On va avoir besoin de données de survie pour les vignettes/book, pour les tests et exemples des fonctions de sortie de Cox (#28), et ce sera aussi pratique pour faire nos cours.

Il y a un exemple de code de simulation ici en simple et ici en compliqué.

On aurait juste un effet traitement, une censure TTE, et une censure administrative.

TODO list :

• ajouter une fonction dans data.R qui crée une table "fu"
  colonnes standard de nos CRF : SUBJID, fu_date la date de dernières nouvelles, et fu_status qui vaut "Alive" ou "Dead"
  • fu_date est calculée en ajoutant le temps de survie/censure à la date enrolres$date_inclusion
  • le temps dépendra de enrolres$arm selon un paramètre surv_coef_trt, et des paramètres de distribution (shape et scale pour event et pour censure séparément)
• faire des KM/cox pour vérifier que tout va bien et choisir les paramètres par défaut optimaux
  Tu peux utiliser le code de ces tests pour t'aider : https://github.com/Oncostat/grstat/blob/main/tests/testthat/test-data.R#L94
• faire des checks dans la fonction ("programmation défensive")
• ajouter des tests spécifiques pour éviter une régression
• Augmenter le bruit par défaut dans la table récist (par exemple -20, 20) : https://github.com/Oncostat/grstat/blob/main/R/data.R#L303

Amélioration / Challenge (💪) :

Souvent, on veut simuler en spécifiant un taux de censure plutôt que d'obscures paramètres de distribution.
Dans le cas d'un événement Weibull et d'une censure Exponentielle (cas largement OK pour nos petites simus), il existe une formule analytique pour définir le lambda de l'exponentielle en fonction des paramètres du Weibull + de ce taux de censure.
Tu pourrais ajouter un argument genre p_censorship, qui si il est défini remplacerait les paramètres de distribution de censure pour atteindre le taux de censure spécifié.

Question de design :

Dans les tables standard, la table FU contient plusieurs lignes par patient, avec plusieurs statuts Alive avant un éventuel statut Dead.
On pourrait reprendre ce design "long".

• Pros : les vignettes seraient plus proches de la réalité
• Cons : plus de code pour un intérêt pas évident