nfkb added into the code

Author: ZocoLini

example-files/nfkb_cuqdyn_config.xml

@@ -6,21 +6,21 @@
         <atol>1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8, 1e-8</atol>
     </tolerances>
     <ode_expr y_count="15" p_count="29">
-        p20 - p21 * y1 - p17 * y1
-        p17 * y1 - p19 * y2 - p18 * y2 * y8 - p21 * y2 - p2 * y2 * y10 + p3 * y4 - p4 * y2 * y13 + p5 * y5
-        p19 * y2 + p18 * y2 * y8 - p21 * y3
-        p2 * y2 * y10 - p3 * y4
-        p4 * y2 * y13 - p5 * y5
-        p11 * y13 - p1 * y6 * y10 + p5 * y5 - p23 * y6
-        p23 * p22 * y6 - p1 * y11 * y7
-        p15 * y9 - p16 * y8
-        p13 + p12 * y7 - p14 * y9
-        -p2 * y2 * y10 - p1 * y10 * y6 + p9 * y12 - p10 * y10 - p25 * y10 + p26 * y11
-        -p1 * y11 * y7 + p25 * p22 * y10 - p26 * p22 * y11
-        p7 + p6 * y7 - p8 * y12
-        p1 * y10 * y6 - p11 * y13 - p4 * y2 * y13 + p24 * y14
-        p1 * y11 * y7 - p24 * p22 * y14
-        p28 + p27 * y7 - p29 * y15
+        nfkb
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
+        a
     </ode_expr>
     <y0>
         0.200000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000316, 0.002296, 0.004783, 0.000003, 0.002507, 0.003436, 0.000003, 0.060000, 0.000079, 0.000003

modules/mexpreval/src/models.rs

@@ -127,8 +127,47 @@ impl Model for AlphaPinene {
     }
 }
 
+struct Nfkb;
+
+impl Model for Nfkb {
+    fn eval(&self, _t: f64, y: &[f64], ydot: &mut [f64], p: &[f64]) {
+        // p20 - p21 * y1 - p17 * y1
+        // p17 * y1 - p19 * y2 - p18 * y2 * y8 - p21 * y2 - p2 * y2 * y10 + p3 * y4 - p4 * y2 * y13 + p5 * y5
+        // p19 * y2 + p18 * y2 * y8 - p21 * y3
+        // p2 * y2 * y10 - p3 * y4
+        // p4 * y2 * y13 - p5 * y5
+        // p11 * y13 - p1 * y6 * y10 + p5 * y5 - p23 * y6
+        // p23 * p22 * y6 - p1 * y11 * y7
+        // p15 * y9 - p16 * y8
+        // p13 + p12 * y7 - p14 * y9
+        // -p2 * y2 * y10 - p1 * y10 * y6 + p9 * y12 - p10 * y10 - p25 * y10 + p26 * y11
+        // -p1 * y11 * y7 + p25 * p22 * y10 - p26 * p22 * y11
+        // p7 + p6 * y7 - p8 * y12
+        // p1 * y10 * y6 - p11 * y13 - p4 * y2 * y13 + p24 * y14
+        // p1 * y11 * y7 - p24 * p22 * y14
+        // p28 + p27 * y7 - p29 * y15
+        
+        ydot[0] = p[19] - p[20] * y[0] - p[16] * y[0];
+        ydot[1] = p[16] * y[0] - p[18] * y[1] - p[17] * y[1] * y[7] - p[20] * y[1] - p[1] * y[1] * y[9] + p[2] * y[3] - p[3] * y[1] * y[12] + p[4] * y[4];
+        ydot[2] = p[18] * y[1] + p[17] * y[1] * y[7] - p[20] * y[2];
+        ydot[3] = p[1] * y[1] * y[9] - p[2] * y[3];
+        ydot[4] = p[3] * y[1] * y[12] - p[4] * y[4];
+        ydot[5] = p[10] * y[12] - p[0] * y[5] * y[9] + p[4] * y[4] - p[22] * y[5];
+        ydot[6] = p[22] * p[21] * y[5] - p[0] * y[10] * y[6];
+        ydot[7] = p[14] * y[8] - p[15] * y[7];
+        ydot[8] = p[12] + p[11] * y[6] - p[13] * y[8];
+        ydot[9] = -p[1] * y[1] * y[9] - p[0] * y[9] * y[5] + p[8] * y[11] - p[9] * y[9] - p[23] * y[9] + p[24] * y[10];
+        ydot[10] = -p[0] * y[10] * y[5] + p[23] * p[21] * y[9] - p[24] * p[21] * y[10];
+        ydot[11] = p[6] + p[5] * y[6] - p[7] * y[11];
+        ydot[12] = p[0] * y[1] * y[9] - p[10] * y[12] - p[3] * y[1] * y[12] + p[21] * y[13];
+        ydot[13] = p[0] * y[10] * y[6] - p[23] * p[21] * y[13];
+        ydot[14] = p[27] + p[26] * y[6] - p[28] * y[14];
+    }
+}
+
 pub fn build_model(model: &str, cuqdyn_conf: &CuqdynConfig) -> Box<dyn Model> {
     match model {
+        "nfkb" => Box::new(Nfkb),
         "lotka-volterra" => Box::new(LotkaVolterra),
         "alpha-pinene" | "α-pinene" => Box::new(AlphaPinene),
         _ => Box::new(GenericModel::new(cuqdyn_conf))