Skip to content

Commit 7cb04b4

Browse files
elgabbaselgabbas
committed
Fix prepare_data
1 parent b174607 commit 7cb04b4

10 files changed

+83
-70
lines changed

‎R/mod_prepare_data.R‎

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -360,7 +360,7 @@ mod_prepare_data <- function(
360360
ecokit::cat_time("Road intensity", level = 2L, verbose = verbose_progress)
361361

362362
# road intensity of any road type
363-
r_road_int <- fs::path(path_roads, "poad_length.RData")
363+
r_road_int <- fs::path(path_roads, "road_length.RData")
364364
if (!fs::file_exists(r_road_int)) {
365365
ecokit::stop_ctx(
366366
"r_road_int file does not exist", r_road_int = r_road_int,

‎vignettes/Example_LF_NewSites_Commands.txt‎

Lines changed: 15 additions & 15 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,15 +1,15 @@
1-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch001.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch001.feather --denom 225758 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch001.log 2>&1
2-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch002.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch002.feather --denom 211111 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch002.log 2>&1
3-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch003.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch003.feather --denom 240404 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch003.log 2>&1
4-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch004.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch004.feather --denom 196465 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch004.log 2>&1
5-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch005.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch005.feather --denom 196465 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch005.log 2>&1
6-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch006.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch006.feather --denom 211111 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch006.log 2>&1
7-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch007.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch007.feather --denom 225758 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch007.log 2>&1
8-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch008.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch008.feather --denom 181818 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch008.log 2>&1
9-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch009.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch009.feather --denom 255051 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch009.log 2>&1
10-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch010.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch010.feather --denom 240404 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch010.log 2>&1
11-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch011.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch011.feather --denom 167172 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch011.log 2>&1
12-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch012.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch012.feather --denom 269697 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch012.log 2>&1
13-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch013.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch013.feather --denom 255051 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch013.log 2>&1
14-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch014.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch014.feather --denom 269697 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch014.log 2>&1
15-
python3 crossprod_solve.py --s1 LF_3_Test_s1.feather --s2 LF_3_Test_s2.feather --post_eta LF_3_Test_postEta_ch015.feather --path_out LF_3_Test_etaPred_ch015.feather --denom 181818 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> LF_3_Test_etaPred_ch015.log 2>&1
1+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch001.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch001.feather --denom 225758 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch001.log 2>&1
2+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch002.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch002.feather --denom 211111 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch002.log 2>&1
3+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch003.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch003.feather --denom 240404 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch003.log 2>&1
4+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch004.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch004.feather --denom 196465 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch004.log 2>&1
5+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch005.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch005.feather --denom 196465 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch005.log 2>&1
6+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch006.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch006.feather --denom 211111 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch006.log 2>&1
7+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch007.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch007.feather --denom 225758 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch007.log 2>&1
8+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch008.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch008.feather --denom 181818 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch008.log 2>&1
9+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch009.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch009.feather --denom 255051 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch009.log 2>&1
10+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch010.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch010.feather --denom 240404 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch010.log 2>&1
11+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch011.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch011.feather --denom 167172 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch011.log 2>&1
12+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch012.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch012.feather --denom 269697 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch012.log 2>&1
13+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch013.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch013.feather --denom 255051 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch013.log 2>&1
14+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch014.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch014.feather --denom 269697 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch014.log 2>&1
15+
python3 crossprod_solve.py --s1 lf_3_Test_s1.feather --s2 lf_3_Test_s2.feather --post_eta lf_3_Test_postEta_ch015.feather --path_out lf_3_Test_etaPred_ch015.feather --denom 181818 --chunk_size 1000 --threshold_mb 2000 --solve_chunk_size 50 --verbose >> lf_3_Test_etaPred_ch015.log 2>&1

‎vignettes/Example_LF_SLURM.slurm‎

Lines changed: 3 additions & 3 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
11
#!/bin/bash
2-
#SBATCH --job-name=PP_LF
2+
#SBATCH --job-name=PP_lf
33
#SBATCH --ntasks=1
44
#SBATCH --ntasks-per-node=1
55
#SBATCH --account=project_465001588
@@ -15,11 +15,11 @@
1515
OutputDir="datasets/processed/model_fitting/TF_BatchFiles"
1616

1717
# Find all the split files and sort them explicitly
18-
SplitFiles=($(find "$OutputDir" -type f -name "TF_Chunk_*.txt" | sort -V))
18+
SplitFiles=($(find "$OutputDir" -type f -name "tf_chunk_*.txt" | sort -V))
1919

2020
# Check if files were found
2121
if [ ${#SplitFiles[@]} -eq 0 ]; then
22-
echo "Error: No files matching TF_Chunk_*.txt found in $OutputDir"
22+
echo "Error: No files matching tf_chunk_*.txt found in $OutputDir"
2323
exit 1
2424
fi
2525

‎vignettes/Example_SLURM.txt‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -5,8 +5,8 @@
55
# -----------------------------------------------------------
66
#SBATCH --job-name=Hab1
77
#SBATCH --ntasks=1
8-
#SBATCH --output=datasets/processed/model_fitting/Mod_Riv_Hab1/Model_Fitting_HPC/JobsLog/%x-%A-%a.out
9-
#SBATCH --error=datasets/processed/model_fitting/Mod_Riv_Hab1/Model_Fitting_HPC/JobsLog/%x-%A-%a.out
8+
#SBATCH --output=datasets/processed/model_fitting/Mod_Riv_Hab1/model_fitting_hpc/JobsLog/%x-%A-%a.out
9+
#SBATCH --error=datasets/processed/model_fitting/Mod_Riv_Hab1/model_fitting_hpc/JobsLog/%x-%A-%a.out
1010
#SBATCH --account=project_465001588
1111
#SBATCH --cpus-per-task=1
1212
#SBATCH --gpus-per-node=1

0 commit comments

Comments
 (0)