fixing refs to alias_group and prefix_group to vars

Author: jyucsiro

lib/bald/__init__.py

@@ -550,9 +550,13 @@ def load_netcdf(afilepath, uri=None, baseuri=None):
         prefix_var = (fhandle[fhandle.bald__isPrefixedBy] if
                         hasattr(fhandle, 'bald__isPrefixedBy') else {})
         prefixes = {}
-        if prefix_var != {} :
+
+        skipped_variables = []
+        if prefix_var != {}:
             prefixes = (dict([(prefix, getattr(prefix_var, prefix)) for
                               prefix in prefix_var.ncattrs()]))
+            if isinstance(prefix_var, netCDF4._netCDF4.Variable):
+                skipped_variables.append(prefix_var.name)
         else:
             for k in fhandle.ncattrs():
                 if k.endswith('__'):
@@ -577,7 +581,8 @@ def load_netcdf(afilepath, uri=None, baseuri=None):
         if alias_var != {}:
             aliases = (dict([(alias, getattr(alias_var, alias))
                              for alias in alias_var.ncattrs()]))
-        #print(aliases)
+            if isinstance(alias_var, netCDF4._netCDF4.Variable):
+                skipped_variables.append(alias_var.name)
 
         attrs = {}
         for k in fhandle.ncattrs():
@@ -609,13 +614,16 @@ def load_netcdf(afilepath, uri=None, baseuri=None):
                 #sattrs['bald__array'] = name
                 sattrs['bald__array'] = identity
                 sattrs['rdf__type'] = 'bald__Reference'
-                
             if fhandle.variables[name].shape:
                 sattrs['bald__shape'] = fhandle.variables[name].shape
                 var = Array(identity, sattrs, prefixes=prefixes, aliases=aliases)
             else:
                 var = Subject(identity, sattrs, prefixes=prefixes, aliases=aliases)
-            root_container.attrs['bald__contains'].append(var)
+            if name not in skipped_variables:
+                # Don't include skipped variables, such as prefix or alias
+                # variables, within the containment relation.
+                root_container.attrs['bald__contains'].append(var)
+
             file_variables[name] = var
 
 

lib/bald/tests/integration/CDL/array_alias.cdl

@@ -8,38 +8,19 @@ variables:
 		parent_variable:SDN_ParameterDiscoveryCode = "BactTaxaAbundSed" ;
 		parent_variable:submursible_name = "Nautilus" ;
 
+	int prefix_list ;
+		prefix_list:bald__ = "http://binary-array-ld.net/latest/" ;
+		prefix_list:rdf__ = "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" ;
+
+	int alias_list ;
+		alias_list:SDN_ParameterDiscoveryCode = "http://vocab.nerc.ac.uk/isoCodelists/sdnCodelists/cdicsrCodeList.xml#SDN_ParameterDiscoveryCode" ;
+		alias_list:BactTaxaAbundSed = "http://vocab.nerc.ac.uk/collection/P02/current/BAUC/" ;
+
+
 // global attributes:
 		:_NCProperties = "version=1|netcdflibversion=4.4.1|hdf5libversion=1.8.17" ;
 		:rdf__type = "bald__Container" ;
 		:bald__isPrefixedBy = "prefix_list" ;
 		:bald__isAliasedBy = "alias_list" ;
-data:
-
- parent_variable =
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _ ;
-
-
-group: prefix_list {
-
-  // group attributes:
-  		:bald__ = "http://binary-array-ld.net/latest/" ;
-  		:rdf__ = "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" ;
-  } // group bald__prefix_list
-
-group: alias_list {
 
-  // group attributes:
-  		:SDN_ParameterDiscoveryCode = "http://vocab.nerc.ac.uk/isoCodelists/sdnCodelists/cdicsrCodeList.xml#SDN_ParameterDiscoveryCode" ;
-		:BactTaxaAbundSed = "http://vocab.nerc.ac.uk/collection/P02/current/BAUC/" ;
-  } // group bald__alias_list
 }

lib/bald/tests/integration/CDL/array_reference.cdl

@@ -9,43 +9,12 @@ variables:
 	int child_variable(pdim0, pdim1) ;
 		child_variable:rdf__type = "bald__Reference" ;
 		child_variable:bald__array = "child_variable" ;
+	int prefix_list ;
+		prefix_list:bald__ = "http://binary-array-ld.net/latest/" ;
+		prefix_list:rdf__ = "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" ;
 
 // global attributes:
 		:_NCProperties = "version=1|netcdflibversion=4.4.1|hdf5libversion=1.8.17" ;
 		:rdf__type = "bald__Container" ;
 		:bald__isPrefixedBy = "prefix_list" ;
-data:
-
- parent_variable =
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _ ;
-
- child_variable =
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _,
-  _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _, _ ;
-
-group: prefix_list {
-
-  // group attributes:
-  		:bald__ = "http://binary-array-ld.net/latest/" ;
-  		:rdf__ = "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" ;
-  } // group bald__prefix_list
 }