vadr/documentation/scan-files/n5.fa at master · NLM-DIR/vadr · GitHub

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>KF060039.1 Norovirus Hu/GII.4/NSW3522/2012/AU VP1 gene, complete cds
ATGAAGATGGCGTCGAGTGACGCCAACCCATCTGATGGGTCCACAGCCAACCTCGTCCCAGAGGTCAACA
ATGAGGTTATGGCTTTGGAGCCCGTAGTTGGTGCCGCTATTGCGGCACCTGTAGCGGGCCAGCAAAATGT
AATTGACCCCTGGATTAGAAACAATTTTGTTCAAGCCCCTGGTGGAGAGTTCACAGTATCCCCTAGAAAT
GCTCCAGGTGAAATACTATGGAGCGCGCCCTTAGGCCCTGACTTGAATCCCTACCTTTCCCATTTGGCCA
GAATGTACAATGGTTATGCAGGTGGTTTTGAAGTGCAGGTAATCCTCGCGGGGAATGCGTTCACCGCCGG
GAAAATCATATTTGCAGCAGTCCCACCAAATTTCCCAACTGAAGGTTTGAGCCCCAGCCAAGTCACTATG
TTCCCCCACATAATAGTAGATGTTAGGCAATTGGAACCTGTGTTGATCCCCTTACCCGATGTTAGGAATA
ATTTCTATCATTATAATCAGTCAAGTGACCCCACCATCAAATTGATAGCAATGTTGTATACACCACTTAG
GGCTAACAATGCCGGGGACGATGTCTTCACAGTTTCTTGTCGAGTTCTCACGAGACCATCCCCCGATTTT
GATTTCATATTTTTAGTGCCACCCACAGTTGAATCAAGAACTAAACCATTCTCTGTCCCAGTTTTAACTG
TTGAGGAGATGACCAATTCAAGGTTCCCCATCCCTTTGGAAAAGTTGTTCACGGGCCCCAGTAGTGCCTT
TGTTGTTCAACCACAAAACGGCAGGTGCACGACTGATGGCGTGCTCCTAGGTACTACCCAACTGTCTCCT
GTCAACATCTGCACCTTCAGAGGGGATGTCACCCACATTTCAGGCAGTCGTAACTACACAATGAATTTGG
CCTCCCAAAATTGGAACAGTTACGACCCAACAGAAGAGATCCCAGCCCCCCTGGGAACTCCAGATTTCGT
GGGGAAGATTCAAGGCGTGCTCACCCAAACCACAAGGACAGATGGCTCGACCCGCGGCCACAAAGCTACA
GTGTACACTGGGAGCGCCGACTTTTCTCCAAAACTGGGTAGGGTTCAATTTGCCACTGACACAGACAATG
ATTTTGTAACTAACCAAAACACAAAGTTCACCCCAGTCGGTGTTATTCAGGATGGTAGTACTACCCCCCG
AAATGAACCCCAACAATGGGTGCTTCCAAGTTACTCAGGCAGAAACACTCATAATGTGCACCTGGCCCCC
GCTGTGGCCCCCACGTTCCCGGGCGAGCAGCTCCTCTTCTTCAGATCTACCATGCCCGGATGCAGCGGGT
ACCCCAACATGGATTTGGACTGTCTGCTCCCCCAGGAATGGGTGCAGTATTTCTACCAGGAGGCAGCCCC
AGCACAATCTGATGTGGCACTGTTAAGATTTGTGAATCCAGACACAGGTAGGGTTTTGTTTGAGTGTAAG
CTTCATAAATCAGGCTATGTTACAGTGGCTCACACTGGCCAACATGATTTAGTTATCCCCCCCAATGGTT
ATTTTAGATTTGATTCCTGGGTCAACCAGTTCTACACACTTGCCCCCATGGGAAATGGGACGGGGCGTAG
ACGTGCATTATAA
>EU921393.2 Norovirus GII/Hu/IN/2007/GII.P4_GII.4_DenHaag2006b/Pune-PC56 capsid protein gene, complete cds
