diff --git a/.gitattributes b/.gitattributes
new file mode 100644
index 00000000..3f05ce19
--- /dev/null
+++ b/.gitattributes
@@ -0,0 +1,12 @@
+# Forzar line endings LF para código
+* text=auto eol=lf
+*.py text eol=lf
+*.md text eol=lf
+*.txt text eol=lf
+
+# Tratar binarios como binarios
+*.png binary
+*.jpg binary
+*.gif binary
+*.pdb binary
+
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 9ac0016a..705c3924 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -1,41 +1,30 @@
-# Compiled source #
-###################
-*.com
-*.class
-*.dll
-*.exe
-*.o
-*.so
-*.pyc
-*.py.swp
-
-# Packages #
-############
-# it's better to unpack these files and commit the raw source
-# git has its own built in compression methods
-*.7z
-*.dmg
-*.gz
-*.iso
-*.rar
-*.tar
-*.zip
-
-# Logs and databases #
-######################
-*.log
-*.sql
-*.sqlite
-
-# OS generated files #
-######################
-.DS_Store*
-ehthumbs.db
-Icon?
-Thumbs.db
-*~
-*.bak
-
-# IDE #
-#######
-.idea
+# Archivos y carpetas de Python
+__pycache__/
+*.py[cod]
+*.pyc
+*.pyo
+*.pyd
+
+# Configuración de entornos virtuales
+.env
+ENV/
+.venv
+env/
+venv/
+*.env
+
+# Archivos de PyMOL
+*.pse
+*.log
+*.pdbqt
+*.out
+
+# Archivos temporales del sistema
+.DS_Store
+Thumbs.db
+ehthumbs.db
+desktop.ini
+
+# Archivos de VSCode
+.vscode/
+.ipynb_checkpoints/
diff --git a/PPIIMoL.py b/PPIIMoL.py
new file mode 100644
index 00000000..0b89bebc
--- /dev/null
+++ b/PPIIMoL.py
@@ -0,0 +1,1321 @@
+"""
+PPIIMoL - PPII Helix Detector for PyMOL
+---------------------------------------
+
+This PyMOL plugin detects polyproline II (PPII) helices in protein structures using dihedral angles (phi/psi)
+and helps visualize relevant interactions with non-canonical hydrogen bonds.
+
+Main Features:
+- Load PDB files or fetch proteins by ID.
+- Calculate phi/psi angles for backbone atoms.
+- Automatically identify candidate PPII helices.
+- Visualize key atom distances and angles (CA–H–O).
+- Export CSV and PDB reports of detected segments.
+- User-friendly interface with Tkinter.
+
+Usage:
+- Run this script from PyMOL: `run PPIIMoL.py`
+- Launch the GUI with: `lanzar_interfaz()`
+- Alternatively, use core functions like: `detectar_segmentos_ppii("your_object")`
+
+Dependencies:
+- PyMOL with Python support
+- Python 3.x
+- Tkinter
+
+Authors:
+- Silvia Enma (2025), Instituto de Química-Física "Blas Cabrera" (CSIC)
+- GitHub: https://github.com/silviaenma/ppii-detector-pymol
+
+License:
+- GNU GPL v3
+
+Note:
+- This script was originally written in Spanish for internal lab use, but has been translated for the PyMOL community.
+"""
+
+from pymol import cmd, stored
+import tkinter as tk
+import math
+from pathlib import Path
+from datetime import datetime
+import os
+from tkinter import filedialog, messagebox
+import tkinter as tk
+from tkinter import ttk, messagebox
+import os
+import csv
+
+
+# Valores por defecto (se actualizarán cuando el usuario los cambie)
+tol_phi_global = 20.0
+tol_psi_global = 20.0
+min_ang_global = 110.0
+max_ang_global = 180.0
+
+
+pdb_file = None
+segmentos_ppii_global = []  # Variable global para guardar segmentos PPII detectados
+localizar_atomos=None
+distancias=None
+angulos_v=None
+objetos = None
+pares = None
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OBTENER_CARPETA_RESULTADOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+obtener_carpeta_resultados(nombre_carpeta='Resultados_PyMOL')
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Crea una carpeta con fecha actual dentro del directorio Documentos
+    (o equivalente) del usuario para guardar los resultados generados
+    por el módulo.
+
+Parámetros:
+    nombre_carpeta : str, opcional
+        Nombre base para la carpeta de resultados (por defecto 'Resultados_PyMOL').
+
+Retorno:
+    pathlib.Path
+        Ruta completa a la carpeta creada.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> carpeta = obtener_carpeta_resultados("Resultados_PPIIMoL")
+    >>> print(carpeta)
+    /home/usuario/Documentos/Resultados_PPIIMoL_2025-07-05
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def obtener_carpeta_resultados(nombre_carpeta="Resultados_PyMOL"):
+    # Formatear fecha y hora actual (compatible con ambos sistemas)
+    fecha_hora = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d")
+    
+    # Usar ~/Documents o ~/Documentos según el sistema
+    documentos = Path.home() / ("Documentos" if os.getenv('LANG', '').startswith('es_') else "Documents")
+    
+    # Si no existe, crear directorio en HOME directamente
+    if not documentos.exists():
+        documentos = Path.home()
+    
+    # Crear nombre de carpeta combinado
+    nombre_completo = f"{nombre_carpeta}_{fecha_hora}"
+    carpeta_resultados = documentos / nombre_completo
+    
+    # Crear la carpeta (con parents=True por si faltan directorios padres)
+    carpeta_resultados.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+    
+    return carpeta_resultados
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: SELECCIONAR_ARCHIVO    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+seleccionar_archivo()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Abre un cuadro de diálogo para que el usuario seleccione un archivo PDB
+    de entrada. La ruta seleccionada se guarda en la variable global pdb_file.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> seleccionar_archivo()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def seleccionar_archivo():
+    global pdb_file
+    pdb_file = filedialog.askopenfilename(
+        title="Selecciona un archivo PDB",
+        filetypes=[("Archivos PDB", "*.pdb")]
+    )
+    if pdb_file:
+        cmd.reinitialize()
+        cmd.load(pdb_file, "proteina")
+        cmd.hide("everything", "proteina")  # Ocultar todo lo visible
+        cmd.show("licorice", "proteina")   # Mostrar como licorice
+        messagebox.showinfo("Archivo cargado", f"Se cargó:\n{pdb_file}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DESCARGAR_MOLECULA    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+descargar_molecula()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Abre una ventana emergente para permitir al usuario introducir un ID
+    de proteína del Protein Data Bank (PDB) y descargar automáticamente
+    la estructura correspondiente. Una vez descargada, la molécula se 
+    carga en PyMOL, se ocultan todas las representaciones gráficas 
+    actuales y se muestra la proteína usando el estilo "licorice".
+    La ruta o ID de la proteína descargada se guarda en la variable global
+    pdb_file.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> descargar_molecula()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def descargar_molecula():
+    global pdb_file
+    def fetch_pdb():
+        global pdb_file
+        pdb_id = entry.get().strip()
+        if pdb_id:
+            try:
+                cmd.reinitialize()
+                cmd.fetch(pdb_id, name="proteina")
+                cmd.hide("everything", "proteina")
+                cmd.show("licorice", "proteina")
+                # Aquí asignamos pdb_file con un valor para simular archivo cargado
+                pdb_file = pdb_id  # Solo guardamos el ID para que funcione la lógica de “selección”
+                messagebox.showinfo("Descarga completa", f"Molécula {pdb_id.upper()} descargada y cargada.")
+                fetch_window.destroy()
+            except Exception as e:
+                messagebox.showerror("Error", f"No se pudo descargar {pdb_id}: {e}")
+        else:
+            messagebox.showwarning("Advertencia", "Por favor ingresa un ID de PDB.")
+    
+    fetch_window = tk.Toplevel()
+    fetch_window.title("Descargar proteína")
+    tk.Label(fetch_window, text="ID de la proteína (PDB):").pack(pady=5)
+    entry = tk.Entry(fetch_window, width=20)
+    entry.pack(pady=5)
+    tk.Button(fetch_window, text="Descargar", command=fetch_pdb).pack(pady=5)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: ANADIR_HIDROGENOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+anadir_hidrogenos()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Añade átomos de hidrógeno a todas las moléculas cargadas
+    en la sesión actual de PyMOL. Una vez añadidos, la 
+    estructura se reorganiza para optimizar la visualización 
+    y se muestra usando el estilo "licorice". Si no hay 
+    ningún archivo PDB cargado previamente, se muestra una 
+    advertencia al usuario.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> anadir_hidrogenos()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def anadir_hidrogenos():
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+    cmd.h_add("all")
+    cmd.sort("all extend 1")
+    cmd.show("licorice", "all")
+    messagebox.showinfo("Hidrógenos", "Hidrógenos añadidos y mostrados como licorice.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: ELIMINAR_SOLVENTES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+eliminar_solventes()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Elimina todas las moléculas de solvente presentes en la 
+    estructura cargada en PyMOL. Tras la eliminación, se 
+    muestra un mensaje informativo al usuario confirmando 
+    la acción realizada.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> eliminar_solventes()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def eliminar_solventes():
+    cmd.remove("solvent")
+    messagebox.showinfo("Solventes", "Solventes eliminados.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OCULTAR_SIDE_CHAINS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+ocultar_side_chains()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Oculta todas las cadenas laterales de los residuos de 
+    la proteína cargada en PyMOL, dejando visibles únicamente 
+    los átomos del esqueleto principal (backbone: N, CA, C, O). 
+    Esta función permite centrar la visualización en la 
+    estructura principal de la proteína sin distracciones.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> ocultar_side_chains()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def ocultar_side_chains():
+    cmd.hide("everything", "proteina and not name N+CA+C+O")
+    messagebox.showinfo("Backbone", "Cadenas laterales ocultas (solo backbone).")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: SEPARAR_CADENAS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+separar_cadenas()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Separa cada cadena de la proteína cargada en PyMOL 
+    en objetos individuales. Cada nueva cadena se guarda 
+    como un objeto separado con un nombre identificador 
+    en el formato "cadena_X", donde X es el identificador 
+    de la cadena original. Esta función facilita la 
+    manipulación y análisis individual de las cadenas.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> separar_cadenas()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def separar_cadenas():
+    stored.chains = []
+    cmd.iterate("proteina", "stored.chains.append(chain)")
+    for cadena in set(stored.chains):
+        nuevo_objeto = f"cadena_{cadena}"
+        cmd.create(nuevo_objeto, f"proteina and chain {cadena}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OBTENER_ANGULOS_PHI_PSI_POR_CADENA    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto="proteina")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos torsionales phi (ϕ) y psi (ψ) de cada 
+    residuo en todas las cadenas del objeto especificado 
+    cargado en PyMOL. Los resultados se devuelven en un 
+    diccionario que asocia cada residuo con su nombre, número 
+    y los valores de los ángulos phi y psi correspondientes.
+
+Parámetros:
+    objeto : str, opcional
+        Nombre del objeto cargado en PyMOL sobre el cual se 
+        calcularán los ángulos (por defecto "proteina").
