Skip to content

Commit 7a4207d

Browse files
nyeenyee
authored
Merge pull request #117 from ReactionMechanismGenerator/leaveOneOut
Add evaluateKinetics.py script to testing folder
2 parents 4748b00 + 78e42c5 commit 7a4207d

File tree

7 files changed

+488
-36
lines changed

7 files changed

+488
-36
lines changed

‎.gitignore‎

Lines changed: 4 additions & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -12,4 +12,7 @@
1212
# C-Compiled scripts
1313
*.pyc
1414

15-
*.ipynb_checkpoints
15+
*.ipynb_checkpoints
16+
17+
# evaluate kinetics folder stuff
18+
testing/eval/*

‎input/kinetics/families/Intra_R_Add_Endocyclic/NIST/dictionary.txt‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
11
C6H11-2
22
multiplicity 2
33
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
4-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
4+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
55
3 *1 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
66
4 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
77
5 *3 C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {15,S} {16,S}
@@ -140,7 +140,7 @@ multiplicity 2
140140

141141
C6H11
142142
multiplicity 2
143-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
143+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
144144
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
145145
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
146146
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}

‎input/kinetics/families/R_Addition_MultipleBond/NIST/reactions.py‎

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -4333,7 +4333,7 @@
43334333
Ea = (100.6, 'kJ/mol'),
43344334
T0 = (1, 'K'),
43354335
Tmin = (400, 'K'),
4336-
Tmax = (400, 'K'),
4336+
Tmax = (2000, 'K'),
43374337
),
43384338
reference = Article(
43394339
authors = ["Hoyermann, K.", "Olzmann, M.", "Seeba, J.", "Viskolcz, B."],

‎input/kinetics/families/intra_H_migration/NIST/dictionary.txt‎

Lines changed: 32 additions & 32 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -25,7 +25,7 @@ multiplicity 2
2525
C5H11O2-2
2626
multiplicity 2
2727
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
28-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
28+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {8,S} {9,S}
2929
3 C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
3030
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
3131
5 *1 C u1 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S}
@@ -46,7 +46,7 @@ multiplicity 2
4646
C4H9O
4747
multiplicity 2
4848
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {5,S} {6,S}
49-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
49+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
5050
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {10,S} {11,S} {12,S}
5151
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {9,S} {13,S} {14,S}
5252
5 H u0 p0 c0 {1,S}
@@ -64,7 +64,7 @@ C7H15O
6464
multiplicity 2
6565
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
6666
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
67-
3 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
67+
3 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
6868
4 *4 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
6969
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
7070
6 C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
@@ -205,7 +205,7 @@ multiplicity 2
205205

206206
C4H9O-2
207207
multiplicity 2
208-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
208+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {6,S} {7,S}
209209
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {8,S} {9,S}
210210
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
211211
4 *1 C u1 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S}
@@ -223,7 +223,7 @@ multiplicity 2
223223
C6H13O-10
224224
multiplicity 2
225225
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
226-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
226+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
227227
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
228228
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
229229
5 C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -276,7 +276,7 @@ multiplicity 2
276276

277277
C6H11O2-4
278278
multiplicity 2
279-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
279+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {9,S}
280280
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
281281
3 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {12,S} {13,S}
282282
4 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {14,S} {15,S}
@@ -320,8 +320,8 @@ multiplicity 2
320320

321321
C6H11O2-2
322322
multiplicity 2
323-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
324-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
323+
1 *7 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {9,S}
324+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {10,S} {11,S}
325325
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {12,S} {13,S}
326326
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {14,S} {15,S}
327327
5 C u0 p0 c0 {3,S} {6,S} {16,S} {17,S}
@@ -342,7 +342,7 @@ multiplicity 2
342342

343343
C6H11O2-3
344344
multiplicity 2
345-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
345+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
346346
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
347347
3 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
348348
4 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {14,S} {15,S}
@@ -387,7 +387,7 @@ multiplicity 2
387387
C5H11O-6
388388
multiplicity 2
389389
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {6,S} {7,S}
390-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
390+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
391391
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {10,S} {11,S}
392392
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
393393
5 *1 C u1 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S}
@@ -406,7 +406,7 @@ multiplicity 2
406406

407407
C5H11O-4
408408
multiplicity 2
409-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
409+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
410410
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {9,S}
411411
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
412412
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
@@ -426,7 +426,7 @@ multiplicity 2
426426

427427
C5H11O-5
428428
multiplicity 2
429-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
429+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
430430
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
431431
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {6,S} {11,S}
432432
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {12,S} {13,S} {14,S}
@@ -446,7 +446,7 @@ multiplicity 2
446446

447447
C5H11O-2
448448
multiplicity 2
449-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
449+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
450450
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {9,S} {10,S}
451451
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
452452
4 C u0 p0 c0 {5,S} {13,S} {14,S} {15,S}
@@ -519,7 +519,7 @@ multiplicity 2
519519
C6H13O-8
520520
multiplicity 2
521521
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
522-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
522+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
523523
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
524524
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
525525
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -607,7 +607,7 @@ multiplicity 2
607607
1 *2 C u0 p0 c0 {3,S} {5,S} {6,S} {10,S}
608608
2 *4 C u0 p0 c0 {4,S} {7,S} {8,S} {9,S}
609609
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
610-
4 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
610+
4 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {13,S} {14,S}
611611
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
612612
6 C u0 p0 c0 {1,S} {18,S} {19,S} {20,S}
613613
7 C u0 p0 c0 {2,S} {21,S} {22,S} {23,S}
@@ -665,8 +665,8 @@ multiplicity 2
665665