ATGAAGATGGCGTCGAATGACGCCAACCCATCTGATGGGTCCGCAGCCAACCTCGTCCCAGAGGTCAGCA
ATGAGGTTATGGCTTTGGAGCCCGTTGTCGGTGCCGCTATTGCGGCGCCTGTAGCGGGCCAACAAAATGT
AATTGACCCCTGGATTAGAAATAATTTTGTACAAGCCCCTGGTGGAGAGTTCACAGTATCCCCTAGAAAC
GCTCCAGGTGAAATACTATGGAGCGCGCCCTTAGGCCCTGATCTGAATCCCTACCTATCTCATTTGGCCA
GAATGTATAATGGTTATGCAGGTGGCTTTGAAGTGCAGGTGATTCTCGCGGGGAACGCGTTCACCGCCGG
AAAAATTATATTTGCAGCAGTCCCACCAAATTTTCCAACTGAAGGTCTGAGTCCCAGCCAGGTCACTATG
TTCCCCCACATAATAGTAGATGTTAGGCAATTGGAACCTGTGTTGATCCCCTTACCTGATGTTAGGAATA
ACTTCTATCACTATAATCAGTCAAATGATTCTACCATTAAATTGATAGCAATGCTGTATACACCACTTAG
GGCCAATAATGCTGGGGAAGATGTCTTCACAGTCTCTTGTCGAGTCCTCACGAGGCCGTCCCCTGATTTT
GATTTTATATTTTTGGTGCCACCCACAGTTGAGTCAAGAACTAAACCATTTACTGTCCCAATCTTAACTG
TTGAAGAAATGACCAATTCAAGATTCCCCATTCCTTTGGAAAAGTTGTTCACGGGTCCCAGCGGTGCCTT
TGTTGTCCAACCACAAAATGGCAGGTGCACGACTGATGGCGTGCTCTTAGGCACCACCCAACTGTCTCCT
GTCAACATCTGCACCTTCAGAGGGGATGTCACCCACATTGCAGGTTCTCATAATTACACAATGAATTTAG
CATCTCTAAATTGGAACAATTATGACCCAACAGAAGAAATTCCAGCCCCTCTGGGAACTCCAGATTTCGT
GGGAAAGATCCAAGGTGTGCTCACTCAAACCACAAAGGGAGATGGCTCGACCCGTGGCCATAAAGCTACA
GTTTACACTGGGAGTGCCCCCTTTACTCCAAAGCTGGGCAGTGTTCAATTCAGTACTGATACAGAAAATG
ATTTTGAAACTCACCAAAACACAAAATTCACCCCAGTCGGTGTCATCCAGGATGGTAGCACCACCCACCG
AAATGAACCCCAACAATGGGTGCTCCCAAGTTATTCAGGTAGTAATGTCCATAATGTACACCTAGCCCCT
GCTGTAGCCCCCACTTTTCCGGGTGAACAACTTCTATTCTTCAGGTCCACTATGCCCGGATGCAGCGGGT
ATCCCAACATGGATTTGGATTGCCTACTCCCCCAGGAGTGGGTGCAGCACTTCTACCAAGAGGCAGCTCC
AGCACAATCTGATGTGGCCCTATTGAGATTTGTGAATCCAGACACGGGTAGGGTCCTGTTTGAGTGCAAA
CTTCATAAATCAGGCTATGTCACAGTGGCTCACACCGGCCAGCATGATTTGGTCATCCCCCCCAATGGCT
ATTTTAGGTTTGATTCCTGGGTTAATCAATTCTACACACTTGCCCCCATGGGAAATGGAACGGGGCGTAG
ACGTGCTTTATAA
>MG763355.1 Norovirus GII strain GII/Hu/2017/CHN/GII.P16-GII.2/HuzhouN17625 nonstructural polyprotein, RdRp region, gene, partial cds; and VP1 gene, complete cds
GCAGCCTTGGAAATTATGGTCAGATTTTCTGCAGAACCACAATTGGCACAAATAATCGCTGAGGATCTGC