+
+Retorno:
+    dict
+        Diccionario con las claves como tuplas (cadena, número 
+        de residuo) y valores como tuplas (nombre del residuo, 
+        ángulo phi, ángulo psi).
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> resultados = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena()
+    >>> print(resultados)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto="proteina"):
+    resultados = {}
+    chains = cmd.get_chains(objeto)
+    for chain in chains:
+        sel_ca = f"{objeto} and chain {chain} and name CA"
+        phipsi = cmd.get_phipsi(sel_ca)
+        if not phipsi:
+            continue
+        for (obj, idx), (phi, psi) in sorted(phipsi.items()):
+            if phi is None or psi is None:
+                continue
+            stored.info = []
+            cmd.iterate(f"({obj}`{idx})", "stored.info.append((chain, resn, resi))", space={'stored': stored})
+            if not stored.info:
+                continue
+            ch, resn, resi = stored.info[0]
+            resultados[(ch, resi)] = (resn, phi, psi)
+    return resultados
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GUARDAR_CSV_ANGULOS_PHI_PSI    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+guardar_csv_angulos_phi_psi()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Genera un archivo CSV con los ángulos torsionales phi (ϕ) 
+    y psi (ψ) calculados para cada residuo de la proteína 
+    cargada en PyMOL. El archivo se guarda en una carpeta 
+    de resultados con el nombre "angulos_phi_psi.csv" e 
+    incluye información de la cadena, el residuo, su número 
+    y los valores de los ángulos.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> guardar_csv_angulos_phi_psi()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def guardar_csv_angulos_phi_psi():
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+
+    phi_map = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena("proteina")
+
+    stored.res_list = []
+    cmd.iterate("proteina and name CA", "stored.res_list.append((chain, resn, resi))")
+
+    datos_csv = [("Cadena", "Residuo", "Número", "Phi", "Psi")]
+
+    for chain, resn, resi in sorted(stored.res_list, key=lambda x: (x[0], int(x[2]))):
+        key = (chain, resi)
+        if key in phi_map:
+            resn_val, phi, psi = phi_map[key]
+            datos_csv.append((chain, resn, resi, f"{phi:.2f}", f"{psi:.2f}"))
+    carpeta= obtener_carpeta_resultados()
+    # Guardar en CSV con separador ;
+    if len(datos_csv) > 1:
+        ruta_csv = os.path.join(os.getcwd(), carpeta/"angulos_phi_psi.csv")
+        with open(ruta_csv, mode="w", newline="", encoding="utf-8") as file:
+            writer = csv.writer(file, delimiter=";")
+            writer.writerows(datos_csv)
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"CSV generado correctamente:\n{ruta_csv}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GENERAR_REPORTE_CSV    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+generar_reporte_csv(segmentos_ppii, max_dist=5.0, nombre_archivo="reporte_ppii.csv", min_ang=110.0, max_ang=180.0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Genera un archivo CSV con un informe detallado sobre los 
+    segmentos de hélices PPII detectados en la proteína cargada 
+    en PyMOL. El reporte incluye pares de átomos Cα-O colindantes, 
+    sus distancias, los ángulos CA-H-O calculados y los valores 
+    validados según los rangos definidos. El archivo se guarda 
+    en una carpeta de resultados con el nombre especificado.
+
+Parámetros:
+    segmentos_ppii : list
+        Lista de segmentos PPII detectados en la proteína.
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los 
+        pares de átomos colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    nombre_archivo : str, opcional
+        Nombre del archivo CSV que se generará. Por defecto 
+        es "reporte_ppii.csv".
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo en grados para filtrar los ángulos CA-H-O 
+        válidos. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo en grados para filtrar los ángulos CA-H-O 
+        válidos. Por defecto es 180.0°.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> generar_reporte_csv(segmentos_ppii)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def generar_reporte_csv(segmentos_ppii, max_dist=5.0, nombre_archivo="reporte_ppii.csv", min_ang=110.0, max_ang=180.0):
+    if not segmentos_ppii:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "No hay segmentos PPII detectados.")
+        return
+
+    objetos_por_segmento = localizar_atomos
+    pares_ca_o=distancias
+    angulos_validos=angulos_v
+    if objetos_por_segmento ==None:
+        objetos_por_segmento = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii)
+    if pares_ca_o is None:
+        pares_ca_o = calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=max_dist)
+    
+    # PASAMOS LOS ÁNGULOS AQUÍ
+    if angulos_validos is None:
+        angulos_validos = calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+    dist_dict = {}
+    for ca, o in pares_ca_o:
+        if not (cmd.count_atoms(ca) and cmd.count_atoms(o)):
+            continue
+        coord_ca = cmd.get_coords(ca)[0]
+        coord_o = cmd.get_coords(o)[0]
+        dist = math.sqrt(sum((a - b)**2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o)))
+        dist_dict[(ca, o)] = dist
+
+    ang_dict = {(ca, o): ang for ca, _, o, ang in angulos_validos}
+
+    datos_csv = [["Átomo Cα", "Átomo O", "Distancia (Å)", "Ángulo CA-H-O (°)"]]
+    for (ca, o), dist in dist_dict.items():
+        ang = ang_dict.get((ca, o), None)
+        if ang is not None:
+            datos_csv.append([ca, o, f"{dist:.2f}", f"{ang:.2f}"])
+
+    ruta_csv = obtener_carpeta_resultados() / nombre_archivo
+    with open(ruta_csv, 'w', newline='', encoding='utf-8') as f:
+        writer = csv.writer(f, delimiter=';')
+        writer.writerows(datos_csv)
+
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"CSV generado correctamente:\n{ruta_csv}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: LOCALIZAR_ATOMICOS_CLAVE_SEGMENTOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Localiza y marca en PyMOL los átomos clave (Cα y O) de 
+    cada segmento PPII detectado. Crea pseudoátomos en las 
+    posiciones correspondientes para facilitar la visualización 
+    y análisis. Los átomos Cα se marcan en color azul y los O 
+    en color rojo, agrupándolos bajo el nombre "atomos_clave".
+
+Parámetros:
+    segmentos : list
+        Lista de segmentos PPII detectados en la proteína.
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de listas, donde cada sublista contiene los 
+        nombres de los pseudoátomos creados para un segmento.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos):
+    global localizar_atomos
+    cmd.delete("esfera_*")
+    objetos_por_segmento = []
+    cmd.h_add()
+
+    for idx, seg in enumerate(segmentos, start=1):
+        objetos_segmento = []
+
+        for (resn, resi, chain, _, _) in seg:
+            sele_base = f"proteina and chain {chain} and resi {resi}"
+            stored.coords = []
+
+            # Átomo CA (carbono alfa)
+            stored.ca_coords = []
+            cmd.iterate_state(
+                1,
+                f"{sele_base} and name CA",
+                "stored.ca_coords.append((x, y, z))",
+                space={'stored': stored}
+            )
+
+            # Oxígeno carbonilo
+            stored.o_coords = []
+            cmd.iterate_state(
+                1,
+                f"{sele_base} and name O",
+                "stored.o_coords.append((x, y, z))",
+                space={'stored': stored}
+            )
+
+            # Crear pseudoatomos con nombres consistentes
+            if stored.ca_coords:
+                x, y, z = stored.ca_coords[0]
+                esfera_name = f"esfera_s{idx}_CA_{resn}_{resi}_{chain}"
+                cmd.pseudoatom(esfera_name, pos=[x, y, z])
+                cmd.set("sphere_scale", 0.3, esfera_name)
+                cmd.color("blue", esfera_name)
+                objetos_segmento.append(esfera_name)
+
+            if stored.o_coords:
+                x, y, z = stored.o_coords[0]
+                esfera_name = f"esfera_s{idx}_O_{resn}_{resi}_{chain}"
+                cmd.pseudoatom(esfera_name, pos=[x, y, z])
+                cmd.set("sphere_scale", 0.3, esfera_name)
+                cmd.color("red", esfera_name)
+                objetos_segmento.append(esfera_name)
+
+        objetos_por_segmento.append(objetos_segmento)
+
+    cmd.group("atomos_clave", "esfera_*")
+    localizar_atomos = objetos_por_segmento
+    return objetos_por_segmento
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_DISTANCIAS_COLINDANTES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=5.0, archivo_salida="distancias_colindantes.txt")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula las distancias entre los átomos Cα y O de segmentos 
+    PPII consecutivos o cercanos. Identifica los pares cuya 
+    distancia es menor al valor máximo especificado. Guarda los 
+    resultados en un archivo de texto y devuelve la lista de 
+    pares de átomos que cumplen el criterio.
+
+Parámetros:
+    objetos_por_segmento : list
+        Lista de listas con los nombres de los pseudoátomos 
+        (Cα y O) de cada segmento.
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los pares 
+        Cα-O como colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    archivo_salida : str, opcional
+        Nombre del archivo de texto donde se guardarán las 
+        distancias calculadas. Por defecto es 
+        "distancias_colindantes.txt".
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (Cα, O) cuya distancia es menor a max_dist.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> pares = calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=5.0, archivo_salida="distancias_colindantes.txt"):
+    global distancias
+    pares_ca_o = []
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    archivo_salida = carpeta / archivo_salida
+    coordenadas = {}
+
+    for segmento in objetos_por_segmento:
+        for obj in segmento:
+            coords = cmd.get_coords(obj)
+            if coords is None or len(coords) == 0:
+                continue
+            coordenadas[obj] = coords[0]
+
+    def es_CA(obj): return "_CA_" in obj
+    def es_O(obj): return "_O_" in obj
+
+    max_dist_sq = max_dist ** 2
+
+    for salto in [1, 2]:
+        for i in range(len(objetos_por_segmento) - salto):
+            seg1 = objetos_por_segmento[i]
+            seg2 = objetos_por_segmento[i + salto]
+
+            ca1 = [obj for obj in seg1 if es_CA(obj)]
+            o2 = [obj for obj in seg2 if es_O(obj)]
+            ca2 = [obj for obj in seg2 if es_CA(obj)]
+            o1 = [obj for obj in seg1 if es_O(obj)]
+
+            # Comparar ca1 con o2
+            for ca in ca1:
+                coord_ca = coordenadas.get(ca)
+                if coord_ca is None:
+                    continue
+                for o in o2:
+                    coord_o = coordenadas.get(o)
+                    if coord_o is None:
+                        continue
+                    dist_sq = sum((a - b) ** 2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o))
+                    if dist_sq < max_dist_sq:
+                        pares_ca_o.append((ca, o))
+
+            # Comparar ca2 con o1
+            for ca in ca2:
+                coord_ca = coordenadas.get(ca)
+                if coord_ca is None:
+                    continue
+                for o in o1:
+                    coord_o = coordenadas.get(o)
+                    if coord_o is None:
+                        continue
+                    dist_sq = sum((a - b) ** 2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o))
+                    if dist_sq < max_dist_sq:
+                        pares_ca_o.append((ca, o))
+
+    with open(archivo_salida, "w") as f:
+        f.write(f"Pares CA-O con distancia < {max_dist} Å:\n")
+        for i, (ca, o) in enumerate(pares_ca_o):
+            dist = math.sqrt(sum((a - b)**2 for a, b in zip(coordenadas[ca], coordenadas[o])))
+            f.write(f"{i:03d} | {ca} - {o} : {dist:.2f} Å\n")
+
+    print(f"[DEBUG] Total de pares CA-O guardados: {len(pares_ca_o)}")
+    distancias= pares_ca_o
+    return pares_ca_o
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_ANGULOS_CA_H_O    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=110.0, max_ang=180.0, archivo_salida="angulos_ca_h_o.txt")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos formados entre los átomos Cα-H-O para 
+    cada par de átomos Cα-O proporcionado. Filtra y guarda 
+    únicamente los ángulos que estén dentro del rango definido 
+    por min_ang y max_ang. Los resultados se almacenan en un 
+    archivo de texto y se devuelven como una lista.
