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Commit 52f86bb

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HanatoKHanatoK
committed
build: update NAMD build files
This commit moves all object files of the CUDAGM plugin into its own Makefile.namd, and conditionally compiles them when NAMD is built with NVCC.
1 parent 9e4b0d3 commit 52f86bb

File tree

5 files changed

+80
-63
lines changed

5 files changed

+80
-63
lines changed

‎namd/colvars/src/Makefile.namd‎

Lines changed: 0 additions & 55 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -49,58 +49,3 @@ COLVARSLIB = \
4949
$(DSTDIR)/colvar_gpu_calc.o \
5050
$(DSTDIR)/colvar_rotation_derivative.o \
5151
$(DSTDIR)/nr_jacobi.o
52-
COLVARSPLUGINLIB = \
53-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar.o \
54-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms.o \
55-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms_gpu.o \
56-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias.o \
57-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_abf.o \
58-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_abmd.o \
59-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_alb.o \
60-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_histogram.o \
61-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_histogram_reweight_amd.o \
62-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_meta.o \
63-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_restraint.o \
64-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_opes.o \
65-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp.o \
66-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_angles.o \
67-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_alchlambda.o \
68-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_apath.o \
69-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_coordnums.o \
70-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_distances.o \
71-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_gpath.o \
72-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_protein.o \
73-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_rotations.o \
74-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_volmaps.o \
75-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_combination.o \
76-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_neuralnetwork.o \
77-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_torchann.o \
78-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_neuralnetworkcompute.o \
79-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvardeps.o \
80-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvargrid.o \
81-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvargrid_integrate.o \
82-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarmodule.o \
83-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarparams.o \
84-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarparse.o \
85-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy.o \
86-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_io.o \
87-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_replicas.o \
88-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_system.o \
89-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_tcl.o \
90-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_gpu.o \
91-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_volmaps.o \
92-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript.o \
93-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands.o \
94-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands_bias.o \
95-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands_colvar.o \
96-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvars_memstream.o \
97-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvartypes.o \
98-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarvalue.o \
99-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_gpu_support.o \
100-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_gpu_calc.o \
101-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_rotation_derivative.o \
102-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/nr_jacobi.o
103-
COLVARSPLUGINCUDALIB = \
104-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms_kernel.o \
105-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_rotation_derivative_kernel.o \
106-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvartypes_kernel.o

‎namd/cudaglobalmaster/Makefile_common.namd‎

Lines changed: 68 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,68 @@
1+
COLVARSPLUGINOBJSRAW = \
2+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar.o \
3+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms.o \
4+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms_gpu.o \
5+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias.o \
6+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_abf.o \
7+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_abmd.o \
8+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_alb.o \
9+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_histogram.o \
10+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_histogram_reweight_amd.o \
11+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_meta.o \
12+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_restraint.o \
13+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarbias_opes.o \
14+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp.o \
15+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_angles.o \
16+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_alchlambda.o \
17+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_apath.o \
18+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_coordnums.o \
19+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_distances.o \
20+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_gpath.o \
21+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_protein.o \
22+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_rotations.o \
23+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_volmaps.o \
24+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_combination.o \
25+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_neuralnetwork.o \
26+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarcomp_torchann.o \
27+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_neuralnetworkcompute.o \
28+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvardeps.o \
29+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvargrid.o \
30+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvargrid_integrate.o \
31+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarmodule.o \
32+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarparams.o \
33+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarparse.o \
34+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy.o \
35+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_io.o \
36+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_replicas.o \
37+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_system.o \
38+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_tcl.o \
39+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_gpu.o \
40+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_volmaps.o \
41+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript.o \
42+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands.o \
43+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands_bias.o \
44+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarscript_commands_colvar.o \
45+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvars_memstream.o \
46+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvartypes.o \
47+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarvalue.o \
48+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_gpu_support.o \
49+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_gpu_calc.o \
50+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_rotation_derivative.o \
51+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/nr_jacobi.o
52+
LEPTONSHAREDOBJSRAW = \
53+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/CompiledExpression.o \
54+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/CompiledVectorExpression.o \
55+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ExpressionProgram.o \
56+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ExpressionTreeNode.o \
57+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/Operation.o \
58+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ParsedExpression.o \
59+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/Parser.o
60+
COLVARSPLUGINCUDAOBJSRAW = \
61+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvaratoms_kernel.o \
62+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvar_rotation_derivative_kernel.o \
63+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvartypes_kernel.o
64+
COLVARSCUDAGMPLUGINOBJSRAW = \
65+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_cudaglobalmaster.o
66+
COLVARSCUDAGMPLUGINCUDAOBJSRAW = \
67+
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/colvarproxy_cudaglobalmaster_kernel.o
68+

‎namd/cudaglobalmaster/Makefile_cuda.namd‎

Lines changed: 6 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,6 @@
1+
# This file is only included for NAMD GPU-resident build
2+
COLVARSPLUGINOBJS=$(COLVARSPLUGINOBJSRAW)
3+
LEPTONSHAREDOBJS=$(LEPTONSHAREDOBJSRAW)
4+
COLVARSCUDAGMPLUGINOBJS=$(COLVARSCUDAGMPLUGINOBJSRAW)
5+
COLVARSCUDAGMPLUGINCUDAOBJS=$(COLVARSCUDAGMPLUGINCUDAOBJSRAW)
6+
COLVARSPLUGINCUDAOBJS=$(COLVARSPLUGINCUDAOBJSRAW)

‎namd/lepton/Makefile.namd‎

Lines changed: 0 additions & 8 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -6,11 +6,3 @@ LEPTONOBJS = \
66
$(DSTDIR)/Operation.o \
77
$(DSTDIR)/ParsedExpression.o \
88
$(DSTDIR)/Parser.o
9-
LEPTONSHAREDOBJS = \
10-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/CompiledExpression.o \
11-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/CompiledVectorExpression.o \
12-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ExpressionProgram.o \
13-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ExpressionTreeNode.o \
14-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/Operation.o \
15-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/ParsedExpression.o \
16-
$(COLVARSCUDAGMPLUGINDSTDIR)/Parser.o

‎update-colvars-code.sh‎

Lines changed: 6 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -396,6 +396,12 @@ then
396396
# Update the NAMD CudaGlobalMaster interface files
397397
# echo "Copy Colvars-NAMD CudaGlobalMaster interface files"
398398
mkdir -p "${target}/colvars/namd/cudaglobalmaster"
399+
condcopy "${source}/namd/cudaglobalmaster/Make.depends" \
400+
"${target}/colvars/namd/cudaglobalmaster/Make.depends"
401+
condcopy "${source}/namd/cudaglobalmaster/Makefile_common.namd" \
402+
"${target}/colvars/namd/cudaglobalmaster/Makefile_common.namd"
403+
condcopy "${source}/namd/cudaglobalmaster/Makefile_cuda.namd" \
404+
"${target}/colvars/namd/cudaglobalmaster/Makefile_cuda.namd"
399405
for src in \
400406
${source}/namd/cudaglobalmaster/*.h \
401407
${source}/namd/cudaglobalmaster/*.C \

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