graphic_code/Bar_graphs_3_paired_raw_plots.Rmd at master · MasatoYagi/graphic_code · GitHub

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title: "bar_graph"
author: "Yagi_Masato"
date: "2019/11/29"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r install library}
setwd("C:/Users/yagin/Google ドライブ/graphic_code")
library(ggplot2)
library(xlsx)
```

```{r make_func}
st.err <- function(x){
  sd(x)/sqrt(length(x))
}
```
ggplot( )に要約したデータを入れてしまっていた！！
→生データをいれてstat_summmary内でデータを要約してbar,生plotを入れるべきだった！！
```{r make_bar_graph 失敗例}
#Make some fake data
ex=data.frame(cond=rep(c('Trp','BCAA','Placebo'),each=7),
    treat=rep(1:7,times=3),
    value=rnorm(21) + rep(c(3,1,4),each=7) )
print(ex)


# #Calculate the mean and SD of each condition/treatment pair
# #計算対象の項目名、~でグループ化の指示、データの入っているオブジェクト、関数指定
# agg=aggregate(value~cond, data=ex, FUN="mean") #mean
# agg$se=aggregate(value~cond, data=ex, FUN="st.err")$value #add the SD
#
# dodge <- position_dodge(width=0.9)
# limits <- aes(ymax=value+se, ymin=value-se) #Set up the error bars
#
# p <- ggplot(agg, aes(x=cond,y=value))
#
# #Plot, attempting to overlay the raw data
# print(
#        p + geom_bar(position=dodge, stat="identity", fill="gray") +
#        geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.25) +
#        geom_point(colour="black", size=3, shape=1)
# )
```
ggplot( )に生データを入れて
stat_summaryによって要約データを入れた
対応のあるデータを同色plotで表示
```{r}
title_label <- ""
x_label <- ""
y_label <- "AUC(mm × min)"
p_value <- "p=0.445"
annotate_x <- 0.5
annotate_y <- 4500
annotate_size <- ""
y_axis_scale <- seq(0,7000,by=1000)
#jitterなし
```


```{r 成功例:対応あるものに濃淡を一致}
data_AUC <- read.xlsx("data_Bar_graphs3_paired_raw_plots.xlsx",4)
f <- ggplot(data_AUC, aes(y=AUC,x=Condition,fill=subject)) +
  #棒グラフの設定
  stat_summary(geom="bar",fun.y = "mean",width=0.5,fill="gray") +
  #実データ,エラーバーの設定
  stat_summary(fun.y = "mean",fun.ymin = function(x)mean(x)-st.err(x),
               fun.ymax = function(x)mean(x)+st.err(x),geom="errorbar",width=0.2) +
  # plotの色を離散的に(+色を変えている)
  geom_point(colour="black", size=3, shape=21) +
  # fillの値がintegerでないといけないかも
  scale_fill_gradient(low="#FFFFFF",high="#666666",breaks=0:7,guide=guide_legend()) +
  scale_x_discrete(limits=c("Placebo","BCAA","Trp")) +
  guides(fill=FALSE) + # 凡例を削除
  theme_set(theme_classic(base_size = 18, base_family = "Helvetica")) +
  labs(title=title_label,x=x_label,y=y_label) +
  scale_y_continuous(breaks=y_axis_scale) +
  annotate("text",x=annotate_x,y=annotate_y,lineheight=1.5,hjust=0,label=p_value,size=5) + #注釈
#ラベルと題名
  theme(plot.title=element_text(hjust=0.5), #題名の位置とフォント
        panel.grid.major=element_blank(), #背景の削除
        panel.grid.minor=element_blank(),
        panel.background=element_blank(),
        axis.line=element_line(colour="black"), #軸の色の変更
        axis.ticks=element_line(colour="black"),
        axis.text=element_text(size=12),
        #軸のタイトルとラベルの文字サイズの変更
        axis.title=element_text(size=14,face="bold"))
f
```