+
+Parámetros:
+    pares_ca_o : list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (Cα, O) sobre los que se calcularán los ángulos.
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo (en grados) para considerar válido un 
+        ángulo CA-H-O. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo (en grados) para considerar válido un 
+        ángulo CA-H-O. Por defecto es 180.0°.
+    archivo_salida : str, opcional
+        Nombre del archivo de texto donde se guardarán los 
+        ángulos calculados. Por defecto es "angulos_ca_h_o.txt".
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de tuplas con la información de cada ángulo válido 
+        en el formato (Cα, H, O, ángulo).
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> angulos = calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=110.0, max_ang=180.0, archivo_salida="angulos_ca_h_o.txt"):
+    global angulos_v
+    angulos_validos = []
+    archivo_salida = obtener_carpeta_resultados() / archivo_salida
+    archivo_salida.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    with open(archivo_salida, "w") as f:
+        f.write("CA - H - O : Ángulo (grados)\n")
+
+        for ca, o in pares_ca_o:
+            if not (cmd.count_atoms(ca) and cmd.count_atoms(o)):
+                continue
+
+            # Extraer resn, resi y chain
+            partes = ca.split("_")
+            if len(partes) < 4:
+                f.write(f"# Nombre inválido para {ca}\n")
+                continue
+
+            resn = partes[-3]
+            resi = partes[-2]
+            chain = partes[-1]
+
+            # Buscar Hs sin usar "model"
+            seleccion = f"resn {resn} and resi {resi} and chain {chain} and name H*"
+            try:
+                hidrogenos = cmd.get_model(seleccion).atom
+            except Exception as e:
+                f.write(f"# Error al buscar H para {ca} ({seleccion}): {e}\n")
+                continue
+
+            if not hidrogenos:
+                f.write(f"# No se encontraron H para {ca} (búsqueda: {seleccion})\n")
+                continue
+
+            for h in hidrogenos:
+                h_sel = f"/{h.model}//{h.chain}/{h.resi}/{h.name}"
+                h_nombre = f"{h.resn}-{h.resi}{h.chain}_{h.name}"
+                try:
+                    ang = cmd.get_angle(ca, h_sel, o)
+                    if min_ang <= abs(ang) <= max_ang:
+                        angulos_validos.append((ca, h_nombre, o, ang))
+                        f.write(f"{ca} - {h_nombre} - {o} : {ang:.2f}°\n")
+                except Exception as e:
+                    f.write(f"# Error al calcular ángulo para {ca}, {h_sel}, {o} : {e}\n")
+    angulos_v= angulos_validos
+    return angulos_validos
+
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_Y_GUARDAR_ANGULOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_y_guardar_angulos()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos CA-H-O para los segmentos PPII previamente 
+    detectados en la proteína cargada en PyMOL. Localiza los átomos 
+    clave, obtiene las distancias colindantes y calcula los ángulos 
+    que cumplen con el rango de validez (110°-180°). Los resultados 
+    se guardan en un archivo de texto llamado "angulos_ca_h_o.txt" 
+    dentro de la carpeta de resultados.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> calcular_y_guardar_angulos()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+
+def calcular_y_guardar_angulos():
+    global segmentos_ppii_global
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+    
+    # Obtener los objetos atómicos clave
+    objetos = localizar_atomos
+    if objetos is None:
+        objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    
+    # Calcular distancias para obtener las tripletas
+    tripletas = calcular_distancias_colindantes(objetos)
+    
+    # Calcular y guardar ángulos
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    archivo_salida = carpeta / "angulos_ca_h_o.txt"
+    angulos = calcular_angulos_ca_h_o(tripletas, str(archivo_salida))  # Convertir a string para PyMOL
+    
+    if angulos:
+        messagebox.showinfo("Éxito", f"Ángulos CA-H-O guardados en:\n{archivo_salida}")
+    else:
+        messagebox.showwarning("Aviso", "No se encontraron ángulos válidos (110°-180°)")
+
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: VISUALIZAR_DISTANCIAS_PARES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+"""
+visualizar_distancias_pares(pares_candidatos)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Dibuja y visualiza en PyMOL las distancias entre los pares 
+    de átomos proporcionados. Cada distancia se representa como 
+    una línea discontinua (dashed line) de color cian para 
+    facilitar la identificación de interacciones potenciales.
+
+Parámetros:
+    pares_candidatos : list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (atomo1, atomo2) que se desean visualizar.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> visualizar_distancias_pares(pares_candidatos)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+
+def visualizar_distancias_pares(pares_candidatos):
+    if not pares_candidatos:
+        messagebox.showinfo("Visualización", "No hay pares de átomos para visualizar.")
+        return
+
+    cmd.delete("distancia_ppii")
+
+    for i, (at1, at2) in enumerate(pares_candidatos, start=1):
+        nombre_dist = f"distancia_ppii_{i}"
+        cmd.distance(nombre_dist, at1, at2)
+        cmd.set("dash_width", 4, nombre_dist)
+        cmd.set("dash_length", 0.5, nombre_dist)
+        cmd.color("cyan", nombre_dist)
+
+    messagebox.showinfo("Visualización", f"Visualizados {len(pares_candidatos)} pares de distancias colindantes.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DETECTAR_SEGMENTOS_PPII    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+detectar_segmentos_ppii(objeto="proteina", min_length=3, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0, max_saltos=0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Detecta segmentos de hélices de tipo poliprolina II (PPII) 
+    en la proteína cargada en PyMOL. Analiza los ángulos 
+    torsionales phi (ϕ) y psi (ψ) de cada residuo para 
+    identificar regiones consecutivas compatibles con la 
+    conformación PPII según los criterios de tolerancia 
+    definidos. Permite configurar la longitud mínima de los 
+    segmentos y el número máximo de saltos permitidos entre 
+    residuos consecutivos.
+
+Parámetros:
+    objeto : str, opcional
+        Nombre del objeto cargado en PyMOL sobre el que se 
+        realizará la detección. Por defecto es "proteina".
+    min_length : int, opcional
+        Longitud mínima (en número de residuos) que debe tener 
+        un segmento para ser considerado PPII. Por defecto es 3.
+    tol_phi : float, opcional
+        Tolerancia en grados para el ángulo phi respecto a 
+        los valores característicos de la conformación PPII. 
+        Por defecto es 20.0°.
+    tol_psi : float, opcional
+        Tolerancia en grados para el ángulo psi respecto a 
+        los valores característicos de la conformación PPII. 
+        Por defecto es 20.0°.
+    max_saltos : int, opcional
+        Número máximo de residuos consecutivos que pueden 
+        incumplir los criterios de PPII dentro de un segmento 
+        sin interrumpirlo. Por defecto es 0.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> detectar_segmentos_ppii()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def detectar_segmentos_ppii(objeto="proteina", min_length=3, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0, max_saltos=0):
+    global segmentos_ppii_global
+
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+
+    phi_psi_map = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto)
+    lista_residuos = []
+    for (chain, resi), (resn, phi, psi) in phi_psi_map.items():
+        try:
+            resi_num = int(resi)
+        except:
+            continue
+        lista_residuos.append((chain, resi_num, resn, phi, psi))
+    lista_residuos.sort(key=lambda x: (x[0], x[1]))
+
+    segmentos = []
+    segmento_actual = []
+    saltos_restantes = max_saltos  # Contador de saltos permitidos
+
+    def en_rango_ppii(phi, psi, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0):
+    # Valores IDEALES para PPII: φ = -75°, ψ = +145°
+        return (abs(phi - (-75)) <= tol_phi) and (abs(psi - 145) <= tol_psi)
+
+    for i, (chain, resi, resn, phi, psi) in enumerate(lista_residuos):
+        if en_rango_ppii(phi, psi, tol_phi, tol_psi):
+            # Si cumple, reiniciamos el contador de saltos
+            saltos_restantes = max_saltos
+            if not segmento_actual:
+                segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+            else:
+                _, last_resi, last_chain, _, _ = segmento_actual[-1]
+                if chain == last_chain and resi == last_resi + 1:
+                    segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+                else:
+                    if len(segmento_actual) >= min_length:
+                        segmentos.append(segmento_actual)
+                    segmento_actual = [(resn, resi, chain, phi, psi)]
+        else:
+            # Si no cumple pero hay saltos disponibles
+            if segmento_actual and saltos_restantes > 0:
+                _, last_resi, last_chain, _, _ = segmento_actual[-1]
+                if chain == last_chain and resi == last_resi + 1:
+                    segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+                    saltos_restantes -= 1
+                    continue
+            
+            # Si no hay saltos disponibles o no es consecutivo
+            if len(segmento_actual) >= min_length:
+                segmentos.append(segmento_actual)
+            segmento_actual = []
+            saltos_restantes = max_saltos
+
+    # Añadir el último segmento si cumple con la longitud mínima
+    if len(segmento_actual) >= min_length:
+        segmentos.append(segmento_actual)
+
+    if not segmentos:
+        messagebox.showinfo("Resultado", "No se encontraron segmentos PPII.")
+        return
+
+    cmd.delete("ppii_segmento*")
+
+    salida = f"Segmentos candidatos a hélices PPII (saltos permitidos: {max_saltos}):\n"
+    for idx, seg in enumerate(segmentos, start=1):
+        start_resi = seg[0][1]
+        end_resi = seg[-1][1]
+        chain = seg[0][2]
+        salida += f"\nSegmento {idx} (Cadena {chain}, residuos {start_resi}-{end_resi}, longitud {len(seg)}):\n"
+        for (resn, resi, _, phi, psi) in seg:
+            salida += f"  {resn}-{resi}{chain}: (phi={phi:.1f}, psi={psi:.1f})\n"
+
+        sel_str = f"proteina and chain {chain} and resi {start_resi}-{end_resi}"
+        obj_name = f"ppii_segmento_{chain}_{start_resi}_{end_resi}"
+        cmd.create(obj_name, sel_str)
+        cmd.color("red", obj_name)
+        cmd.show("cartoon", obj_name)
+
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    ruta_archivo = carpeta / "segmentos_ppii.txt"
+    with open(ruta_archivo, "w") as f:
+        f.write(salida)
+
+    segmentos_ppii_global = segmentos
+
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"{len(segmentos)} segmentos PPII detectados (con {max_saltos} saltos permitidos).\n"
+                               f"Átomos clave visualizados en PyMOL.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GUARDAR_SEGMENTO_PPII_PDB    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+guardar_segmento_ppii_pdb(segmento, nombre_archivo="segmento_ppii.pdb")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Guarda en un archivo PDB un segmento específico de hélice 
+    PPII previamente detectado en la proteína cargada en PyMOL. 