TGGCCCCTAGTGTAGTAGATGTAGGAGACTTTAAAATTACAATAAATGAAGGGCTCCCTTCTGGTGTGCC
ATGCACTTCTCAGTGGAACTCCATCGCACACTGGCTGCTAACTCTCTGTGCCTTGTCTGAAGTCACCAAA
CTGTCCCCTGACATTATACAGGCAAATTCCATGTTCTCATTTTACGGTGATGACGAGATTGTCAGCACCG
ACATAAAATTGGACCCTGAACAGTTAACCGCCAAATTGAAGGAGTACGGCCTGAAACCAACCCGCCCAGA
CAAAACCGAGGGACCCCTGATTATCAGTGAAGATTTGAACGGTCTCACTTTCCTCCGAAGGACGGTGACT
CGTGACCCAGCTGGCTGGTTTGGAAAACTGGACCAAAGCTCAATTTTGAGGCAGATGTACTGGACTAGAG
GACCAAATCATGAAGACCCCAATGAGACAATGATACCCCATTCTCAAAGACCCATACAGCTCATGGCACT
GCTTGGTGAAGCCTCTCTTCACGGACCCTCTTTCTACAGTAAAATCAGTAAATTGGTCATAACTGAACTC
AAAGAAGGTGGGATGGACTTTTACGTGCCAAGGCAGGAACCTATGTTCAGGTGGATGAGGTTTTCTGACT
TGAGCACGTGGGAGGGCGATCGCAATCTGGCTCCCAATTTTGTGAATGAAGATGGCGTCGAATGACGCCG
CTCCATCTACTGATGGTGCAGCCGGCCTCGTGCCAGAAAGTAACAATGAGGTCATGGCTCTTGAACCCGT
GGCTGGTGCCGCCTTGGCAGCCCCGGTCACCGGTCAAACAAATATTATAGACCCTTGGATTAGAGCAAAT
TTTGTCCAGGCCCCCAATGGTGAATTTACAGTCTCTCCCCGAAATGCCCCTGGTGAAGTGCTACTGAATC
TAGAGTTGGGTCCAGAATTAAATCCTTATCTGGCACATTTAGCAAGAATGTACAATGGGTATGCCGGTGG
GATGGAGGTGCAGGTCATGTTGGCTGGGAACGCGTTCACAGCTGGCAAGTTGGTCTTCGCCGCCGTGCCA
CCCCACTTCCCGGTTGAAAACCTTAGCCCACAGCAAATCACCATGTTCCCTCATGTGATCATAGATGTGA
GAACCTTGGAACCTGTTTTATTACCACTCCCTGATGTTAGGAATAACTTCTTCCATTATAATCAGAAAGA
TGACCCCAAGATGAGAATTGTGGCTATGCTTTATACCCCCCTCAGGTCTAATGGTTCAGGTGATGATGTG
TTTACAGTTTCCTGTAGGGTGTTGACTAGACCTTCCCCTGACTTTGACTTCACATACCTGGTGCCACCAA
CAGTGGAGTCTAAAACAAAGCCATTCACCCTCCCAATCCTCACACTTGGGGAACTTTCCAATTCTAGGTT
CCCAGTGTCCATAGACCAGATGTACACCAGCCCTAATGAAGTTATATCAGTGCAGTGTCAAAATGGTAGG
TGCACACTGGACGGGGAGCTCCAAGGGACAACACAACTCCAAGTCAGTGGTATTTGTGCTTTCAAAGGTG
AAGTGACCGCCCACTTGCATGACAATGATCACCTATATAATGTCACCATCACAAACTTGAATGGGTCCCC
TTTTGATCCCTCCGAGGATATCCCTGCCCCTCTGGGTGTGCCTGACTTCCAGGGAAGGGTTTTTGGTATC
ATCTCCCAAAGAGACAAACACAACAGTCCTGGGCATAATGAACCAGCAAACAGGGGACACGACGCTGTGG
TCCCTACTTACACAGCACAGTACACTCCAAAACTTGGACAAATTCAAATTGGCACATGGCAAACTGACGA
CCTTACAGTCAACCAGCCAGTCAAATTCACCCCAGTTGGACTCAATGACACTGAACATTTTAACCAATGG
GTGGTCCCTAGGTATGCTGGTGCCCTAAACCTCAATACAAACCTTGCCCCTTCTGTTGCTCCAGTATTTC
