update Makefiles after adding four-site water treatment

Author: jayponder

make/Makefile

@@ -1917,7 +1917,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

make/Makefile-apbs

@@ -1932,7 +1932,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

make/Makefile-ffe-linux

@@ -1962,7 +1962,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

make/Makefile-ffe-macos

@@ -1962,7 +1962,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

make/Makefile-ffe-windows

@@ -1971,7 +1971,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

openmm/Makefile

@@ -1649,7 +1649,7 @@ induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfl
 inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o
 inform.o:
 initatom.o: ptable.o
-initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
+initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o
 initneck.o: solute.o
 initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o
 initres.o: resdue.o

source/initial.f

@@ -30,6 +30,7 @@ subroutine initial
       use cell
       use fft
       use files
+      use freeze
       use group
       use inform
       use iounit
@@ -156,6 +157,10 @@ subroutine initial
 c
       gpucard = 0
 c
+c     flag for use of holonomic constraints
+c
+      use_rattle = .false.
+c
 c     flag for use of atom groups
 c
       use_group = .false.