+    El archivo se genera con el nombre especificado dentro de la 
+    carpeta de resultados.
+
+Parámetros:
+    segmento : list
+        Lista con los residuos que forman el segmento PPII a guardar.
+    nombre_archivo : str, opcional
+        Nombre del archivo PDB que se generará. Por defecto es 
+        "segmento_ppii.pdb".
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> guardar_segmento_ppii_pdb(segmentos_ppii[0])
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def guardar_segmentos_ppii_pdb():
+    global segmentos_ppii_global
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+
+    # Para cada segmento almacenado, construimos el nombre de objeto y hacemos cmd.save
+    count = 0
+    for seg in segmentos_ppii_global:
+        start_resi = seg[0][1]
+        end_resi = seg[-1][1]
+        chain = seg[0][2]
+        obj_name = f"ppii_segmento_{chain}_{start_resi}_{end_resi}"
+        # Comprobamos que el objeto efectivamente exista en PyMOL
+        if cmd.count_atoms(f"{obj_name}") > 0:
+            
+            filename = carpeta / f"{obj_name}.pdb"
+            try:
+                cmd.save(filename, obj_name)
+                count += 1
+            except Exception as e:
+                print(f"Error guardando {obj_name}: {e}")
+        else:
+            print(f"Objeto {obj_name} no encontrado en la sesión de PyMOL.")
+
+    if count > 0:
+        messagebox.showinfo("Éxito", f"Se guardaron {count} archivos PDB de segmentos PPII:\n"
+                                     f"{os.getcwd()}")
+    else:
+        messagebox.showwarning("Atención", "No se guardó ningún segmento (quizá no existan objetos en PyMOL).")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CONVERTIR_A_SELECCIONES_PYMOL    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Convierte una lista de pares de átomos con sus distancias en 
+    selecciones de PyMOL. Cada par se representa como una selección 
+    que facilita la visualización y el análisis de las interacciones 
+    detectadas.
+
+Parámetros:
+    pares_con_distancias : list
+        Lista de tuplas en el formato (atomo1, atomo2, distancia) 
+        que serán convertidas en selecciones de PyMOL.
+
+Retorno:
+    list
+        Lista con los nombres de las selecciones creadas en PyMOL.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> selecciones = convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias):
+    selecciones = []
+    for at1, at2, _ in pares_con_distancias:
+        sele1 = f"id {cmd.index(at1)[0][1]}"
+        sele2 = f"id {cmd.index(at2)[0][1]}"
+        selecciones.append((sele1, sele2))
+    return selecciones
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_Y_VISUALIZAR_DISTANCIAS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_y_visualizar_distancias(max_dist=5.0, min_ang=110.0, max_ang=180.0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula las distancias entre átomos Cα-O de segmentos PPII 
+    consecutivos y los ángulos CA-H-O asociados. Visualiza en 
+    PyMOL los pares de átomos que cumplen con los criterios de 
+    distancia y ángulo definidos por el usuario. Los pares 
+    válidos se representan con líneas discontinuas (dashed lines) 
+    en color cian para facilitar el análisis.
+
+Parámetros:
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los pares 
+        Cα-O como colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo (en grados) para considerar válido un ángulo 
+        CA-H-O. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo (en grados) para considerar válido un ángulo 
+        CA-H-O. Por defecto es 180.0°.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> calcular_y_visualizar_distancias()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_y_visualizar_distancias(max_dist=5.0, min_ang=110.0, max_ang=180.0):
+    global segmentos_ppii_global
+    global objetos, pares
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+    if objetos is None:
+        objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    if pares is None:
+        pares = calcular_distancias_colindantes(objetos, max_dist=max_dist)
+    
+    calcular_angulos_ca_h_o(pares, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DISTANCIAS_P    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+distancias_p()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Visualiza en PyMOL todas las distancias entre los pares 
+    de átomos Cα-O previamente calculados y almacenados. 
+    Cada distancia se dibuja como una línea discontinua 
+    (dashed line) para facilitar el análisis estructural 
+    de la proteína.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> distancias_p()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def distancias_p():
+    global segmentos_ppii_global
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+
+    objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    pares = calcular_distancias_colindantes(objetos)
+    visualizar_distancias_pares(pares)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: LANZAR_INTERFAZ    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+lanzar_interfaz()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Inicia la interfaz gráfica de usuario (GUI) desarrollada 
+    con Tkinter para facilitar la interacción con el programa. 
+    Permite acceder a las funciones principales como cargar 
+    archivos PDB, detectar hélices PPII, añadir hidrógenos, 
+    eliminar solventes y generar reportes, todo desde un menú 
+    visual.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> lanzar_interfaz()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def lanzar_interfaz():
+    root = tk.Tk()
+    root.title("PPIIMoL: PPII Detect")
+    root.geometry("450x1000")
+    root.resizable(False, False)
+
+    style = ttk.Style(root)
+    style.theme_use('classic')  # Puedes probar: 'alt', 'clam', 'default', 'classic'
+
+    main_frame = ttk.Frame(root, padding=5)
+    main_frame.pack(fill="both", expand=True)
+
+    def wrapper_detectar_segmentos_ppii():
+        try:
+            tol_phi = float(entrada_tol_phi.get())
+            tol_psi = float(entrada_tol_psi.get())
+            max_saltos = int(entrada_saltos.get())  # Obtener el valor del campo de saltos
+            if max_saltos < 0 or max_saltos > 5:    # Validar rango (0-5)
+                raise ValueError
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "¡Saltos debe ser un entero entre 0 y 5!")
+            return
+        
+        detectar_segmentos_ppii(tol_phi=tol_phi, tol_psi=tol_psi, max_saltos=max_saltos)  # Pasar el parámetro
+
+# En la función lanzar_interfaz(), añade este frame antes del frame de ángulos CA-H-O
+    # Frame para parámetros phi/psi
+    phi_psi_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de ángulos phi/psi", padding=10)
+    phi_psi_frame.pack(fill="x", pady=5)
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Actualmente sin la tolerancia los angulos ").pack(anchor="w")
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="por defecto que se miden son hasta: phi 75 y psi 145").pack(anchor="w")
+
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Tolerancia para phi (±°):").pack(anchor="w")
+    entrada_tol_phi = ttk.Entry(phi_psi_frame)
+    entrada_tol_phi.insert(0, "20.0")
+    entrada_tol_phi.pack(fill="x", pady=2)
+
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Tolerancia para psi (±°): ").pack(anchor="w")
+    entrada_tol_psi = ttk.Entry(phi_psi_frame)
+    entrada_tol_psi.insert(0, "20.0")
+    entrada_tol_psi.pack(fill="x", pady=2)
+    
+    
+    saltos_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de saltos", padding=5)
+    saltos_frame.pack(fill="x", pady=3)
+
+    ttk.Label(saltos_frame, text="Saltos permitidos (0-5):").pack(anchor="w")
+    entrada_saltos = ttk.Entry(saltos_frame)
+    entrada_saltos.insert(0, "0")  # Valor por defecto: 0 saltos
+    entrada_saltos.pack(fill="x", pady=1)
+
+    
+    def wrapper_generar_reporte_csv():
+        try:
+            min_ang = float(entrada_min_ang.get())
+            max_ang = float(entrada_max_ang.get())
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "Introduce valores numéricos válidos para los ángulos.")
+            return
+
+        if not segmentos_ppii_global:
+            messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+            return
+
+        generar_reporte_csv(segmentos_ppii_global, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+    #cambiar por otra funcion envoltorio diferente   
+    
+    # Función envoltorio para pasar los valores
+    def wrapper_calcular_y_visualizar():
+        try:
+            min_ang = float(entrada_min_ang.get())
+            max_ang = float(entrada_max_ang.get())
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "Introduce valores numéricos válidos para los ángulos.")
+            return
+        calcular_y_visualizar_distancias(min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+    # Botones funcionales
+    botones = [
+        ("Seleccionar archivo PDB", seleccionar_archivo),
+        ("Descargar proteína", descargar_molecula),
+        ("Eliminar solventes", eliminar_solventes),
+        ("Añadir hidrógenos", anadir_hidrogenos),
+        ("Ocultar cadenas laterales", ocultar_side_chains),
+        ("Guardar ángulos phi/psi en archivo", guardar_csv_angulos_phi_psi),
+        ("Detectar segmentos PPII y resaltarlos", wrapper_detectar_segmentos_ppii),
+        ("Guardar segmentos PPII en PDB", guardar_segmentos_ppii_pdb),
+        ("Visualizar distancias", distancias_p),
+        ("Angulos entre CA-O-H colindantes", wrapper_calcular_y_visualizar),
+        ("Generar reporte completo (CSV)", wrapper_generar_reporte_csv),
+    ]
+
+    for texto, accion in botones:
+        ttk.Button(main_frame, text=texto, command=accion).pack(fill="x", pady=1)
+
+    # Entradas de ángulos
+    ang_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de ángulo CA-H-O", padding=3)
+    ang_frame.pack(fill="x", pady=3)
+
+    ttk.Label(ang_frame, text="Ángulo mínimo (°):").pack(anchor="w")
+    entrada_min_ang = ttk.Entry(ang_frame)
+    entrada_min_ang.insert(0, "110.0")
+    entrada_min_ang.pack(fill="x", pady=1)
+
+    ttk.Label(ang_frame, text="Ángulo máximo (°):").pack(anchor="w")
+    entrada_max_ang = ttk.Entry(ang_frame)
+    entrada_max_ang.insert(0, "180.0")
+    entrada_max_ang.pack(fill="x", pady=1)
+
+    root.mainloop()
+
+
+lanzar_interfaz()
diff --git a/modules/README.md b/modules/README.md
new file mode 100644
index 00000000..08f15b44
--- /dev/null
+++ b/modules/README.md
@@ -0,0 +1,7 @@
+# 📜 Módulos disponibles
+
+Este repositorio contiene scripts y módulos que pueden integrarse en PyMOL para ampliar su funcionalidad.
