add .json example

Author: Karo555

reports/alignment.json

@@ -0,0 +1,113 @@
+{
+  "sequences": {
+    "seq1": "ACGTACGT",
+    "seq2": "GATTACA"
+  },
+  "parameters": {
+    "match": 1,
+    "mismatch": -1,
+    "gap": -2
+  },
+  "matrix": [
+    [
+      0,
+      -2,
+      -4,
+      -6,
+      -8,
+      -10,
+      -12,
+      -14
+    ],
+    [
+      -2,
+      -1,
+      -1,
+      -3,
+      -5,
+      -7,
+      -9,
+      -11
+    ],
+    [
+      -4,
+      -3,
+      -2,
+      -2,
+      -4,
+      -6,
+      -6,
+      -8
+    ],
+    [
+      -6,
+      -3,
+      -4,
+      -3,
+      -3,
+      -5,
+      -7,
+      -7
+    ],
+    [
+      -8,
+      -5,
+      -4,
+      -3,
+      -2,
+      -4,
+      -6,
+      -8
+    ],
+    [
+      -10,
+      -7,
+      -4,
+      -5,
+      -4,
+      -1,
+      -3,
+      -5
+    ],
+    [
+      -12,
+      -9,
+      -6,
+      -5,
+      -6,
+      -3,
+      0,
+      -2
+    ],
+    [
+      -14,
+      -11,
+      -8,
+      -7,
+      -6,
+      -5,
+      -2,
+      -1
+    ],
+    [
+      -16,
+      -13,
+      -10,
+      -7,
+      -6,
+      -7,
+      -4,
+      -3
+    ]
+  ],
+  "alignments": [
+    {
+      "aligned_seq1": "ACGTACGT",
+      "aligned_seq2": "GATTAC-A",
+      "length": 8,
+      "matches": 3,
+      "identity_pct": 37.5,
+      "gaps": 1
+    }
+  ]
+}