OmicVerse は、Pythonでのバルク、単一細胞、空間RNA-seq解析を含むマルチオミクス解析のための基本パッケージです。詳細については、私たちの論文をお読みください：OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
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スター履歴
1 はじめに
omicverseの元の名前はPyomicでしたが、転写体学の全宇宙に取り組みたいと考え、名前を**OmicVerse**に変更しました。これは、RNA-seqでのすべてのタスクを解決することを目的としています。
Note
OmicVerseのBulkTrajBlendアルゴリズムは、デコンボリューション用のベータ変分オートエンコーダーと重複コミュニティ発見用のグラフニューラルネットワークを組み合わせて、元のscRNA-seqデータの「欠損」細胞の連続性を効果的に補間および復元します。
2 ディレクトリ構造
.
├── omicverse # メインPythonパッケージ
├── omicverse_guide # ドキュメントファイル
├── sample # いくつかのテストデータ
├── LICENSE
└── README.md3 使い始める
OmicVerseはcondaまたはpypiを通じてインストールでき、最初にpytorchをインストールする必要があります。詳細なインストール手順と異なるプラットフォーム（Windows、Linux、Mac OS）への適応については、インストールチュートリアルをご参照ください。
インストールにはconda install omicverse -c conda-forgeまたはpip install -U omicverseを使用できます。
omicverseページまたはomicverse.readthedocs.ioでドキュメントとチュートリアルをご確認ください。
omicverseは以下の4つのデータ構造に基づくインフラストラクチャとして実装されています。
この表には公開されたツールが含まれています
| Scanpy 📦 📖 |
dynamicTreeCut 📦 📖 |
scDrug 📦 📖 |
MOFA 📦 📖 |
COSG 📦 📖 |
CellphoneDB 📦 📖 |
| AUCell 📦 📖 |
Bulk2Space 📦 📖 |
SCSA 📦 📖 |
WGCNA 📦 📖 |
StaVIA 📦 📖 |
pyDEseq2 📦 📖 |
| NOCD 📦 📖 |
SIMBA 📦 📖 |
GLUE 📦 📖 |
MetaTiME 📦 📖 |
TOSICA 📦 📖 |
Harmony 📦 📖 |
| Scanorama 📦 📖 |
Combat 📦 📖 |
TAPE 📦 📖 |
SEACells 📦 📖 |
Palantir 📦 📖 |
STAGATE 📦 📖 |
| scVI 📦 📖 |
MIRA 📦 📖 |
Tangram 📦 📖 |
STAligner 📦 📖 |
CEFCON 📦 📖 |
PyComplexHeatmap 📦 📖 |
| STT 📦 📖 |
SLAT 📦 📖 |
GPTCelltype 📦 📖 |
PROST 📦 📖 |
CytoTrace2 📦 📖 |
GraphST 📦 📖 |
| COMPOSITE 📦 📖 |
mellon 📦 📖 |
starfysh 📦 📖 |
COMMOT 📦 📖 |
flowsig 📦 📖 |
pyWGCNA 📦 📖 |
| CAST 📦 📖 |
scMulan 📦 📖 |
cellANOVA 📦 📖 |
BINARY 📦 📖 |
GASTON 📦 📖 |
pertpy 📦 📖 |
| inmoose 📦 📖 |
memento 📦 📖 |
GSEApy 📦 📖 |
marsilea 📦 📖 |
scICE 📦 📖 |
sude 📦 📖 |
| GeneFromer 📦 📖 |
scGPT 📦 📖 |
scFoundation 📦 📖 |
UCE 📦 📖 |
CellPLM 📦 📖 |
kb_python 📦 📖 |
| Scaden 📦 📖 |
BayesPrime 📦 📦 📖 |
InstaPrime 📦 📖 |
Cellpytist 📦 📖 |
latentvelo 📦 📖 |
graphvelo 📦 📖 |
| scvelo 📦 📖 |
Dynamo 📦 📖 |
CONCORD 📦 📖 |
FlashDeconv 📦 📖 |
Hospot 📦 📖 |
Banksy 📦 📖 |
| STAR 📦 📖 |
fastp 📦 📖 |
featureCounts 📦 📖 |
edgeR 📦 📖 |
含まれているパッケージが未公開またはプレプリント
- [1] Cellula は、scRNA-seqの探索のためのツールキットを提供します。これらのツールは一般的な単一細胞解析タスクを実行します
- [2] pegasus は、数百万の単一細胞の転写産物を解析するためのツールです。これは、コマンドラインツール、pythonパッケージ、およびクラウドベースの解析ワークフローの基盤です。
- [3] cNMF は、単一細胞RNA-Seq (scRNA-Seq)データから遺伝子発現プログラムを推論するための解析パイプラインです。
5 お問い合わせ
- Zehua Zeng (starlitnightly@gmail.com または zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)
- Lei Hu (hulei@westlake.edu.cn)
omicverseに貢献したい場合は、開発者ドキュメントをご参照ください。
テスト依存関係をインストールし、pytest でテストスイートを実行します：
pip install -e .[tests]
# または固定された最新要件をインストール
pip install -r requirements-latest.txt
pytestオプションの tests extra と requirements-latest.txt ファイルにはすでに pytest-asyncio>=0.23 が含まれており、tests/utils/ 配下の非同期ストリーミングテストに必要です。
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Important
Omicverseを推進してくださった以下のWeChat公式アカウントに感謝いたします。
7 引用
作業でomicverseを使用する場合は、以下のようにomicverseの出版物を引用してください：
OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al.
Nature Communication 2024年7月16日. doi: 10.1038/s41467-024-50194-3.
以下は他の関連パッケージです。使用する場合は自由に参照してください！
CellOntologyMapper: Consensus mapping of cell type annotation
Zeng, Z., Wang, X., Du, H. et al.
imetaomics 2025年11月6日. doi: 10.1002/imo2.70064.
8 その他
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