💥 `tools`/`utils`: Investigate which modules to keep/remove

[mbercx]

Contents of the tools module:

├── __init__.py
├── base.py
├── calculations
│   ├── __init__.py
│   └── pw.py
├── cpinputparser.py
├── data
│   ├── __init__.py
│   └── orbital
│       ├── __init__.py
│       ├── noncollinearhydrogen.py
│       └── spinorbithydrogen.py
├── pwinputparser.py
└── setup.py

Contents of the utils module:

├── __init__.py
├── bands.py
├── convert.py
├── defaults
│   ├── __init__.py
│   └── calculation
│       └── __init__.py
├── hubbard.py
├── linalg.py
├── mapping.py
├── protocols
│   ├── __init__.py
│   ├── pw.py
│   ├── sssp_efficiency_1.0.json
│   ├── sssp_efficiency_1.1.json
│   ├── sssp_precision_1.0.json
│   └── sssp_precision_1.1.json
├── resources.py
├── restart.py
└── validation
    ├── __init__.py
    └── trajectory.py

TODO: Investigate which modules to keep/remove and mark above. Make checklist of the modules we want to remove.