compare nml and netpy

Author: HengyeZhu

NeuroML2/compare_MC/RE/compare_all.py

@@ -13,15 +13,19 @@ def compare_all():
     dat_data = np.loadtxt(dat_file)
     time_dat = dat_data[:, 0] 
     voltage_dat = dat_data[:, 1] * 1000  
+
     m_itre_dat_data = np.loadtxt(m_itre_dat_file)
     time_m_itre_dat = m_itre_dat_data[:, 0]
     m_itre_dat = m_itre_dat_data[:, 1]
+
     h_itre_dat_data = np.loadtxt(h_itre_dat_file)
     time_h_itre_dat = h_itre_dat_data[:, 0]
     h_itre_dat = h_itre_dat_data[:, 1]
+
     ica_itre_dat_data = np.loadtxt(ica_itre_dat_file)
     time_ica_itre_dat = ica_itre_dat_data[:, 0]
     ica_itre_dat = ica_itre_dat_data[:, 1] * -0.1
+
     caConc_dat_data = np.loadtxt(caConc_dat_file)
     time_caConc_dat = caConc_dat_data[:, 0]
     caConc_dat = caConc_dat_data[:, 1]
@@ -45,34 +49,39 @@ def compare_all():
     axes[0, 0].set_title('Voltage Comparison', fontsize=12)
     axes[0, 0].legend(fontsize=8)
     axes[0, 0].grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
+
     axes[0, 1].plot(time_h_itre_dat, h_itre_dat, 'b-', label='nml h_itre', linewidth=2)
     axes[0, 1].plot(time_json, h_itre_json, 'r--', label='netpyne h_itre', linewidth=1.5)
     axes[0, 1].set_xlabel('Time (s)', fontsize=10)
     axes[0, 1].set_ylabel('h_itre', fontsize=10)
     axes[0, 1].set_title('h_itre Comparison', fontsize=12)
     axes[0, 1].legend(fontsize=8)
     axes[0, 1].grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
+
     axes[1, 0].plot(time_m_itre_dat, m_itre_dat, 'b-', label='nml m_itre', linewidth=2)
     axes[1, 0].plot(time_json, m_itre_json, 'r--', label='netpyne m_itre', linewidth=1.5)
     axes[1, 0].set_xlabel('Time (s)', fontsize=10)
     axes[1, 0].set_ylabel('m_itre', fontsize=10)
     axes[1, 0].set_title('m_itre Comparison', fontsize=12)
     axes[1, 0].legend(fontsize=8)
     axes[1, 0].grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
+
     axes[1, 1].plot(time_ica_itre_dat, ica_itre_dat, 'b-', label='nml ica_itre', linewidth=2)
     axes[1, 1].plot(time_json, ica_itre_json, 'r--', label='netpyne ica_itre', linewidth=1.5)
     axes[1, 1].set_xlabel('Time (s)', fontsize=10)
     axes[1, 1].set_ylabel('ica_itre', fontsize=10)
     axes[1, 1].set_title('ica_itre Comparison', fontsize=12)
     axes[1, 1].legend(fontsize=8)
     axes[1, 1].grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
+
     axes[2, 0].plot(time_caConc_dat, caConc_dat, 'b-', label='nml caConc', linewidth=2)
     axes[2, 0].plot(time_json, caConc_json, 'r--', label='netpyne caConc', linewidth=1.5)
     axes[2, 0].set_xlabel('Time (s)', fontsize=10)
     axes[2, 0].set_ylabel('caConc', fontsize=10)
     axes[2, 0].set_title('caConc Comparison', fontsize=12)
     axes[2, 0].legend(fontsize=8)
     axes[2, 0].grid(True, linestyle='--', alpha=0.7)
+    
     axes[2, 1].axis('off')
     plt.tight_layout()
     current_dir = os.getcwd()