Fixing precommit

Author: ferag

plugins/gbif/config.ini

@@ -71,7 +71,7 @@ metadata_schemas = [{'eml': 'eml://ecoinformatics.org/eml-2.1.1'}]
 #metadata standard
 metadata_standard = ['XML']
 
-# Api auth 
+# Api auth
 api_mail = [email protected]
 api_user = mag848
 api_pass = stcDPwfQfrnwiQsHNMPRKV7RY

plugins/gbif/gbif_data.py

@@ -1,38 +1,38 @@
 #!/usr/bin/python
 # -*- coding: utf-8 -*-
-import os
-import time
 import datetime
-import requests
+import logging
+import os
 import re
 import sys
-import logging
+import time
+import warnings
+import xml.etree.ElementTree as ET
+from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor
 
+import geopandas as gpd
 import pandas as pd
 import pycountry
-import geopandas as gpd
-from shapely.geometry import Point
+import requests
 from dwca.read import DwCAReader
-import xml.etree.ElementTree as ET
-
-from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor
+from shapely.geometry import Point
 
-import warnings
 warnings.filterwarnings("ignore")
 
 logging.basicConfig(
     stream=sys.stdout, level=logging.DEBUG, format="'%(name)s:%(lineno)s' | %(message)s"
 )
 
 # Configura el nivel de registro para GeoPandas y Fiona
-logging.getLogger('geopandas').setLevel(logging.ERROR)
-logging.getLogger('fiona').setLevel(logging.ERROR)
+logging.getLogger("geopandas").setLevel(logging.ERROR)
+logging.getLogger("fiona").setLevel(logging.ERROR)
 
 logger = logging.getLogger(os.path.basename(__file__))
 
+
 def gbif_doi_search(doi):
-    """
-    Realiza una búsqueda en GBIF utilizando un DOI y devuelve la información del conjunto de datos.
+    """Realiza una búsqueda en GBIF utilizando un DOI y devuelve la información del
+    conjunto de datos.
 
     Args:
     - doi (str): El DOI (Digital Object Identifier) del conjunto de datos que se va a buscar.
@@ -55,8 +55,8 @@ def gbif_doi_search(doi):
 
 
 def gbif_download_request(uuid, timeout, api_mail, api_user, api_pass):
-    """
-    Realiza una solicitud de descarga de datos de ocurrencias desde GBIF y devuelve el estado de la solicitud.
+    """Realiza una solicitud de descarga de datos de ocurrencias desde GBIF y devuelve
+    el estado de la solicitud.
 
     Args:
     - uuid (str): El UUID (identificador único universal) del conjunto de datos para el cual se solicita la descarga.
@@ -118,17 +118,15 @@ def gbif_download_request(uuid, timeout, api_mail, api_user, api_pass):
         time.sleep(10 - (time.time() - t1))
 
         # Imprime el estado actual de la descarga
-        logger.debug(
-            f"Download Request Status: {status} [{time.time() - t0:.0f}s]"
-        )
+        logger.debug(f"Download Request Status: {status} [{time.time() - t0:.0f}s]")
 
     # Devuelve el resultado final de la solicitud de descarga
     return download_request
 
 
 def gbif_doi_download(doi: str, timeout=-1, auth=None):
-    """
-    Busca un conjunto de datos en GBIF usando un DOI, realiza una solicitud de descarga y descarga los datos.
+    """Busca un conjunto de datos en GBIF usando un DOI, realiza una solicitud de
+    descarga y descarga los datos.
 
     Args:
     - doi (str): El DOI (Digital Object Identifier) del conjunto de datos que se va a descargar.
@@ -153,7 +151,9 @@ def gbif_doi_download(doi: str, timeout=-1, auth=None):
     # Genera la solicitud de descarga
     logger.debug("Solicitud de Descarga")
     try:
-        download_request = gbif_download_request(uuid, timeout, api_mail=auth[0], api_user=auth[1], api_pass=auth[2])
+        download_request = gbif_download_request(
+            uuid, timeout, api_mail=auth[0], api_user=auth[1], api_pass=auth[2]
+        )
         download_dict["size"] = download_request["size"]
     except Exception as e:
         logger.debug(f"ERROR Requesting Download: {e}")
@@ -180,8 +180,8 @@ def gbif_doi_download(doi: str, timeout=-1, auth=None):
 
 
 def ICA(filepath):
-    """
-    Calcula el Índice de Calidad Aparente (ICA) para un conjunto de datos biológicos en formato Darwin Core Archive (DwC).
+    """Calcula el Índice de Calidad Aparente (ICA) para un conjunto de datos biológicos
+    en formato Darwin Core Archive (DwC).
 
