RCC-Utilities/mpiblast.sbatch at master · anuvedverma/RCC-Utilities · GitHub

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#!/bin/bash
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
#SBATCH --job-name=mpi-blast
# Use 2 nodes with 8 tasks each, for 16 MPI task:s
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --mail-user=cnet@uchicago.edu
#SBATCH --partition=sandyb
# this job requests exclusive access to the nodes it is given
# this mean it will be the only job running on the node
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --constraint=ib

################################################################################
# load your modules here
################################################################################
module load mpiblast

################################################################################
# Create an output directory
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WORKDIR=/scratch/midway/$USER/mpiblast/$SLURM_JOBID"-"$1
mkdir -p $WORKDIR

################################################################################
# Start time
################################################################################
echo "Starting Job: $1 with id: $SLURM_JOBID"; date

################################################################################
# Blastplus
################################################################################
DB=pdb.fasta
QUERY="protein1.fasta"
BLAST_RESULTS="mpiblast-results.txt"

# using default folder (/gpfs/scratch/shared/mpiblast)
SLURM_NPROCS=$(( $SLURM_NNODES * $SLURM_NTASKS_PER_NODE ))
time mpirun -n $SLURM_NPROCS mpiblast  -p blastp -d $DB  -i $QUERY -o $BLAST_RESULTS --time-profile=time.txt --removedb --use-parallel-write
#-m 8 -b 1

################################################################################
#
# Finished
#
################################################################################
echo "Done with processing"; date

################################################################################
#
# Copy all the output files to that directory
#
################################################################################
`cp $0 $WORKDIR`
`cp $QUERY $WORKDIR`
`mv $SLURM_JOBID.out $SLURM_JOBID.err $WORKDIR`
`mv $BLAST_RESULTS $WORKDIR`
`mv time.txt $WORKDIR`