+
+## 🧬 Lista de módulos
+
+- **ppiimol**: Detección automática de hélices PPII en proteínas. [Ver módulo](ppiimol)
diff --git a/modules/__init__.py b/modules/__init__.py
deleted file mode 100644
index e69de29b..00000000
diff --git a/modules/ppiimol/__init__.py b/modules/ppiimol/__init__.py
new file mode 100644
index 00000000..8b137891
--- /dev/null
+++ b/modules/ppiimol/__init__.py
@@ -0,0 +1 @@
+
diff --git a/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/PPIIMoL.py b/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/PPIIMoL.py
new file mode 100644
index 00000000..855e7f3c
--- /dev/null
+++ b/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/PPIIMoL.py
@@ -0,0 +1,1332 @@
+"""
+PPIIMoL - PPII Helix Detector for PyMOL
+---------------------------------------
+
+This PyMOL plugin detects polyproline II (PPII) helices in protein structures using dihedral angles (phi/psi)
+and helps visualize relevant interactions with non-canonical hydrogen bonds.
+
+Main Features:
+- Load PDB files or fetch proteins by ID.
+- Calculate phi/psi angles for backbone atoms.
+- Automatically identify candidate PPII helices.
+- Visualize key atom distances and angles (CA–H–O).
+- Export CSV and PDB reports of detected segments.
+- User-friendly interface with Tkinter.
+
+Usage:
+- Run this script from PyMOL: `run PPIIMoL.py`
+- Launch the GUI with: `lanzar_interfaz()`
+- Alternatively, use core functions like: `detectar_segmentos_ppii("your_object")`
+
+Dependencies:
+- PyMOL with Python support
+- Python 3.x
+- Tkinter
+
+Authors:
+- Silvia Enma (2025), Instituto de Química-Física "Blas Cabrera" (CSIC)
+- GitHub: https://github.com/silviaenma/ppii-detector-pymol
+
+License:
+- GNU GPL v3
+
+Note:
+- This script was originally written in Spanish for internal lab use, but has been translated for the PyMOL community.
+"""
+
+def __init_plugin__(app=None):
+    """
+    PyMOL plugin loader function. Called when the plugin is loaded from the Plugin Manager.
+    """
+    try:
+        from tkinter import messagebox
+        messagebox.showinfo("PPIIMoL", "PPIIMoL plugin loaded successfully.")
+    except ImportError:
+        print("PPIIMoL plugin loaded (no GUI message shown, Tkinter not available).")
+
+        
+from pymol import cmd, stored
+import tkinter as tk
+import math
+from pathlib import Path
+from datetime import datetime
+import os
+from tkinter import filedialog, messagebox
+import tkinter as tk
+from tkinter import ttk, messagebox
+import os
+import csv
+
+
+# Valores por defecto (se actualizarán cuando el usuario los cambie)
+tol_phi_global = 20.0
+tol_psi_global = 20.0
+min_ang_global = 110.0
+max_ang_global = 180.0
+
+
+pdb_file = None
+segmentos_ppii_global = []  # Variable global para guardar segmentos PPII detectados
+localizar_atomos=None
+distancias=None
+angulos_v=None
+objetos = None
+pares = None
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OBTENER_CARPETA_RESULTADOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+obtener_carpeta_resultados(nombre_carpeta='Resultados_PyMOL')
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Crea una carpeta con fecha actual dentro del directorio Documentos
+    (o equivalente) del usuario para guardar los resultados generados
+    por el módulo.
+
+Parámetros:
+    nombre_carpeta : str, opcional
+        Nombre base para la carpeta de resultados (por defecto 'Resultados_PyMOL').
+
+Retorno:
+    pathlib.Path
+        Ruta completa a la carpeta creada.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> carpeta = obtener_carpeta_resultados("Resultados_PPIIMoL")
+    >>> print(carpeta)
+    /home/usuario/Documentos/Resultados_PPIIMoL_2025-07-05
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def obtener_carpeta_resultados(nombre_carpeta="Resultados_PyMOL"):
+    # Formatear fecha y hora actual (compatible con ambos sistemas)
+    fecha_hora = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d")
+    
+    # Usar ~/Documents o ~/Documentos según el sistema
+    documentos = Path.home() / ("Documentos" if os.getenv('LANG', '').startswith('es_') else "Documents")
+    
+    # Si no existe, crear directorio en HOME directamente
+    if not documentos.exists():
+        documentos = Path.home()
+    
+    # Crear nombre de carpeta combinado
+    nombre_completo = f"{nombre_carpeta}_{fecha_hora}"
+    carpeta_resultados = documentos / nombre_completo
+    
+    # Crear la carpeta (con parents=True por si faltan directorios padres)
+    carpeta_resultados.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+    
+    return carpeta_resultados
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: SELECCIONAR_ARCHIVO    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+seleccionar_archivo()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Abre un cuadro de diálogo para que el usuario seleccione un archivo PDB
+    de entrada. La ruta seleccionada se guarda en la variable global pdb_file.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> seleccionar_archivo()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def seleccionar_archivo():
+    global pdb_file
+    pdb_file = filedialog.askopenfilename(
+        title="Selecciona un archivo PDB",
+        filetypes=[("Archivos PDB", "*.pdb")]
+    )
+    if pdb_file:
+        cmd.reinitialize()
+        cmd.load(pdb_file, "proteina")
+        cmd.hide("everything", "proteina")  # Ocultar todo lo visible
+        cmd.show("licorice", "proteina")   # Mostrar como licorice
+        messagebox.showinfo("Archivo cargado", f"Se cargó:\n{pdb_file}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DESCARGAR_MOLECULA    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+descargar_molecula()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Abre una ventana emergente para permitir al usuario introducir un ID
+    de proteína del Protein Data Bank (PDB) y descargar automáticamente
+    la estructura correspondiente. Una vez descargada, la molécula se 
+    carga en PyMOL, se ocultan todas las representaciones gráficas 
+    actuales y se muestra la proteína usando el estilo "licorice".
+    La ruta o ID de la proteína descargada se guarda en la variable global
+    pdb_file.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> descargar_molecula()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def descargar_molecula():
+    global pdb_file
+    def fetch_pdb():
+        global pdb_file
+        pdb_id = entry.get().strip()
+        if pdb_id:
+            try:
+                cmd.reinitialize()
+                cmd.fetch(pdb_id, name="proteina")
+                cmd.hide("everything", "proteina")
+                cmd.show("licorice", "proteina")
+                # Aquí asignamos pdb_file con un valor para simular archivo cargado
+                pdb_file = pdb_id  # Solo guardamos el ID para que funcione la lógica de “selección”
+                messagebox.showinfo("Descarga completa", f"Molécula {pdb_id.upper()} descargada y cargada.")
+                fetch_window.destroy()
+            except Exception as e:
+                messagebox.showerror("Error", f"No se pudo descargar {pdb_id}: {e}")
+        else:
+            messagebox.showwarning("Advertencia", "Por favor ingresa un ID de PDB.")
+    
+    fetch_window = tk.Toplevel()
+    fetch_window.title("Descargar proteína")
+    tk.Label(fetch_window, text="ID de la proteína (PDB):").pack(pady=5)
+    entry = tk.Entry(fetch_window, width=20)
+    entry.pack(pady=5)
+    tk.Button(fetch_window, text="Descargar", command=fetch_pdb).pack(pady=5)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: ANADIR_HIDROGENOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+anadir_hidrogenos()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Añade átomos de hidrógeno a todas las moléculas cargadas
+    en la sesión actual de PyMOL. Una vez añadidos, la 
+    estructura se reorganiza para optimizar la visualización 
+    y se muestra usando el estilo "licorice". Si no hay 
+    ningún archivo PDB cargado previamente, se muestra una 
+    advertencia al usuario.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> anadir_hidrogenos()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def anadir_hidrogenos():
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+    cmd.h_add("all")
+    cmd.sort("all extend 1")
+    cmd.show("licorice", "all")
+    messagebox.showinfo("Hidrógenos", "Hidrógenos añadidos y mostrados como licorice.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: ELIMINAR_SOLVENTES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+eliminar_solventes()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Elimina todas las moléculas de solvente presentes en la 
+    estructura cargada en PyMOL. Tras la eliminación, se 
+    muestra un mensaje informativo al usuario confirmando 
+    la acción realizada.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> eliminar_solventes()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def eliminar_solventes():
+    cmd.remove("solvent")
+    messagebox.showinfo("Solventes", "Solventes eliminados.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OCULTAR_SIDE_CHAINS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+ocultar_side_chains()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Oculta todas las cadenas laterales de los residuos de 
+    la proteína cargada en PyMOL, dejando visibles únicamente 
+    los átomos del esqueleto principal (backbone: N, CA, C, O). 
+    Esta función permite centrar la visualización en la 
+    estructura principal de la proteína sin distracciones.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> ocultar_side_chains()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def ocultar_side_chains():
+    cmd.hide("everything", "proteina and not name N+CA+C+O")
+    messagebox.showinfo("Backbone", "Cadenas laterales ocultas (solo backbone).")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: SEPARAR_CADENAS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+separar_cadenas()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Separa cada cadena de la proteína cargada en PyMOL 
+    en objetos individuales. Cada nueva cadena se guarda 
+    como un objeto separado con un nombre identificador 
+    en el formato "cadena_X", donde X es el identificador 
+    de la cadena original. Esta función facilita la 
+    manipulación y análisis individual de las cadenas.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> separar_cadenas()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def separar_cadenas():
+    stored.chains = []
+    cmd.iterate("proteina", "stored.chains.append(chain)")
+    for cadena in set(stored.chains):
+        nuevo_objeto = f"cadena_{cadena}"
+        cmd.create(nuevo_objeto, f"proteina and chain {cadena}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: OBTENER_ANGULOS_PHI_PSI_POR_CADENA    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto="proteina")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos torsionales phi (ϕ) y psi (ψ) de cada 
+    residuo en todas las cadenas del objeto especificado 
+    cargado en PyMOL. Los resultados se devuelven en un 
+    diccionario que asocia cada residuo con su nombre, número 
+    y los valores de los ángulos phi y psi correspondientes.
+
+Parámetros:
+    objeto : str, opcional
+        Nombre del objeto cargado en PyMOL sobre el cual se 
+        calcularán los ángulos (por defecto "proteina").
+
+Retorno:
+    dict
+        Diccionario con las claves como tuplas (cadena, número 
+        de residuo) y valores como tuplas (nombre del residuo, 
+        ángulo phi, ángulo psi).