     Args:
     - filepath (str): La ruta al archivo DwC que se utilizará para calcular el ICA.
@@ -279,8 +279,8 @@ def ICA(filepath):
 
 
 def taxonomic_percentajes(df):
-    """
-    Calcula los porcentajes de calidad para la categoría taxonómica en un conjunto de datos biológicos.
+    """Calcula los porcentajes de calidad para la categoría taxonómica en un conjunto de
+    datos biológicos.
 
     Args:
     - df (DataFrame): Un DataFrame que contiene las columnas relevantes para el cálculo de la calidad taxonómica.
@@ -372,8 +372,8 @@ def taxonomic_percentajes(df):
 
 
 def geographic_percentajes(df):
-    """
-    Calcula los porcentajes de calidad para la categoría geográfica en un conjunto de datos biológicos.
+    """Calcula los porcentajes de calidad para la categoría geográfica en un conjunto de
+    datos biológicos.
 
     Args:
     - df (DataFrame): Un DataFrame que contiene las columnas relevantes para el cálculo de la calidad geográfica.
@@ -413,7 +413,7 @@ def geographic_percentajes(df):
     except Exception as e:
         logger.debug(f"ERROR coordinates - {e}")
         percentaje_coordinates = 0
-        
+
     # Porcentaje de ocurrencias con códigos de país válidos
     try:
         percentaje_countries = (
@@ -476,8 +476,8 @@ def geographic_percentajes(df):
 
 
 def temporal_percentajes(df):
-    """
-    Calcula los porcentajes de calidad para la categoría temporal en un conjunto de datos biológicos.
+    """Calcula los porcentajes de calidad para la categoría temporal en un conjunto de
+    datos biológicos.
 
     Args:
     - df (pandas.DataFrame): Un DataFrame que contiene las columnas relevantes para el cálculo de la calidad temporal.
@@ -579,9 +579,8 @@ def safe_date(date):
 
 
 def is_in_catalogue_of_life(row):
-    """
-    Si el valor de genus está en "Cataloge of Life", devuelve el valor de N.
-    En caso contrario, devuelve 0.
+    """Si el valor de genus está en "Cataloge of Life", devuelve el valor de N. En caso
+    contrario, devuelve 0.
 
     Args:
     - row: Fila de un DataFrame con las columnas genus y N.
@@ -604,9 +603,10 @@ def is_in_catalogue_of_life(row):
 
 
 def hierarchy_weights(row):
-    """
-    If higherClassification is not empty, returns N.
-    Otherwise, returns N/3 for each not empty sublevel (kingdom, class/order and family).
+    """If higherClassification is not empty, returns N.
+
+    Otherwise, returns N/3 for each not empty sublevel (kingdom, class/order and
+    family).
     """
     N = row.N
     if pd.notnull(row.higherClassification):
@@ -621,9 +621,8 @@ def hierarchy_weights(row):
 
 
 def is_valid_country_code(row):
-    """
-    If the countryCode column from the row is valid, return the column N.
-    Otherwise return 0
+    """If the countryCode column from the row is valid, return the column N. Otherwise
+    return 0.
 
     - Column countryCode: Country codes of length 2
     - Column N: Number of country codes with that value.
@@ -639,9 +638,8 @@ def is_valid_country_code(row):
 
 
 def coordinate_in_country(codigo_pais, latitud, longitud):
-    """
-    Busca las fronteras del país y comprueba si las coordenadas estan en su interior.
-    """
+    """Busca las fronteras del país y comprueba si las coordenadas estan en su
+    interior."""
     # Buscamos el país correspondiente al código ISO alpha-2
     try:
         pais = pycountry.countries.get(alpha_2=codigo_pais).alpha_3
@@ -663,8 +661,7 @@ def coordinate_in_country(codigo_pais, latitud, longitud):
 
 
 def is_incorrect_coordinate(row):
-    """
-    If the coordinates columns are not empty and not invalid returns the column N.
+    """If the coordinates columns are not empty and not invalid returns the column N.
     Otherwise, returns 0.
 
     Coordinates are incorrect if one of the next conditions is true:

plugins/gbif/plugin.py

@@ -2,18 +2,17 @@
 # -*- coding: utf-8 -*-
 import ast
 import logging
+import math
 import os
 import sys
 import xml.etree.ElementTree as ET
 
 import idutils
 import pandas as pd
 import requests
-import math
 
 from api.evaluator import Evaluator
-
-from plugins.gbif.gbif_data import gbif_doi_download, ICA
+from plugins.gbif.gbif_data import ICA, gbif_doi_download
 
