基于重测序得到Population/Strain 的consensus序列和对应的注释
方法一：基于variant calling 目录
方法二：基于genome comparison 目录
该方法需要先进行基因组拼接，然后将拼接完的基因组与标准的参考基因组进行比较，得到相对于参考基因组的SNP/Indel，从而得到对于参考基因组的坐标转换文件（genome coordinate conversion file）：
| 列序号 | 说明 |
|---|---|
| 1 | TargetChrom |
| 2 | TargetStart |
| 3 | TargetEnd |
| 4 | QueryStart |
| 5 | QueryEnd |
| 6 | QueryChrom |
| 7 | QueryStrand |
然后基于坐标对应关系，对参考基因组的注释文件进行迁移修改，就得到了新拼接基因组的注释文件
参考资料：
Wanfei Liu et al. RGAAT - Reference Based Genome Assembly and Annotation Tool for New Genome and Known Genome Upgrade. On publish.