OmicVerse は、Pythonでのバルク、単一細胞、空間RNA-seq解析を含むマルチオミクス解析のための基本パッケージです。詳細については、私たちの論文をお読みください：OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
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スター履歴
1 はじめに
omicverseの元の名前はPyomicでしたが、転写体学の全宇宙に取り組みたいと考え、名前を**OmicVerse**に変更しました。これは、RNA-seqでのすべてのタスクを解決することを目的としています。
Note
OmicVerseのBulkTrajBlendアルゴリズムは、デコンボリューション用のベータ変分オートエンコーダーと重複コミュニティ発見用のグラフニューラルネットワークを組み合わせて、元のscRNA-seqデータの「欠損」細胞の連続性を効果的に補間および復元します。
2 ディレクトリ構造
.
├── omicverse # メインPythonパッケージ
├── omicverse_guide # ドキュメントファイル
├── sample # いくつかのテストデータ
├── LICENSE
└── README.md3 使い始める
OmicVerseはcondaまたはpypiを通じてインストールでき、最初にpytorchをインストールする必要があります。詳細なインストール手順と異なるプラットフォーム（Windows、Linux、Mac OS）への適応については、インストールチュートリアルをご参照ください。
インストールにはconda install omicverse -c conda-forgeまたはpip install -U omicverseを使用できます。
omicverseページまたはomicverse.readthedocs.ioでドキュメントとチュートリアルをご確認ください。
omicverseは以下の4つのデータ構造に基づくインフラストラクチャとして実装されています。
この表には公開されたツールが含まれています
| Scanpy 📦 📖 |
dynamicTreeCut 📦 📖 |
scDrug 📦 📖 |
MOFA 📦 📖 |
COSG 📦 📖 |
CellphoneDB 📦 📖 |
| AUCell 📦 📖 |
Bulk2Space 📦 📖 |
SCSA 📦 📖 |
WGCNA 📦 📖 |
StaVIA 📦 📖 |
pyDEseq2 📦 📖 |
| NOCD 📦 📖 |
SIMBA 📦 📖 |
GLUE 📦 📖 |
MetaTiME 📦 📖 |
TOSICA 📦 📖 |
Harmony 📦 📖 |
| Scanorama 📦 📖 |
Combat 📦 📖 |
TAPE 📦 📖 |
SEACells 📦 📖 |
Palantir 📦 📖 |
STAGATE 📦 📖 |
| scVI 📦 📖 |
MIRA 📦 📖 |
Tangram 📦 📖 |
STAligner 📦 📖 |
CEFCON 📦 📖 |
PyComplexHeatmap 📦 📖 |
| STT 📦 📖 |
SLAT 📦 📖 |
GPTCelltype 📦 📖 |
PROST 📦 📖 |
CytoTrace2 📦 📖 |
GraphST 📦 📖 |
| COMPOSITE 📦 📖 |
mellon 📦 📖 |
starfysh 📦 📖 |
COMMOT 📦 📖 |
flowsig 📦 📖 |
pyWGCNA 📦 📖 |
| CAST 📦 📖 |
scMulan 📦 📖 |
cellANOVA 📦 📖 |
BINARY 📦 📖 |
GASTON 📦 📖 |
pertpy 📦 📖 |
| inmoose 📦 📖 |
memento 📦 📖 |
GSEApy 📦 📖 |
5 お問い合わせ
- Zehua Zeng (starlitnightly@gmail.com または zehuazeng@xs.ustb.edu.cn)
- Lei Hu (hulei@westlake.edu.cn)
omicverseに貢献したい場合は、開発者ドキュメントをご参照ください。
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Important
Omicverseを推進してくださった以下のWeChat公式アカウントに感謝いたします。
7 引用
作業でomicverseを使用する場合は、以下のようにomicverseの出版物を引用してください：
OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
Zeng, Z., Ma, Y., Hu, L. et al.
Nature Communication 2024年7月16日. doi: 10.1038/s41467-024-50194-3.
8 その他
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