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> resultados = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena()
+    >>> print(resultados)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto="proteina"):
+    resultados = {}
+    chains = cmd.get_chains(objeto)
+    for chain in chains:
+        sel_ca = f"{objeto} and chain {chain} and name CA"
+        phipsi = cmd.get_phipsi(sel_ca)
+        if not phipsi:
+            continue
+        for (obj, idx), (phi, psi) in sorted(phipsi.items()):
+            if phi is None or psi is None:
+                continue
+            stored.info = []
+            cmd.iterate(f"({obj}`{idx})", "stored.info.append((chain, resn, resi))", space={'stored': stored})
+            if not stored.info:
+                continue
+            ch, resn, resi = stored.info[0]
+            resultados[(ch, resi)] = (resn, phi, psi)
+    return resultados
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GUARDAR_CSV_ANGULOS_PHI_PSI    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+guardar_csv_angulos_phi_psi()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Genera un archivo CSV con los ángulos torsionales phi (ϕ) 
+    y psi (ψ) calculados para cada residuo de la proteína 
+    cargada en PyMOL. El archivo se guarda en una carpeta 
+    de resultados con el nombre "angulos_phi_psi.csv" e 
+    incluye información de la cadena, el residuo, su número 
+    y los valores de los ángulos.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> guardar_csv_angulos_phi_psi()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def guardar_csv_angulos_phi_psi():
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+
+    phi_map = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena("proteina")
+
+    stored.res_list = []
+    cmd.iterate("proteina and name CA", "stored.res_list.append((chain, resn, resi))")
+
+    datos_csv = [("Cadena", "Residuo", "Número", "Phi", "Psi")]
+
+    for chain, resn, resi in sorted(stored.res_list, key=lambda x: (x[0], int(x[2]))):
+        key = (chain, resi)
+        if key in phi_map:
+            resn_val, phi, psi = phi_map[key]
+            datos_csv.append((chain, resn, resi, f"{phi:.2f}", f"{psi:.2f}"))
+    carpeta= obtener_carpeta_resultados()
+    # Guardar en CSV con separador ;
+    if len(datos_csv) > 1:
+        ruta_csv = os.path.join(os.getcwd(), carpeta/"angulos_phi_psi.csv")
+        with open(ruta_csv, mode="w", newline="", encoding="utf-8") as file:
+            writer = csv.writer(file, delimiter=";")
+            writer.writerows(datos_csv)
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"CSV generado correctamente:\n{ruta_csv}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GENERAR_REPORTE_CSV    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+generar_reporte_csv(segmentos_ppii, max_dist=5.0, nombre_archivo="reporte_ppii.csv", min_ang=110.0, max_ang=180.0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Genera un archivo CSV con un informe detallado sobre los 
+    segmentos de hélices PPII detectados en la proteína cargada 
+    en PyMOL. El reporte incluye pares de átomos Cα-O colindantes, 
+    sus distancias, los ángulos CA-H-O calculados y los valores 
+    validados según los rangos definidos. El archivo se guarda 
+    en una carpeta de resultados con el nombre especificado.
+
+Parámetros:
+    segmentos_ppii : list
+        Lista de segmentos PPII detectados en la proteína.
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los 
+        pares de átomos colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    nombre_archivo : str, opcional
+        Nombre del archivo CSV que se generará. Por defecto 
+        es "reporte_ppii.csv".
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo en grados para filtrar los ángulos CA-H-O 
+        válidos. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo en grados para filtrar los ángulos CA-H-O 
+        válidos. Por defecto es 180.0°.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> generar_reporte_csv(segmentos_ppii)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def generar_reporte_csv(segmentos_ppii, max_dist=5.0, nombre_archivo="reporte_ppii.csv", min_ang=110.0, max_ang=180.0):
+    if not segmentos_ppii:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "No hay segmentos PPII detectados.")
+        return
+
+    objetos_por_segmento = localizar_atomos
+    pares_ca_o=distancias
+    angulos_validos=angulos_v
+    if objetos_por_segmento ==None:
+        objetos_por_segmento = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii)
+    if pares_ca_o is None:
+        pares_ca_o = calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=max_dist)
+    
+    # PASAMOS LOS ÁNGULOS AQUÍ
+    if angulos_validos is None:
+        angulos_validos = calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+    dist_dict = {}
+    for ca, o in pares_ca_o:
+        if not (cmd.count_atoms(ca) and cmd.count_atoms(o)):
+            continue
+        coord_ca = cmd.get_coords(ca)[0]
+        coord_o = cmd.get_coords(o)[0]
+        dist = math.sqrt(sum((a - b)**2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o)))
+        dist_dict[(ca, o)] = dist
+
+    ang_dict = {(ca, o): ang for ca, _, o, ang in angulos_validos}
+
+    datos_csv = [["Átomo Cα", "Átomo O", "Distancia (Å)", "Ángulo CA-H-O (°)"]]
+    for (ca, o), dist in dist_dict.items():
+        ang = ang_dict.get((ca, o), None)
+        if ang is not None:
+            datos_csv.append([ca, o, f"{dist:.2f}", f"{ang:.2f}"])
+
+    ruta_csv = obtener_carpeta_resultados() / nombre_archivo
+    with open(ruta_csv, 'w', newline='', encoding='utf-8') as f:
+        writer = csv.writer(f, delimiter=';')
+        writer.writerows(datos_csv)
+
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"CSV generado correctamente:\n{ruta_csv}")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: LOCALIZAR_ATOMICOS_CLAVE_SEGMENTOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Localiza y marca en PyMOL los átomos clave (Cα y O) de 
+    cada segmento PPII detectado. Crea pseudoátomos en las 
+    posiciones correspondientes para facilitar la visualización 
+    y análisis. Los átomos Cα se marcan en color azul y los O 
+    en color rojo, agrupándolos bajo el nombre "atomos_clave".
+
+Parámetros:
+    segmentos : list
+        Lista de segmentos PPII detectados en la proteína.
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de listas, donde cada sublista contiene los 
+        nombres de los pseudoátomos creados para un segmento.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos):
+    global localizar_atomos
+    cmd.delete("esfera_*")
+    objetos_por_segmento = []
+    cmd.h_add()
+
+    for idx, seg in enumerate(segmentos, start=1):
+        objetos_segmento = []
+
+        for (resn, resi, chain, _, _) in seg:
+            sele_base = f"proteina and chain {chain} and resi {resi}"
+            stored.coords = []
+
+            # Átomo CA (carbono alfa)
+            stored.ca_coords = []
+            cmd.iterate_state(
+                1,
+                f"{sele_base} and name CA",
+                "stored.ca_coords.append((x, y, z))",
+                space={'stored': stored}
+            )
+
+            # Oxígeno carbonilo
+            stored.o_coords = []
+            cmd.iterate_state(
+                1,
+                f"{sele_base} and name O",
+                "stored.o_coords.append((x, y, z))",
+                space={'stored': stored}
+            )
+
+            # Crear pseudoatomos con nombres consistentes
+            if stored.ca_coords:
+                x, y, z = stored.ca_coords[0]
+                esfera_name = f"esfera_s{idx}_CA_{resn}_{resi}_{chain}"
+                cmd.pseudoatom(esfera_name, pos=[x, y, z])
+                cmd.set("sphere_scale", 0.3, esfera_name)
+                cmd.color("blue", esfera_name)
+                objetos_segmento.append(esfera_name)
+
+            if stored.o_coords:
+                x, y, z = stored.o_coords[0]
+                esfera_name = f"esfera_s{idx}_O_{resn}_{resi}_{chain}"
+                cmd.pseudoatom(esfera_name, pos=[x, y, z])
+                cmd.set("sphere_scale", 0.3, esfera_name)
+                cmd.color("red", esfera_name)
+                objetos_segmento.append(esfera_name)
+
+        objetos_por_segmento.append(objetos_segmento)
+
+    cmd.group("atomos_clave", "esfera_*")
+    localizar_atomos = objetos_por_segmento
+    return objetos_por_segmento
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_DISTANCIAS_COLINDANTES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=5.0, archivo_salida="distancias_colindantes.txt")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula las distancias entre los átomos Cα y O de segmentos 
+    PPII consecutivos o cercanos. Identifica los pares cuya 
+    distancia es menor al valor máximo especificado. Guarda los 
+    resultados en un archivo de texto y devuelve la lista de 
+    pares de átomos que cumplen el criterio.
+
+Parámetros:
+    objetos_por_segmento : list
+        Lista de listas con los nombres de los pseudoátomos 
+        (Cα y O) de cada segmento.
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los pares 
+        Cα-O como colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    archivo_salida : str, opcional
+        Nombre del archivo de texto donde se guardarán las 
+        distancias calculadas. Por defecto es 
+        "distancias_colindantes.txt".
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (Cα, O) cuya distancia es menor a max_dist.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> pares = calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_distancias_colindantes(objetos_por_segmento, max_dist=5.0, archivo_salida="distancias_colindantes.txt"):
+    global distancias
+    pares_ca_o = []
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    archivo_salida = carpeta / archivo_salida
+    coordenadas = {}
+
+    for segmento in objetos_por_segmento:
+        for obj in segmento:
+            coords = cmd.get_coords(obj)
+            if coords is None or len(coords) == 0:
+                continue
+            coordenadas[obj] = coords[0]
+
+    def es_CA(obj): return "_CA_" in obj
+    def es_O(obj): return "_O_" in obj
+
+    max_dist_sq = max_dist ** 2
+
+    for salto in [1, 2]:
+        for i in range(len(objetos_por_segmento) - salto):
+            seg1 = objetos_por_segmento[i]
+            seg2 = objetos_por_segmento[i + salto]
+
+            ca1 = [obj for obj in seg1 if es_CA(obj)]
+            o2 = [obj for obj in seg2 if es_O(obj)]
+            ca2 = [obj for obj in seg2 if es_CA(obj)]
+            o1 = [obj for obj in seg1 if es_O(obj)]
+
+            # Comparar ca1 con o2
+            for ca in ca1:
+                coord_ca = coordenadas.get(ca)
+                if coord_ca is None:
+                    continue
+                for o in o2:
+                    coord_o = coordenadas.get(o)
+                    if coord_o is None:
+                        continue
+                    dist_sq = sum((a - b) ** 2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o))
+                    if dist_sq < max_dist_sq:
+                        pares_ca_o.append((ca, o))
+
+            # Comparar ca2 con o1
+            for ca in ca2:
+                coord_ca = coordenadas.get(ca)
+                if coord_ca is None:
+                    continue
+                for o in o1:
+                    coord_o = coordenadas.get(o)
+                    if coord_o is None:
+                        continue
+                    dist_sq = sum((a - b) ** 2 for a, b in zip(coord_ca, coord_o))
+                    if dist_sq < max_dist_sq:
+                        pares_ca_o.append((ca, o))
+
+    with open(archivo_salida, "w") as f:
+        f.write(f"Pares CA-O con distancia < {max_dist} Å:\n")
+        for i, (ca, o) in enumerate(pares_ca_o):
+            dist = math.sqrt(sum((a - b)**2 for a, b in zip(coordenadas[ca], coordenadas[o])))
+            f.write(f"{i:03d} | {ca} - {o} : {dist:.2f} Å\n")
+
+    print(f"[DEBUG] Total de pares CA-O guardados: {len(pares_ca_o)}")
+    distancias= pares_ca_o
+    return pares_ca_o
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_ANGULOS_CA_H_O    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=110.0, max_ang=180.0, archivo_salida="angulos_ca_h_o.txt")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos formados entre los átomos Cα-H-O para 
+    cada par de átomos Cα-O proporcionado. Filtra y guarda 
+    únicamente los ángulos que estén dentro del rango definido 
+    por min_ang y max_ang. Los resultados se almacenan en un 
+    archivo de texto y se devuelven como una lista.
+
+Parámetros:
+    pares_ca_o : list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (Cα, O) sobre los que se calcularán los ángulos.
