Creating a Biogears Runtime Directory

Introduction

A valid run time directory is required for any use of the core features of BioGears libraries. Several IO requirements exist for BioGears including the existence of log configuration files along with definitions for substances, patients, and the surrounding environment. If you have built BioGearsfrom scratch an example of this runtime directory is created by the build system using files provided in the source releases ${ROOT}/share/ folder. The location of this example directory is ${BUILD_DIR}/runtime

However the runtime directory created contains more then the files which are required for BioGears to run. The following is a minimum example of the BioGears runtime directory.

   runtime/
   ├──ecg/
   │    └── StandardECG.xml
   ├──environments/
   │   ├── AnchorageDecember.xml
   │   ├── AnchorageInside.xml
   │   ├── CarbonMonoxideAtmospheric.xml
   │   ├── CheyenneMountainAmbulance.xml
   │   ├── CheyenneMountainAprilCool.xml
   │   ├── CheyenneMountainAprilWarm.xml
   │   ├── CheyenneMountainFireFighter.xml
   │   ├── ExerciseEnvironment.xml
   │   ├── Hypobaric3000m.xml
   │   ├── Hypobaric4000m.xml
   │   ├── Standard.xml
   │   ├── Submerged.xml
   │   └── SubmergedFreezing.xml
   ├──log4j.properties
   ├──nutrition/
   │  ├── NoMacros.xml
   │  ├── Soylent.xml
   │  ├── Standard.xml
   │  └── Water.xml
   ├──override/
   │   └── BioGearsOverride.xml
   ├──patients/
   │  ├── DefaultFemale.xml
   │  └── DefaultMale.xml
   ├──Scenarios/
   ├──states/
   ├──substances/
   │  ├── Acetoacetate.xml
   │  ├── Albumin.xml
   │  ├── Albuterol.xml
   │  ├── AminoAcids.xml
   │  ├── Antigen_A.xml
   │  ├── Antigen_B.xml
   │  ├── Bicarbonate.xml
   │  ├── Blood_ABNegative.xml
   │  ├── Blood_ABPositive.xml
   │  ├── Blood_ANegative.xml
   │  ├── Blood_APositive.xml
   │  ├── Blood_BNegative.xml
   │  ├── Blood_BPositive.xml
   │  ├── Blood_ONegative.xml
   │  ├── Blood_OPositive.xml
   │  ├── Calcium.xml
   │  ├── Carbaminohemoglobin.xml
   │  ├── CarbonDioxide.xml
   │  ├── CarbonMonoxide.xml
   │  ├── Carboxyhemoglobin.xml
   │  ├── Chloride.xml
   │  ├── Creatinine.xml
   │  ├── Desflurane.xml
   │  ├── Epinephrine.xml
   │  ├── Ertapenem.xml
   │  ├── Fentanyl.xml
   │  ├── ForestFireParticulate.xml
   │  ├── Furosemide.xml
   │  ├── Globulin.xml
   │  ├── Glucagon.xml
   │  ├── Glucose.xml
   │  ├── Hemoglobin.xml
   │  ├── Insulin.xml
   │  ├── Ketamine.xml
   │  ├── Ketones.xml
   │  ├── Lactate.xml
   │  ├── Midazolam.xml
   │  ├── Morphine.xml
   │  ├── Moxifloxacin.xml
   │  ├── Naloxone.xml
   │  ├── Nitrogen.xml
   │  ├── Norepinephrine.xml
   │  ├── OxyCarbaminohemoglobin.xml
   │  ├── Oxygen.xml
   │  ├── Oxyhemoglobin.xml
   │  ├── Piperacillin.xml
   │  ├── PiperacillinTazobactam.xml
   │  ├── Plasma.xml
   │  ├── Platelet.xml
   │  ├── Potassium.xml
   │  ├── Pralidoxime.xml
   │  ├── Prednisone.xml
   │  ├── Propofol.xml
   │  ├── RedBloodCell.xml
   │  ├── RingersLactate.xml
   │  ├── Rocuronium.xml
   │  ├── Saline.xml
   │  ├── SalineSlowDrip.xml
   │  ├── Sarin.xml
   │  ├── Sodium.xml
   │  ├── Succinylcholine.xml
   │  ├── Tazobactam.xml
   │  ├── TranexamicAcid.xml
   │  ├── Triacylglycerol.xml
   │  ├── Tristearin.xml
   │  ├── Urea.xml
   │  ├── Vasopressin.xml
   │  └── WhiteBloodCell.xml
   └──xsd/
      ├── BioGearsDataModel.xsd
      ├── CommonDataModel.xsd
      ├── biogears/
      │   ├── BioGears.xsd
      │   ├── BioGearsConfiguration.xsd
      │   ├── BioGearsEnvironment.xsd
      │   ├── BioGearsEquipment.xsd
      │   └── BioGearsPhysiology.xsd
      └── cdm/
          ├── Anesthesia.xsd
          ├── AnesthesiaActions.xsd
          ├── Circuit.xsd
          ├── Compartment.xsd
          ├── ElectroCardioGram.xsd
          ├── EngineConfiguration.xsd
          ├── EngineState.xsd
          ├── Environment.xsd
          ├── EnvironmentActions.xsd
          ├── EnvironmentConditions.xsd
          ├── Inhaler.xsd
          ├── InhalerActions.xsd
          ├── Patient.xsd
          ├── PatientActions.xsd
          ├── PatientAssessments.xsd
          ├── PatientConditions.xsd
          ├── PatientNutrition.xsd
          ├── Physiology.xsd
          ├── Properties.xsd
          ├── Scenario.xsd
          ├── Substance.xsd
          ├── SubstanceQuantity.xsd
          ├── System.xsd
          └── TestReport.xsd

Scenarios

States