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Commit 8e0c84c

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lectures/sir_model.md

Lines changed: 27 additions & 27 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -35,7 +35,7 @@ kernelspec:
3535

3636
传染病动态研究。
3737

38-
疾病传播使用标准SIR(易感者-感染者-移除者)模型进行建模。
38+
疾病传播使用标准SIR(易感者-感染者-移出者)模型进行建模。
3939

4040
模型动态用常微分方程组表示。
4141

@@ -67,17 +67,17 @@ from scipy.integrate import odeint
6767

6868
## SIR模型
6969

70-
在我们将要分析的SIR模型版本中有四个状态。
70+
我们要分析的是一个包含四个状态的SIR模型。在这个模型中,每个人都必须处于以下四种状态之一:
7171

72-
假设人群中的所有个体都处于这四种状态之一。
72+
- 易感者(S):尚未感染,可能被感染的人群
73+
- 潜伏者(E):已感染但尚未具有传染性的人群
74+
- 感染者(I):已感染且具有传染性的人群
75+
- 移出者(R):已经康复或死亡的人群
7376

74-
这些状态是:易感者(S)、潜伏者(E)、感染者(I)和移除者(R)。
75-
76-
说明:
77-
78-
* 处于R状态的人已经被感染并且已经康复或死亡。
79-
* 康复的人被假定已获得免疫力。
80-
* 处于潜伏期的群体尚未具有传染性。
77+
需要注意的是:
78+
- 一旦康复,就会获得免疫力,不会再次感染
79+
- 处于移出状态(R)的人包括康复者和死亡者
80+
- 潜伏期的人虽然已感染,但还不能传染给他人
8181

8282
### 时间路径
8383

@@ -98,9 +98,9 @@ from scipy.integrate import odeint
9898
\begin{aligned}
9999
\dot s(t) & = - \beta(t) \, s(t) \, i(t)
100100
\\
101-
\dot e(t) & = \beta(t) \, s(t) \, i(t) - σ e(t)
101+
\dot e(t) & = \beta(t) \, s(t) \, i(t) - \sigma e(t)
102102
\\
103-
\dot i(t) & = σ e(t) - γ i(t)
103+
\dot i(t) & = \sigma e(t) - \gamma i(t)
104104
\end{aligned}
105105
```
106106

@@ -119,24 +119,22 @@ from scipy.integrate import odeint
119119

120120
(即所有已感染或曾经感染的人)。
121121

122-
系统{eq}`sir_system`可以用向量形式表示为
122+
对于适当定义的$F$(见下面的代码), 系统{eq}`sir_system`可以用向量形式表示为
123123

124124
```{math}
125125
:label: dfcv
126126
127127
\dot x = F(x, t), \qquad x := (s, e, i)
128128
```
129129

130-
对于适当定义的$F$(见下面的代码)。
131-
132130
### 参数
133131

134-
$\sigma$和$\gamma$都被视为固定的、由生物学决定的参数
132+
参数$\sigma$和$\gamma$由病毒的生物学特性决定,因此被视为固定值
135133

136-
按照Atkeson的说明,我们设定
134+
根据Atkeson的笔记,我们采用以下参数值:
137135

138-
* $\sigma = 1/5.2$,反映平均潜伏期为5.2天
139-
* $\gamma = 1/18$,对应平均病程18天。
136+
* $\sigma = 1/5.2$ - 这意味着平均潜伏期为5.2天
137+
* $\gamma = 1/18$ - 这表示患者平均需要18天才能康复或死亡
140138

141139
传播率被构造为
142140

@@ -190,7 +188,7 @@ def F(x, t, R0=1.6):
190188
初始条件设置为
191189

192190
```{code-cell} ipython3
193-
# initial conditions of s, e, i
191+
# 初始条件
194192
i_0 = 1e-7
195193
e_0 = 4 * i_0
196194
s_0 = 1 - i_0 - e_0
@@ -339,16 +337,18 @@ plot_paths(i_paths, labels)
339337
plot_paths(c_paths, labels)
340338
```
341339

342-
## 解除封锁
340+
## 解除封锁措施的影响分析
343341

344-
以下复现了Andrew Atkeson关于解除封锁时机的[额外研究结果](https://drive.google.com/file/d/1uS7n-7zq5gfSgrL3S0HByExmpq4Bn3oh/view)
342+
接下来我们将基于Andrew Atkeson的[研究](https://drive.google.com/file/d/1uS7n-7zq5gfSgrL3S0HByExmpq4Bn3oh/view),探讨不同时机解除封锁措施对疫情发展的影响
345343

346-
考虑以下两种缓解情景
344+
我们对比两种解封方案
347345

348-
1. 前30天$R_t = 0.5$,之后17个月$R_t = 2$。这相当于30天后解除封锁。
349-
2. 前120天$R_t = 0.5$,之后14个月$R_t = 2$。这相当于4个月后解除封锁。
346+
1. 短期封锁方案:实施30天严格封锁($R_t = 0.5$),之后17个月放开管控($R_t = 2$)
347+
2. 长期封锁方案:实施120天严格封锁($R_t = 0.5$),之后14个月放开管控($R_t = 2$)
350348

351-
这里考虑的参数设置模型的初始状态为25,000个活跃感染者,以及75,000个已经接触病毒因此即将具有传染性的个体。
349+
模型的初始条件设定为:
350+
- 25,000名活跃感染者
351+
- 75,000名处于潜伏期的感染者(已感染但尚未具有传染性)
352352

353353
```{code-cell} ipython3
354354
# 初始条件
@@ -402,4 +402,4 @@ paths = [path * ν * γ * pop_size for path in i_paths]
402402
plot_paths(paths, labels)
403403
```
404404

405-
如果能找到疫苗,将曲线峰值推迟到更远的未来可能会减少累计死亡人数
405+
如果我们能够将感染高峰推迟到疫苗研发出来之前,就有可能大幅降低最终的死亡人数

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