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo (en grados) para considerar válido un 
+        ángulo CA-H-O. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo (en grados) para considerar válido un 
+        ángulo CA-H-O. Por defecto es 180.0°.
+    archivo_salida : str, opcional
+        Nombre del archivo de texto donde se guardarán los 
+        ángulos calculados. Por defecto es "angulos_ca_h_o.txt".
+
+Retorno:
+    list
+        Lista de tuplas con la información de cada ángulo válido 
+        en el formato (Cα, H, O, ángulo).
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> angulos = calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_angulos_ca_h_o(pares_ca_o, min_ang=110.0, max_ang=180.0, archivo_salida="angulos_ca_h_o.txt"):
+    global angulos_v
+    angulos_validos = []
+    archivo_salida = obtener_carpeta_resultados() / archivo_salida
+    archivo_salida.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+    with open(archivo_salida, "w") as f:
+        f.write("CA - H - O : Ángulo (grados)\n")
+
+        for ca, o in pares_ca_o:
+            if not (cmd.count_atoms(ca) and cmd.count_atoms(o)):
+                continue
+
+            # Extraer resn, resi y chain
+            partes = ca.split("_")
+            if len(partes) < 4:
+                f.write(f"# Nombre inválido para {ca}\n")
+                continue
+
+            resn = partes[-3]
+            resi = partes[-2]
+            chain = partes[-1]
+
+            # Buscar Hs sin usar "model"
+            seleccion = f"resn {resn} and resi {resi} and chain {chain} and name H*"
+            try:
+                hidrogenos = cmd.get_model(seleccion).atom
+            except Exception as e:
+                f.write(f"# Error al buscar H para {ca} ({seleccion}): {e}\n")
+                continue
+
+            if not hidrogenos:
+                f.write(f"# No se encontraron H para {ca} (búsqueda: {seleccion})\n")
+                continue
+
+            for h in hidrogenos:
+                h_sel = f"/{h.model}//{h.chain}/{h.resi}/{h.name}"
+                h_nombre = f"{h.resn}-{h.resi}{h.chain}_{h.name}"
+                try:
+                    ang = cmd.get_angle(ca, h_sel, o)
+                    if min_ang <= abs(ang) <= max_ang:
+                        angulos_validos.append((ca, h_nombre, o, ang))
+                        f.write(f"{ca} - {h_nombre} - {o} : {ang:.2f}°\n")
+                except Exception as e:
+                    f.write(f"# Error al calcular ángulo para {ca}, {h_sel}, {o} : {e}\n")
+    angulos_v= angulos_validos
+    return angulos_validos
+
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_Y_GUARDAR_ANGULOS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_y_guardar_angulos()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula los ángulos CA-H-O para los segmentos PPII previamente 
+    detectados en la proteína cargada en PyMOL. Localiza los átomos 
+    clave, obtiene las distancias colindantes y calcula los ángulos 
+    que cumplen con el rango de validez (110°-180°). Los resultados 
+    se guardan en un archivo de texto llamado "angulos_ca_h_o.txt" 
+    dentro de la carpeta de resultados.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> calcular_y_guardar_angulos()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+
+def calcular_y_guardar_angulos():
+    global segmentos_ppii_global
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+    
+    # Obtener los objetos atómicos clave
+    objetos = localizar_atomos
+    if objetos is None:
+        objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    
+    # Calcular distancias para obtener las tripletas
+    tripletas = calcular_distancias_colindantes(objetos)
+    
+    # Calcular y guardar ángulos
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    archivo_salida = carpeta / "angulos_ca_h_o.txt"
+    angulos = calcular_angulos_ca_h_o(tripletas, str(archivo_salida))  # Convertir a string para PyMOL
+    
+    if angulos:
+        messagebox.showinfo("Éxito", f"Ángulos CA-H-O guardados en:\n{archivo_salida}")
+    else:
+        messagebox.showwarning("Aviso", "No se encontraron ángulos válidos (110°-180°)")
+
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: VISUALIZAR_DISTANCIAS_PARES    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+"""
+visualizar_distancias_pares(pares_candidatos)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Dibuja y visualiza en PyMOL las distancias entre los pares 
+    de átomos proporcionados. Cada distancia se representa como 
+    una línea discontinua (dashed line) de color cian para 
+    facilitar la identificación de interacciones potenciales.
+
+Parámetros:
+    pares_candidatos : list
+        Lista de tuplas con los nombres de los pares de átomos 
+        (atomo1, atomo2) que se desean visualizar.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> visualizar_distancias_pares(pares_candidatos)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+
+def visualizar_distancias_pares(pares_candidatos):
+    if not pares_candidatos:
+        messagebox.showinfo("Visualización", "No hay pares de átomos para visualizar.")
+        return
+
+    cmd.delete("distancia_ppii")
+
+    for i, (at1, at2) in enumerate(pares_candidatos, start=1):
+        nombre_dist = f"distancia_ppii_{i}"
+        cmd.distance(nombre_dist, at1, at2)
+        cmd.set("dash_width", 4, nombre_dist)
+        cmd.set("dash_length", 0.5, nombre_dist)
+        cmd.color("cyan", nombre_dist)
+
+    messagebox.showinfo("Visualización", f"Visualizados {len(pares_candidatos)} pares de distancias colindantes.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DETECTAR_SEGMENTOS_PPII    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+detectar_segmentos_ppii(objeto="proteina", min_length=3, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0, max_saltos=0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Detecta segmentos de hélices de tipo poliprolina II (PPII) 
+    en la proteína cargada en PyMOL. Analiza los ángulos 
+    torsionales phi (ϕ) y psi (ψ) de cada residuo para 
+    identificar regiones consecutivas compatibles con la 
+    conformación PPII según los criterios de tolerancia 
+    definidos. Permite configurar la longitud mínima de los 
+    segmentos y el número máximo de saltos permitidos entre 
+    residuos consecutivos.
+
+Parámetros:
+    objeto : str, opcional
+        Nombre del objeto cargado en PyMOL sobre el que se 
+        realizará la detección. Por defecto es "proteina".
+    min_length : int, opcional
+        Longitud mínima (en número de residuos) que debe tener 
+        un segmento para ser considerado PPII. Por defecto es 3.
+    tol_phi : float, opcional
+        Tolerancia en grados para el ángulo phi respecto a 
+        los valores característicos de la conformación PPII. 
+        Por defecto es 20.0°.
+    tol_psi : float, opcional
+        Tolerancia en grados para el ángulo psi respecto a 
+        los valores característicos de la conformación PPII. 
+        Por defecto es 20.0°.
+    max_saltos : int, opcional
+        Número máximo de residuos consecutivos que pueden 
+        incumplir los criterios de PPII dentro de un segmento 
+        sin interrumpirlo. Por defecto es 0.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> detectar_segmentos_ppii()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def detectar_segmentos_ppii(objeto="proteina", min_length=3, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0, max_saltos=0):
+    global segmentos_ppii_global
+
+    if not pdb_file:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero selecciona un archivo.")
+        return
+
+    phi_psi_map = obtener_angulos_phi_psi_por_cadena(objeto)
+    lista_residuos = []
+    for (chain, resi), (resn, phi, psi) in phi_psi_map.items():
+        try:
+            resi_num = int(resi)
+        except:
+            continue
+        lista_residuos.append((chain, resi_num, resn, phi, psi))
+    lista_residuos.sort(key=lambda x: (x[0], x[1]))
+
+    segmentos = []
+    segmento_actual = []
+    saltos_restantes = max_saltos  # Contador de saltos permitidos
+
+    def en_rango_ppii(phi, psi, tol_phi=20.0, tol_psi=20.0):
+    # Valores IDEALES para PPII: φ = -75°, ψ = +145°
+        return (abs(phi - (-75)) <= tol_phi) and (abs(psi - 145) <= tol_psi)
+
+    for i, (chain, resi, resn, phi, psi) in enumerate(lista_residuos):
+        if en_rango_ppii(phi, psi, tol_phi, tol_psi):
+            # Si cumple, reiniciamos el contador de saltos
+            saltos_restantes = max_saltos
+            if not segmento_actual:
+                segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+            else:
+                _, last_resi, last_chain, _, _ = segmento_actual[-1]
+                if chain == last_chain and resi == last_resi + 1:
+                    segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+                else:
+                    if len(segmento_actual) >= min_length:
+                        segmentos.append(segmento_actual)
+                    segmento_actual = [(resn, resi, chain, phi, psi)]
+        else:
+            # Si no cumple pero hay saltos disponibles
+            if segmento_actual and saltos_restantes > 0:
+                _, last_resi, last_chain, _, _ = segmento_actual[-1]
+                if chain == last_chain and resi == last_resi + 1:
+                    segmento_actual.append((resn, resi, chain, phi, psi))
+                    saltos_restantes -= 1
+                    continue
+            
+            # Si no hay saltos disponibles o no es consecutivo
+            if len(segmento_actual) >= min_length:
+                segmentos.append(segmento_actual)
+            segmento_actual = []
+            saltos_restantes = max_saltos
+
+    # Añadir el último segmento si cumple con la longitud mínima
+    if len(segmento_actual) >= min_length:
+        segmentos.append(segmento_actual)
+
+    if not segmentos:
+        messagebox.showinfo("Resultado", "No se encontraron segmentos PPII.")
+        return
+
+    cmd.delete("ppii_segmento*")
+
+    salida = f"Segmentos candidatos a hélices PPII (saltos permitidos: {max_saltos}):\n"
+    for idx, seg in enumerate(segmentos, start=1):
+        start_resi = seg[0][1]
+        end_resi = seg[-1][1]
+        chain = seg[0][2]
+        salida += f"\nSegmento {idx} (Cadena {chain}, residuos {start_resi}-{end_resi}, longitud {len(seg)}):\n"
+        for (resn, resi, _, phi, psi) in seg:
+            salida += f"  {resn}-{resi}{chain}: (phi={phi:.1f}, psi={psi:.1f})\n"
+
+        sel_str = f"proteina and chain {chain} and resi {start_resi}-{end_resi}"
+        obj_name = f"ppii_segmento_{chain}_{start_resi}_{end_resi}"
+        cmd.create(obj_name, sel_str)
+        cmd.color("red", obj_name)
+        cmd.show("cartoon", obj_name)
+
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    ruta_archivo = carpeta / "segmentos_ppii.txt"
+    with open(ruta_archivo, "w") as f:
+        f.write(salida)
+
+    segmentos_ppii_global = segmentos
+
+    messagebox.showinfo("Éxito", f"{len(segmentos)} segmentos PPII detectados (con {max_saltos} saltos permitidos).\n"
+                               f"Átomos clave visualizados en PyMOL.")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: GUARDAR_SEGMENTO_PPII_PDB    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+guardar_segmento_ppii_pdb(segmento, nombre_archivo="segmento_ppii.pdb")
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Guarda en un archivo PDB un segmento específico de hélice 
+    PPII previamente detectado en la proteína cargada en PyMOL. 
