我拆解了整个代码，留个感想

[Rnanqi]

流程：
1，建立基因之间的关系矩阵，使用内积再乘svd的v%*%t(v)
2，然后用PC分解得到的近似矩阵代替上面的关系矩阵，得到WT，就起到了去0平滑的作用
3，然后把关系矩阵WT的要敲除基因的入度归零，即，得到KO关系
4，把WT和KO对角放置，形成联合关系矩阵W（这个很精彩）
5，再把W做普降维，即可得到一张地图，即，结果中的manifoldAlignment，其中记录了敲除前的基因坐标和敲除后基因坐标，分别为X_组和Y_组
6，计算每个基因的的两组距离，即，结果中的distance，其中敲除基因一定变化最大
7，结果中的Z值是将距离进行box-cox变换，变为正态（然而p值却没有使用这个结果，这个Z无用，哈哈）
8，FC值=distance^2/mean(distance^2)，看成卡方分布，之后求解p值

有待改进：
1，最后结果是无法体现变化方向的，即ko之后不知道那个基因是上调了还是下调了，只知道哪些基因变化了。
2，cpdecompose的代码中，将分解向量U_list复原为近似tensor的这个步骤不应该在for循环里面，计算冗余。