CAGGAGAGCGCCTGCTCTTCTTCAGATCATACATTCCCCTCAAGGGCGGTTATGGAAACCCAGCCATTGA
TTGCCTACTACCACAAGAGTGGGTGCAACACTTCTATCAGGAAGCAGCCCCTTCAATGAGTGAGGTGGCC
CTCGTCAGATACATCAACCCGGACACTGGTCGGGCACTGTTTGAGGCCAAGCTCCACAGAGCTGGTTTCA
TGACAGTCTCGAGCAATACCAGTGCTCCGGTGGTTGTGCCTGCCAACGGGTACTTTAGATTTGATTCTTG
GGTGAACCAATTTTATTCTCTCGCCCCCATGGGAACTGGGAATGGGCGTAGAAGGGTTCAATAA
>KX346700.1 Norovirus GII.17 isolate B2306 VP1 gene, complete cds
ATGAAGATGGCGTCGAATGACGCCGCTCCATCTAATGATGGTGCTGCTGGTCTCGTACCAGAGGGCAACA
ACGAGACCCTTCCCCTAGAACCAGTTGCGGGCGCAGCTATAGCCGCACCCGTCACTGGCCAAAATAACAT
AATTGACCCCTGGATTAGAACAAATTTTGTGCAAGCACCAAATGGAGAGTTCACAGTGTCACCCAGAAAC
TCTCCTGGAGAAATTTTATTAAACTTAGAGTTGGGCCCTGATTTGAACCCTTATTTGGCTCATTTGTCAA
GGATGTACAATGGGTATGCTGGTGGAGTGGAAGTTCAGGTTCTCCTGGCAGGGAACGCGTTCACTGCCGG
GAAGATCCTCTTCGCCGCCGTCCCGCCAAATTTCCCAGTGGAATTCTTAAGCCCAGCCCAGATCACAATG
CTCCCACATTTAATAGTAGATGTTAGGACTCTTGAACCAATTATGATCCCACTCCCTGATGTTAGGAATA
CATTCTTCCATTATAGTAACCAGCCTAACAGCCGCATGAGATTAGTGGCTATGCTCTATACCCCACTCAG
ATCTAATGGCTCAGGTGATGATGTCTTTACTGTCTCTTGCAGGGTTTTGACTAGGCCTACTCCTGATTTT
GAGTTCACCTATTTAGTGCCACCTTCTGTTGAATCTAAAACTAAGCCTTTTTCTTTACCTATTTTAACCC
TTTCTGAGCTCACAAATTCGAGGTTCCCAGTCCCCATCGATTCGCTTTTCACCGCCCAGAATAATGTGTT
GCAGGTGCAGTGTCAAAATGGCAGGTGTACACTTGATGGTGAGTTACAAGGCACAACCCAGTTGCTCCCA
TCTGGCATCTGTGCATTCAGAGGACGGGTGACAGCACAAATTAATCAACGTGACAGGTGGCACATGCAAC
TGCAAAACCTCAATGGTACAACATATGACCCAACTGATGATGTGCCAGCCCCGCTGGGTACACCTGACTT
CAAGGGCGTCGTGTTTGGGATGGTAAGCCAAAGAAATGTGGGTAATGATGCGCCTGGCTCAACCAGAGCC
CAACAGGCGTGGGTTTCAACCTATAGCCCCCAATTTGTCCCTAAATTAGGCTCTGTCAATCTTAGAATTA
GTGATAATGATGATTTCCAATTCCAACCGACAAAATTCACACCAGTGGGCGTCAATGATGACGATGATGG
CCACCCGTTCAGACAATGGGAACTACCAAACTATTCAGGGGAGCTTACCTTGAATATGAATCTTGCCCCC
CCAGTTGCTCCAAATTTTCCTGGTGAACAATTGTTATTCTTCAGATCTTTCGTGCCATGCTCAGGAGGTT
ATAACCAAGGTATTATAGATTGTCTTATTCCCCAAGAATGGATCCAACACTTCTATCAGGAATCAGCACC
CTCCCAGTCAGACGTGGCCCTAATCAGGTATGTCAACCCCGATACGGGACGTACACTGTTTGAAGCAAAA