+    El archivo se genera con el nombre especificado dentro de la 
+    carpeta de resultados.
+
+Parámetros:
+    segmento : list
+        Lista con los residuos que forman el segmento PPII a guardar.
+    nombre_archivo : str, opcional
+        Nombre del archivo PDB que se generará. Por defecto es 
+        "segmento_ppii.pdb".
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> guardar_segmento_ppii_pdb(segmentos_ppii[0])
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def guardar_segmentos_ppii_pdb():
+    global segmentos_ppii_global
+    carpeta = obtener_carpeta_resultados()
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+
+    # Para cada segmento almacenado, construimos el nombre de objeto y hacemos cmd.save
+    count = 0
+    for seg in segmentos_ppii_global:
+        start_resi = seg[0][1]
+        end_resi = seg[-1][1]
+        chain = seg[0][2]
+        obj_name = f"ppii_segmento_{chain}_{start_resi}_{end_resi}"
+        # Comprobamos que el objeto efectivamente exista en PyMOL
+        if cmd.count_atoms(f"{obj_name}") > 0:
+            
+            filename = carpeta / f"{obj_name}.pdb"
+            try:
+                cmd.save(filename, obj_name)
+                count += 1
+            except Exception as e:
+                print(f"Error guardando {obj_name}: {e}")
+        else:
+            print(f"Objeto {obj_name} no encontrado en la sesión de PyMOL.")
+
+    if count > 0:
+        messagebox.showinfo("Éxito", f"Se guardaron {count} archivos PDB de segmentos PPII:\n"
+                                     f"{os.getcwd()}")
+    else:
+        messagebox.showwarning("Atención", "No se guardó ningún segmento (quizá no existan objetos en PyMOL).")
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CONVERTIR_A_SELECCIONES_PYMOL    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Convierte una lista de pares de átomos con sus distancias en 
+    selecciones de PyMOL. Cada par se representa como una selección 
+    que facilita la visualización y el análisis de las interacciones 
+    detectadas.
+
+Parámetros:
+    pares_con_distancias : list
+        Lista de tuplas en el formato (atomo1, atomo2, distancia) 
+        que serán convertidas en selecciones de PyMOL.
+
+Retorno:
+    list
+        Lista con los nombres de las selecciones creadas en PyMOL.
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> selecciones = convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias)
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def convertir_a_selecciones_pymol(pares_con_distancias):
+    selecciones = []
+    for at1, at2, _ in pares_con_distancias:
+        sele1 = f"id {cmd.index(at1)[0][1]}"
+        sele2 = f"id {cmd.index(at2)[0][1]}"
+        selecciones.append((sele1, sele2))
+    return selecciones
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: CALCULAR_Y_VISUALIZAR_DISTANCIAS    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+calcular_y_visualizar_distancias(max_dist=5.0, min_ang=110.0, max_ang=180.0)
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Calcula las distancias entre átomos Cα-O de segmentos PPII 
+    consecutivos y los ángulos CA-H-O asociados. Visualiza en 
+    PyMOL los pares de átomos que cumplen con los criterios de 
+    distancia y ángulo definidos por el usuario. Los pares 
+    válidos se representan con líneas discontinuas (dashed lines) 
+    en color cian para facilitar el análisis.
+
+Parámetros:
+    max_dist : float, opcional
+        Distancia máxima (en Ångström) para considerar los pares 
+        Cα-O como colindantes. Por defecto es 5.0 Å.
+    min_ang : float, opcional
+        Ángulo mínimo (en grados) para considerar válido un ángulo 
+        CA-H-O. Por defecto es 110.0°.
+    max_ang : float, opcional
+        Ángulo máximo (en grados) para considerar válido un ángulo 
+        CA-H-O. Por defecto es 180.0°.
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> calcular_y_visualizar_distancias()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def calcular_y_visualizar_distancias(max_dist=5.0, min_ang=110.0, max_ang=180.0):
+    global segmentos_ppii_global
+    global objetos, pares
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+    if objetos is None:
+        objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    if pares is None:
+        pares = calcular_distancias_colindantes(objetos, max_dist=max_dist)
+    
+    calcular_angulos_ca_h_o(pares, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: DISTANCIAS_P    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+distancias_p()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Visualiza en PyMOL todas las distancias entre los pares 
+    de átomos Cα-O previamente calculados y almacenados. 
+    Cada distancia se dibuja como una línea discontinua 
+    (dashed line) para facilitar el análisis estructural 
+    de la proteína.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> distancias_p()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def distancias_p():
+    global segmentos_ppii_global
+    if not segmentos_ppii_global:
+        messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+        return
+
+    objetos = localizar_atomicos_clave_segmentos(segmentos_ppii_global)
+    pares = calcular_distancias_colindantes(objetos)
+    visualizar_distancias_pares(pares)
+
+# ==========================================================
+# >>>>>>>>    FUNCIÓN: LANZAR_INTERFAZ    <<<<<<<<
+# ==========================================================
+
+"""
+lanzar_interfaz()
+----------------------------------------------------------
+Descripción:
+    Inicia la interfaz gráfica de usuario (GUI) desarrollada 
+    con Tkinter para facilitar la interacción con el programa. 
+    Permite acceder a las funciones principales como cargar 
+    archivos PDB, detectar hélices PPII, añadir hidrógenos, 
+    eliminar solventes y generar reportes, todo desde un menú 
+    visual.
+
+Parámetros:
+    Ninguno
+
+Retorno:
+    None
+
+Ejemplo de uso:
+    >>> lanzar_interfaz()
+----------------------------------------------------------
+"""
+
+def lanzar_interfaz():
+    root = tk.Tk()
+    root.title("PPIIMoL: PPII Detect")
+    root.geometry("450x1000")
+    root.resizable(False, False)
+
+    style = ttk.Style(root)
+    style.theme_use('classic')  # Puedes probar: 'alt', 'clam', 'default', 'classic'
+
+    main_frame = ttk.Frame(root, padding=5)
+    main_frame.pack(fill="both", expand=True)
+
+    def wrapper_detectar_segmentos_ppii():
+        try:
+            tol_phi = float(entrada_tol_phi.get())
+            tol_psi = float(entrada_tol_psi.get())
+            max_saltos = int(entrada_saltos.get())  # Obtener el valor del campo de saltos
+            if max_saltos < 0 or max_saltos > 5:    # Validar rango (0-5)
+                raise ValueError
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "¡Saltos debe ser un entero entre 0 y 5!")
+            return
+        
+        detectar_segmentos_ppii(tol_phi=tol_phi, tol_psi=tol_psi, max_saltos=max_saltos)  # Pasar el parámetro
+
+# En la función lanzar_interfaz(), añade este frame antes del frame de ángulos CA-H-O
+    # Frame para parámetros phi/psi
+    phi_psi_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de ángulos phi/psi", padding=10)
+    phi_psi_frame.pack(fill="x", pady=5)
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Actualmente sin la tolerancia los angulos ").pack(anchor="w")
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="por defecto que se miden son hasta: phi 75 y psi 145").pack(anchor="w")
+
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Tolerancia para phi (±°):").pack(anchor="w")
+    entrada_tol_phi = ttk.Entry(phi_psi_frame)
+    entrada_tol_phi.insert(0, "20.0")
+    entrada_tol_phi.pack(fill="x", pady=2)
+
+    ttk.Label(phi_psi_frame, text="Tolerancia para psi (±°): ").pack(anchor="w")
+    entrada_tol_psi = ttk.Entry(phi_psi_frame)
+    entrada_tol_psi.insert(0, "20.0")
+    entrada_tol_psi.pack(fill="x", pady=2)
+    
+    
+    saltos_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de saltos", padding=5)
+    saltos_frame.pack(fill="x", pady=3)
+
+    ttk.Label(saltos_frame, text="Saltos permitidos (0-5):").pack(anchor="w")
+    entrada_saltos = ttk.Entry(saltos_frame)
+    entrada_saltos.insert(0, "0")  # Valor por defecto: 0 saltos
+    entrada_saltos.pack(fill="x", pady=1)
+
+    
+    def wrapper_generar_reporte_csv():
+        try:
+            min_ang = float(entrada_min_ang.get())
+            max_ang = float(entrada_max_ang.get())
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "Introduce valores numéricos válidos para los ángulos.")
+            return
+
+        if not segmentos_ppii_global:
+            messagebox.showwarning("Advertencia", "Primero detecta los segmentos PPII.")
+            return
+
+        generar_reporte_csv(segmentos_ppii_global, min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+    #cambiar por otra funcion envoltorio diferente   
+    
+    # Función envoltorio para pasar los valores
+    def wrapper_calcular_y_visualizar():
+        try:
+            min_ang = float(entrada_min_ang.get())
+            max_ang = float(entrada_max_ang.get())
+        except ValueError:
+            messagebox.showerror("Error", "Introduce valores numéricos válidos para los ángulos.")
+            return
+        calcular_y_visualizar_distancias(min_ang=min_ang, max_ang=max_ang)
+
+    # Botones funcionales
+    botones = [
+        ("Seleccionar archivo PDB", seleccionar_archivo),
+        ("Descargar proteína", descargar_molecula),
+        ("Eliminar solventes", eliminar_solventes),
+        ("Añadir hidrógenos", anadir_hidrogenos),
+        ("Ocultar cadenas laterales", ocultar_side_chains),
+        ("Guardar ángulos phi/psi en archivo", guardar_csv_angulos_phi_psi),
+        ("Detectar segmentos PPII y resaltarlos", wrapper_detectar_segmentos_ppii),
+        ("Guardar segmentos PPII en PDB", guardar_segmentos_ppii_pdb),
+        ("Visualizar distancias", distancias_p),
+        ("Angulos entre CA-O-H colindantes", wrapper_calcular_y_visualizar),
+        ("Generar reporte completo (CSV)", wrapper_generar_reporte_csv),
+    ]
+
+    for texto, accion in botones:
+        ttk.Button(main_frame, text=texto, command=accion).pack(fill="x", pady=1)
+
+    # Entradas de ángulos
+    ang_frame = ttk.LabelFrame(main_frame, text="Parámetros de ángulo CA-H-O", padding=3)
+    ang_frame.pack(fill="x", pady=3)
+
+    ttk.Label(ang_frame, text="Ángulo mínimo (°):").pack(anchor="w")
+    entrada_min_ang = ttk.Entry(ang_frame)
+    entrada_min_ang.insert(0, "110.0")
+    entrada_min_ang.pack(fill="x", pady=1)
+
+    ttk.Label(ang_frame, text="Ángulo máximo (°):").pack(anchor="w")
+    entrada_max_ang = ttk.Entry(ang_frame)
+    entrada_max_ang.insert(0, "180.0")
+    entrada_max_ang.pack(fill="x", pady=1)
+
+    root.mainloop()
+
+
+lanzar_interfaz()
diff --git a/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/README.md b/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/README.md
new file mode 100644
index 00000000..8b137891
--- /dev/null
+++ b/modules/ppiimol/plugins/ppiimol/README.md
@@ -0,0 +1 @@
+