在《数据库原理》一书中是这么解释聚簇索引和非聚簇索引的区别的：
聚簇索引的叶子节点就是数据节点，而非聚簇索引的叶子节点仍然是索引节点，只不过有指向对应数据块的指针。
怎么理解呢？
聚簇索引的顺序，就是数据在硬盘上的物理顺序。一般情况下主键就是默认的聚簇索引。
一张表只允许存在一个聚簇索引，因为真实数据的物理顺序只能有一种。如果一张表上还没有聚簇索引，为它新创建聚簇索引时，就需要对已有数据重新进行排序，所以对表进行修改速度较慢是聚簇索引的缺点，对于经常更新的列不宜建立聚簇索引。
聚簇索引性能最好，因为一旦具有第一个索引值的记录被找到，具有连续索引值的记录也一定物理地紧跟其后。一张表只能有一个聚簇索引，所以非常珍贵，必须慎重设置，一般要根据这个表最常用的 SQL 查询方式选择某个（或多个）字段作为聚簇索引（或复合聚簇索引）。
聚簇索引默认是主键，如果表中没有定义主键，InnoDB 会选择一个唯一的非空索引代替（“唯一的非空索引”是指列不能出现 null 值的唯一索引，跟主键性质一样）。如果没有这样的索引，InnoDB 会隐式地定义一个主键来作为聚簇索引。
MyISAM 引擎使用 B+Tree 作为索引结构，叶节点的 data 域存放的是数据记录的地址。
在 MyISAM 中，主索引和辅助索引（Secondary key）在结构上没有任何区别，只是主索引要求 key 是唯一的，而辅助索引的 key 可以重复。
因此，MyISAM 中索引检索的算法为首先按照 B+Tree 搜索算法搜索索引，如果指定的 Key 存在，则取出其 data 域的值，然后以 data 域的值为地址，读取相应数据记录。
MyISAM 的索引方式也叫做“非聚集”的，之所以这么称呼是为了与 InnoDB 的聚集索引区分。
虽然 InnoDB 也使用 B+Tree 作为索引结构，但具体实现方式却与 MyISAM 截然不同。
第一个重大区别是 InnoDB 的数据文件本身就是索引文件。MyISAM 索引文件和数据文件是分离的，索引文件仅保存数据记录的地址。而在 InnoDB 中，表数据文件本身就是按 B+Tree 组织的一个索引结构，这棵树的叶节点 data 域保存了完整的数据记录。这个索引的 key 是数据表的主键，因此 InnoDB 表数据文件本身就是主索引。
InnoDB 中的索引即数据，数据即索引，而 MyISAM 中却是索引是索引、数据是数据。
主索引 (Primary Key)
叶节点包含了完整的数据记录。这种索引叫做聚集索引。因为 InnoDB 的数据文件本身要按主键聚集，所以 InnoDB 要求表必须有主键（MyISAM 可以没有），如果没有显式指定，则 MySQL 系统会自动选择一个可以唯一标识数据记录的列作为主键，如果不存在这种列，则 MySQL 自动为 InnoDB 表生成一个隐含字段作为主键，这个字段长度为 6 个字节，类型为长整型。
辅助索引(Secondary Key)
第二个与 MyISAM 索引的不同是 InnoDB 的辅助索引 data 域存储相应记录主键的值而不是地址。换句话说，InnoDB 的所有辅助索引都引用主键作为 data 域。
聚集索引这种实现方式使得按主键的搜索十分高效，但是辅助索引搜索需要检索两遍索引：首先检索辅助索引获得主键，然后用主键到主索引中检索获得记录。
了解不同存储引擎的索引实现方式对于正确使用和优化索引都非常有帮助，例如知道了 InnoDB 的索引实现后，就很容易明白为什么不建议使用过长的字段作为主键，因为所有辅助索引都引用主索引，过长的主索引会令辅助索引变得过大。再例如，用非单调的字段作为主键在 InnoDB 中不是个好主意，因为 InnoDB 数据文件本身是一棵 B+Tree，非单调的主键会造成在插入新记录时数据文件为了维持 B+Tree 的特性而频繁的分裂调整，十分低效，而使用自增字段作为主键则是一个很好的选择。