v3.4.1 BUGFIX : explizit seed

Author: martin-raden

ChangeLog

@@ -11,11 +11,28 @@
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 # IntaRNA
-- BUGFIX : seed order check was buggy
 
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+
+
+################################################################################
+### version 3.4.1
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+
+# IntaRNA
+- BUGFIX : seed order check was buggy
+- BUGFIX : explizit seed : wrong direction of query base pair parsing (thanks to Tim15-tech)
+
+################################################################################  
+################################################################################  
+
+240918 Martin Raden
+ * IntaRNA/SeedHandlerExplicit :
+   * SeedData() :
+     + BUGFIX : reversal of dotBar2 was missing
+
 240430 Martin Raden
  * IntaRNA/PredictorMfeEns :
    * updateZ()

src/IntaRNA/SeedHandlerExplicit.cpp

@@ -349,6 +349,8 @@ SeedData( const std::string & seedEncoding, const InteractionEnergy & energyFunc
 				// seed exceeds sequence end
 				start2 = std::string::npos;
 			}
+			// reverse dotBar2
+			std::reverse(dotBar2.begin(), dotBar2.end());
 		}
 	}