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# 从零开始搭建STABox环境

1. 创建并激活环境：
   ```bash
   conda create -n stomics python=3.10
   conda activate stomics

2. 安装必要的包：

   pip install 'scanpy[leiden]'
   pip install requests

3. 查看显卡驱动版本：

   nvidia-smi

   输出示例：

   +---------------------------------------------------------------------------------------+
   | NVIDIA-SMI 535.183.01             Driver Version: 535.183.01   CUDA Version: 12.2     |
   |-----------------------------------------+----------------------+----------------------+
   

4. 安装 PyTorch：

   pip3 install torch torchvision torchaudio

   注意：此时 torch 版本是 2.4.1，后面安装 dgl 库会删除 torch 2.4.1，转而安装 torch 2.4.0，影响不大。

5. 查看已安装包：

   pip list

6. 安装其他依赖：

   pip install progress

7. 处理缺少模块：

   pip install pyyaml  # No module named 'yaml'
   pip install torch_geometric
   pip install hnswlib
   pip install intervaltree
   pip install annoy
   pip install pyg_lib torch_scatter torch_sparse torch_cluster torch_spline_conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-2.4.0+cu121.html
   pip install POT  # No module named 'ot'
   pip install dgl -f https://data.dgl.ai/wheels/torch-2.4/cu121/repo.html

8. 再次查看已安装包，确认 torch 版本：

   pip list

   可以看到 torch 版本已经变成 2.4.0。

9. 安装 R 环境：

   conda install r-base  # 安装 rpy2 前先用 conda 安装 R 语言环境

10. 进入 R 语言环境，安装 mclust 包：

    R
    install.packages("mclust")  # 随便选一个源，我选的是 20
    q()  # 退出 R 语言环境

11. 安装 rpy2：

    pip install rpy2

12. 至此，可以运行以下链接成功：

    • T1_DLPFC

13. 安装 louvain：

    pip install louvain

14. 至此，可以运行以下链接成功：

    • T4_Stereo

15. 运行以下链接：

    • Tutorial_STABox_STAligner

16. 图形界面需要额外安装以下包：

    pip install ttkbootstrap
    pip install opencv-python
    pip install upsetplot
    pip install gseapy

17. 本地安装端口转发工具 XLaunch，把服务器端图形界面 export display 到本地电脑，通常会有些卡顿：

    cd STABox/src
    python -m stabox.view.app

至此，STABOX 界面可以启动成功。 具体 pip 环境见 requirement.txt 文件。