666666
C6H11O2
667667
multiplicity 2
668-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
669-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
668+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
669+
2 *7 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {10,S} {11,S}
670670
3 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {12,S} {13,S}
671671
4 *2 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {9,S} {14,S}
672672
5 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {15,S} {16,S}
@@ -783,7 +783,7 @@ multiplicity 2
783783
C7H15O-4
784784
multiplicity 2
785785
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {8,S}
786-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
786+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
787787
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {11,S} {12,S}
788788
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
789789
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
@@ -828,7 +828,7 @@ multiplicity 2
828828

829829
C6H11-2
830830
multiplicity 2
831-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
831+
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
832832
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
833833
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {11,S} {12,S}
834834
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {13,S} {14,S} {15,S}
@@ -851,7 +851,7 @@ multiplicity 2
851851
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
852852
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
853853
3 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
854-
4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
854+
4 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
855855
5 C u0 p0 c0 {3,S} {16,S} {17,S} {18,S}
856856
6 *4 C u0 p0 c0 {4,S} {15,S} {19,S} {20,S}
857857
7 *3 H u0 p0 c0 {1,S}
@@ -872,7 +872,7 @@ multiplicity 2
872872
C8H17O-2
873873
multiplicity 2
874874
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {9,S}
875-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
875+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
876876
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {8,S} {12,S} {13,S}
877877
4 C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
878878
5 C u0 p0 c0 {1,S} {17,S} {18,S} {19,S}
@@ -929,7 +929,7 @@ multiplicity 2
929929
C6H13O-7
930930
multiplicity 2
931931
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
932-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
932+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
933933
3 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
934934
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
935935
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
@@ -952,7 +952,7 @@ multiplicity 2
952952
C5H11O2
953953
multiplicity 2
954954
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
955-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
955+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
956956
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {9,S} {10,S} {11,S}
957957
4 C u0 p0 c0 {1,S} {12,S} {13,S} {14,S}
958958
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -990,7 +990,7 @@ multiplicity 2
990990

991991
C6H13O-6
992992
multiplicity 2
993-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
993+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
994994
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
995995
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {12,S} {13,S}
996996
4 C u0 p0 c0 {6,S} {14,S} {15,S} {16,S}
@@ -1013,7 +1013,7 @@ multiplicity 2
10131013

10141014
C6H13O-9
10151015
multiplicity 2
1016-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
1016+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {8,S} {9,S}
10171017
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {10,S}
10181018
3 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
10191019
4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {13,S} {14,S}
@@ -1058,7 +1058,7 @@ C6H13O-5
10581058
multiplicity 2
10591059
1 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {7,S}
10601060
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {8,S} {9,S}
1061-
3 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
1061+
3 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {10,S} {11,S}
10621062
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
10631063
5 C u0 p0 c0 {1,S} {16,S} {17,S} {18,S}
10641064
6 *4 C u0 p0 c0 {3,S} {12,S} {19,S} {20,S}
@@ -1098,7 +1098,7 @@ multiplicity 2
10981098
C6H13O-3
10991099
multiplicity 2
11001100
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {9,S} {10,S}
1101-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
1101+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {11,S} {12,S}
11021102
3 *2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {8,S} {13,S}
11031103
4 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {7,S} {14,S}
11041104
5 C u0 p0 c0 {3,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -1120,7 +1120,7 @@ multiplicity 2
11201120

11211121
C6H13O-2
11221122
multiplicity 2
1123-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
1123+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
11241124
2 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {10,S} {11,S}
11251125
3 C u0 p0 c0 {5,S} {6,S} {12,S} {13,S}
11261126
4 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {7,S} {14,S} {15,S}
@@ -1144,7 +1144,7 @@ multiplicity 2
11441144
C7H15O-2
11451145
multiplicity 2
11461146
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {8,S} {9,S}
1147-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
1147+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
11481148
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {7,S} {12,S} {13,S}
11491149
4 C u0 p0 c0 {1,S} {14,S} {15,S} {16,S}
11501150
5 C u0 p0 c0 {7,S} {17,S} {18,S} {19,S}
@@ -1170,7 +1170,7 @@ multiplicity 2
11701170
C7H15O-3
11711171
multiplicity 2
11721172
1 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {5,S} {6,S} {8,S}
1173-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
1173+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {10,S} {11,S}
11741174
3 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {12,S} {13,S}
11751175
4 *2 C u0 p0 c0 {3,S} {7,S} {9,S} {14,S}
11761176
5 C u0 p0 c0 {1,S} {15,S} {16,S} {17,S}
@@ -1235,7 +1235,7 @@ multiplicity 2
12351235

12361236
C6H11
12371237
multiplicity 2
1238-
1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
1238+
1 *6 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {7,S} {8,S}
12391239
2 *5 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {9,S} {10,S}
12401240
3 *4 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {11,S} {12,S}
12411241
4 *2 C u0 p0 c0 {2,S} {6,D} {13,S}
@@ -1256,7 +1256,7 @@ multiplicity 2
12561256
C6H13O-4
12571257
multiplicity 2
12581258
1 *5 C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {7,S} {8,S}
1259-
2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
1259+
2 *6 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {9,S} {10,S}
12601260
3 *4 C u0 p0 c0 {2,S} {6,S} {11,S} {12,S}
12611261
4 C u0 p0 c0 {1,S} {13,S} {14,S} {15,S}
12621262
5 C u0 p0 c0 {6,S} {16,S} {17,S} {18,S}

‎input/kinetics/families/ketoenol/NIST/dictionary.txt‎

Whitespace-only changes.

‎input/kinetics/families/ketoenol/NIST/reactions.py‎

Lines changed: 8 additions & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,8 @@
1+
#!/usr/bin/env python
2+
# encoding: utf-8
3+
4+
name = "ketoenol/NIST"
5+
shortDesc = u""
6+
longDesc = u"""
7+
8+
"""

0 commit comments

Comments
 (0)