TTGCACAGATCTGGTTACATTACTGTGGCTCACTCTGGAGACTATCCTCTTGTTGTTCCGGCTAATGGAC
ACTTTAGATTTGATTCTTGGGTAAATCAGTTTTACTCACTCGCCCCAATGGGAACTGGGAATGGGCGAAG
GAGGGCTCAGTAA
>MH572232.1 Norovirus GII isolate 17F3414_GD-DG_2017-12-27 VP1 (ORF2) gene, complete cds
ATGAAGATGGCGTCGAATGACGCCGCTCCATCTAATGATGGTGCTGCTGGTCTCGTACCAGAGGGCAACA
ACGAGACCCTTCCCCTAGAACCAGTTGCGGGCGCAGCTATAGCCGCACCCGTCACTGGCCAAAATAATAT
AATTGACCCCTGGATTAGAACAAATTTTGTGCAAGCACCAAATGGAGAGTTCACAGTGTCACCCAGAAAC
TCTCCTGGAGAAATTTTATTAAATTTAGAGTTGGGCCCTGATTTGAACCCTTATTTGGCTCATTTGTCAA
GGATGTACAATGGGTATGCTGGTGGAGTGGAAGTTCAGGTTCTCCTGGCAGGGAACGCGTTCACTGCCGG
AAAGATCCTCTTCGCCGCCGTCCCGCCAAATTTCCCAGTGGAATTCTTAAGCCCAGCCCAGATCACAATG
CTCCCACATTTAATAGTAGATGTTAGGACTCTTGAACCAATTATGATCCCACTCCCTGATGTTAGGAATA
CATTCTTCCATTATAGTAACCAGCCTAACAGCCGCATGAGATTAGTGGCTATGCTCTATACCCCACTCAG
ATCTAATGGCTCAGGTGATGATGTCTTTACTGTCTCTTGCAGGGTCTTGACTAGGCCTACTCCTGATTTT
GAGTTCACTTATTTAGTGCCACCTTCTGTTGAATCTAAAACTAAGCCTTTTTCCTTACCTATTTTAACCC
TTTCTGAGCTCACAAATTCGAGGTTTCCAGTCCCCATCGATTCGCTTTTCACCGCCCAGAATAATGTGTT
GCAGGTGCAGTGTCAAAATGGCAGGTGTACACTTGATGGTGAGTTACAAGGCACAACCCAGTTGCTCCCA
ACTGGCATCTGTGCATTCAGAGGACGGGTGACAGCACAAATTAACCAACGTGACAGGTGGCACATGCAAC
TGCAAAACCTCAATGGTACAACATATGACCCAACTGATGATGTGCCAGCCCCGCTGGGTACACCTGACTT
CAAGGGCGTCGTGTTTGGGATGGTAAGCCAAAGAAATGTGGGTAATGATGCGCCTGGCTCAACCAGAGCC
CAACAGGCGTGGGTTTCAACCTATAGCCCCCAATTTGTCCCCAAGTTAGGTTCTGTCAATCTTAGAATTA
GTAATAATGATGATTTCCAATTCCAGCCGACAAAATTCACACCAGTGGGCGTCAATGATGACGATGATGA
CCACCCGTTCAGACAGTGGGAACTACCAAACTATTCAGGGGAGCTTACCTTGAATATGAATCTTGCCCCC
CCAGTTGCTCCAAATTTTCCTGGTGAACAATTGTTATTCTTCAGATCTTTCGTGCCATGCTCAGGAGGTT
ACAACCAAGGTGTTATAGATTGTCTTATTCCCCAAGAATGGATCCAACATTTCTATCAGGAATCAGCACC
CTCCCAGTCAGACGTGGCCCTAATCAGGTATGTCAACCCCGATACGGGACGTACACTGTTTGAAGCAAAA
TTGCACAGATCTGGTTACATTACTGTGGCTCACTCTGGAGACTATCCTCTTGTTGTTCCGGCTAATGGAC
ACTTTAGATTTGATTCTTGGGTAAATCAGTTTTACTCACTCGCCCCAATGGGAACTGGGAATGGGCGAAG
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