directory": "/path/to/cache/endnote",
    "totalExports": 25,
    "risFiles": 25,
    "bibtexFiles": 25,
    "lastExport": "2024-01-15T10:30:00.000Z",
    "supportedFormats": ["ris", "bibtex"]
  }
}

示例2: 列出导出的论文

{
  "name": "pubmed_endnote_status",
  "arguments": {
    "action": "list"
  }
}

返回结果:

{
  "success": true,
  "action": "list",
  "exported_papers": [
    {
      "pmid": "26000488",
      "title": "Machine Learning in Healthcare",
      "formats": {
        "ris": {
          "success": true,
          "filePath": "/path/to/cache/endnote/26000488.ris"
        },
        "bibtex": {
          "success": true,
          "filePath": "/path/to/cache/endnote/26000488.bib"
        }
      },
      "exported": "2024-01-15T10:30:00.000Z"
    }
  ],
  "total": 25
}

示例3: 清理过期文件

{
  "name": "pubmed_endnote_status",
  "arguments": {
    "action": "clean"
  }
}

返回结果:

{
  "success": true,
  "action": "clean",
  "message": "Cleaned 5 expired EndNote export files"
}

🔧 技术实现

导出流程

搜索论文 → 提取元数据 → 生成RIS格式 → 生成BibTeX格式 → 保存文件 → 更新索引

元数据提取

  • 标题: 论文标题
  • 作者: 作者列表
  • 期刊: 期刊名称
  • 日期: 发表日期
  • 卷期: 卷号、期号、页码
  • 标识符: DOI、PMID、PMC ID
  • 摘要: 论文摘要
  • 关键词: 关键词列表

格式生成

  • RIS格式: 遵循RIS标准，包含所有必要字段
  • BibTeX格式: 生成标准BibTeX条目，支持LaTeX引用
  • 文件命名: 使用PMID确保唯一性

⚡ 性能优化

缓存策略

  • 智能缓存: 避免重复导出相同论文
  • 增量更新: 只导出新搜索的论文
  • 索引管理: 实时更新导出统计

文件管理

  • 自动清理: 30天过期文件自动清理
  • 存储优化: 最小化文件大小
  • 错误处理: 完善的异常处理机制

🔍 故障排除

常见问题

  1. "EndNote export is disabled"

    • 检查 ENDNOTE_EXPORT 环境变量
    • 确保设置为 enabled

  2. "Export failed"

    • 检查缓存目录权限
    • 确认磁盘空间充足

  3. "File not found"

    • 检查文件是否被意外删除
    • 重新搜索论文触发导出

  4. "Format error"

    • 检查元数据完整性
    • 查看详细错误日志

调试模式

# 启用详细日志
NODE_ENV=development node src/index.js

# 检查导出状态
# 使用 pubmed_endnote_status 工具

📈 使用场景

1. 学术研究

  • 自动建立文献库
  • 支持多种文献管理工具
  • 便于引用和写作

2. 文献综述

  • 批量导入相关文献
  • 统一格式管理
  • 支持协作研究

3. 论文写作

  • 直接导入LaTeX项目
  • 支持Overleaf等在线工具
  • 自动生成参考文献

🎯 最佳实践

1. 环境配置

# 推荐配置
ENDNOTE_EXPORT=enabled
FULLTEXT_MODE=enabled

2. 文件管理

  • 定期清理过期文件
  • 备份重要导出文件
  • 监控存储空间使用

3. 工具集成

  • 使用EndNote导入RIS文件
  • 使用Zotero导入RIS文件
  • 使用LaTeX导入BibTeX文件

🔒 注意事项

版权合规

  • 仅导出公开可用的元数据
  • 不包含受版权保护的内容
  • 遵守学术使用规范

数据安全

  • 本地存储，保护隐私
  • 定期备份重要文件
  • 注意文件访问权限

格式兼容

  • RIS格式兼容性最好
  • BibTeX适合LaTeX用户
  • 支持主流文献管理工具

🚀 未来改进

计划功能

  • 批量导出: 支持批量下载所有导出文件
  • 格式转换: 支持更多导出格式
  • 云端同步: 支持云存储同步

性能优化

  • 并行处理: 多线程导出支持
  • 压缩存储: 文件压缩减少存储空间
  • 智能去重: 自动识别重复论文

🎉 EndNote导出功能让文献管理更加高效！

通过自动导出RIS和BibTeX格式，您可以轻松将PubMed搜索结果导入到任何文献管理工具中，大大提升研究效率。