 logging.basicConfig(
     stream=sys.stdout, level=logging.DEBUG, format="'%(name)s:%(lineno)s' | %(message)s"
@@ -78,7 +77,7 @@ def __init__(self, item_id, oai_base=None, lang="en"):
         )
         self.terms_relations = ast.literal_eval(self.config[plugin]["terms_relations"])
         self.terms_license = ast.literal_eval(self.config[plugin]["terms_license"])
-    
+
     # TO REDEFINE - HOW YOU ACCESS METADATA?
     def get_color(self, score):
         color = "#F4D03F"
@@ -277,7 +276,11 @@ def data_01(self):
         """
         # Search and download GBIF data
         try:
-            auth = (self.config["gbif"]["api_mail"], self.config["gbif"]["api_user"], self.config["gbif"]["api_pass"])
+            auth = (
+                self.config["gbif"]["api_mail"],
+                self.config["gbif"]["api_user"],
+                self.config["gbif"]["api_pass"],
+            )
             download_dict = gbif_doi_download(self.item_id, auth=auth)
         except Exception as e:
             logger.debug(e)
@@ -326,7 +329,7 @@ def data_01(self):
                 <td bgcolor="#D5D5D5"> Identifiers </td>
                 <td bgcolor={self.get_color(ica["Identifiers"])}> {ica["Identifiers"]:.2f}% </td>
             </tr>
-            
+
             <tr>
                 <td bgcolor="#B2B0B0"> <b> Geographic </b> </td>
                 <td bgcolor={self.get_color(ica["Geographic"])}> <b> {ica["Geographic"]:.2f}% </b> </td>
@@ -347,7 +350,7 @@ def data_01(self):
                 <td bgcolor="#D5D5D5"> IncorrectCoordinates </td>
                 <td bgcolor="{self.get_color(ica["IncorrectCoordinates"])}"> -{ica["IncorrectCoordinates"]:.2f}% </td>
             </tr>
-            
+
             <tr>
                 <td bgcolor="#B2B0B0"> <b> Temporal </b> </td>
                 <td bgcolor="{self.get_color(ica["Temporal"])}"> <b> {ica["Temporal"]:.2f}% </b> </td>
@@ -393,4 +396,3 @@ def data_02(self):
         points = 100
         msg = _("I'm doing nothing")
         return (points, msg)
-

plugins/gbif/translations/en/LC_MESSAGES/messages.po

@@ -928,4 +928,4 @@ msgid "data_01.technical"
 msgstr "Download the data in Darwin Core format and analyze the information from taxonomic, geospatial and temporal dimensions. Checks the completeness, format and integrity for all three dimensions."
 
 msgid "data_01.tips"
-msgstr "It is highly recommeded to check data formats, especially dates and decimal coordinates. The coherence between coordinates and countries and the correct description of genus and species is important, too."
+msgstr "It is highly recommeded to check data formats, especially dates and decimal coordinates. The coherence between coordinates and countries and the correct description of genus and species is important, too."

plugins/gbif/translations/es/LC_MESSAGES/messages.po

@@ -985,4 +985,4 @@ msgid "data_01.technical"
 msgstr "Descarga los datos en formato Darwin Core y analiza la información de las dimensiones taxonómica, geoespacial y temporal. Comprueba la completitud, el formato y la integridad de las tres dimensiones."
 
 msgid "data_01.tips"
-msgstr "Comprueba los fomatos de los datos, especialmente las fechas y las coordenadas decimales. También es importante la coerencia entre las coordenadas y los países, así como la correcta descripción de géneros y especies."
+msgstr "Comprueba los fomatos de los datos, especialmente las fechas y las coordenadas decimales. También es importante la coerencia entre las coordenadas y los países, así como la correcta descripción de géneros y especies."

templates/eval.html

@@ -115,7 +115,7 @@ <h2> {{ _('evaluation_for') }} <a href="{{ item_id }}"> {{ item_id }} </a></h2>
 		       </td>
 		    </tr>
 		  </tbody>
-		 
+
 		</table>
             </div>
           </div>
@@ -124,7 +124,7 @@ <h2> {{ _('evaluation_for') }} <a href="{{ item_id }}"> {{ item_id }} </a></h2>
 	</div>
       </div>
     </div>
-    
+
     <!-- Accessible -->
     <div id="container-main">
           <div class="accordion2-container">
@@ -180,7 +180,7 @@ <h2>Accessible</h2>
 			    <tbody>
 			    <tr>
 			      <th style="background: rgba(144, 144, 144, 0.3);">{{ _('Technical feedback') }}</th>
-			      
+
 		          <td style="background: rgba(204, 204, 204, 0.3);" class="letratabla">
 		          {% for message in accessible[key]['msg'] %}
 		          {{ message['message'] }}
@@ -365,7 +365,7 @@ <h2>Reusable</h2>
 	</div>
          </div>
 	 </div>
- 
+
 
      </div>
       <!--- Data tests --->