initial Tinker V25.1; add Amber ff19SB and new CMAP format

Author: jayponder

doc/license.pdf

@@ -1,3 +1,3 @@
-parameters    ../params/amoebabio18
+parameters    ../params/amoebabio18.prm
 verbose
 solvate       GK

doc/summary.pdf

@@ -1 +1,2 @@
 parameters     ../params/basic
+debug

doc/tinker-guide.pdf

@@ -1866,7 +1866,7 @@ fftpack.o: math.o
 field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o
 fields.o:
 files.o:
-final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
+final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o params.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
 findnuc.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findpro.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findseq.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o inform.o iounit.o sequen.o tettor.o tritor.o
@@ -2141,7 +2141,7 @@ rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o
 richmond.o: inform.o iounit.o math.o usage.o
 rigid.o:
 ring.o:
-rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o
+rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tettor.o tors.o tritor.o
 rmsfit.o: align.o
 rotbnd.o:
 rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o

example/lysozyme.key

@@ -1881,7 +1881,7 @@ fftpack.o: math.o
 field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o
 fields.o:
 files.o:
-final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
+final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o params.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
 findnuc.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findpro.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findseq.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o inform.o iounit.o sequen.o tettor.o tritor.o
@@ -2156,7 +2156,7 @@ rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o
 richmond.o: inform.o iounit.o math.o usage.o
 rigid.o:
 ring.o:
-rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o
+rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tettor.o tors.o tritor.o
 rmsfit.o: align.o
 rotbnd.o:
 rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o

example/taxol.key

@@ -1911,7 +1911,7 @@ fftpack.o: math.o
 field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o
 fields.o:
 files.o:
-final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
+final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o params.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
 findnuc.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findpro.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findseq.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o inform.o iounit.o sequen.o tettor.o tritor.o
@@ -2186,7 +2186,7 @@ rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o
 richmond.o: inform.o iounit.o math.o usage.o
 rigid.o:
 ring.o:
-rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o
+rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tettor.o tors.o tritor.o
 rmsfit.o: align.o
 rotbnd.o:
 rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o

make/Makefile

@@ -1911,7 +1911,7 @@ fftpack.o: math.o
 field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o
 fields.o:
 files.o:
-final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
+final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o params.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
 findnuc.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findpro.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findseq.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o inform.o iounit.o sequen.o tettor.o tritor.o
@@ -2186,7 +2186,7 @@ rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o
 richmond.o: inform.o iounit.o math.o usage.o
 rigid.o:
 ring.o:
-rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o
+rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tettor.o tors.o tritor.o
 rmsfit.o: align.o
 rotbnd.o:
 rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o

make/Makefile-apbs

@@ -1920,7 +1920,7 @@ fftpack.o: math.o
 field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o
 fields.o:
 files.o:
-final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
+final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o params.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o shapes.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tettor.o tors.o tortor.o tritor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o
 findnuc.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findpro.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o
 findseq.o: atomid.o atoms.o bitor.o couple.o inform.o iounit.o sequen.o tettor.o tritor.o
@@ -2195,7 +2195,7 @@ rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o
 richmond.o: inform.o iounit.o math.o usage.o
 rigid.o:
 ring.o:
-rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o
+rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tettor.o tors.o tritor.o
 rmsfit.o: align.o
 rotbnd.o:
 rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o