update why-rJavaEnv article

Author: e-kotov

vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv

@@ -124,4 +124,7 @@ start;end;downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;845520;data.table
 2024-04-01;2024-04-30;886330;data.table
 2024-05-01;2024-05-31;846726;data.table
-2024-06-01;2024-06-26;550578;data.table
+2024-06-01;2024-06-30;677560;data.table
+2024-07-01;2024-07-31;698441;data.table
+2024-08-01;2024-08-31;749291;data.table
+2024-09-01;2024-09-26;729796;data.table

vignettes/data-for-vignettes/get-data-for-vignettes.R

@@ -8,7 +8,7 @@ rm(package_list)
 
 dlstats::set_cran_start_year(2014)
 
-rJava_dependants <- devtools::revdep("rJava", dependencies = c("Imports", "Depends"), bioconductor = FALSE)
+rJava_dependants <- devtools::revdep("rJava", dependencies = c("Imports", "Depends"), bioconductor = TRUE)
 
 rJava_dlstats <- dlstats::cran_stats("rJava", use_cache = FALSE)
 rJava_dependants_dlstats_cran <- dlstats::cran_stats(rJava_dependants, use_cache = FALSE)

vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv

@@ -124,4 +124,7 @@ start;end;downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;2469492;ggplot2
 2024-04-01;2024-04-30;1932736;ggplot2
 2024-05-01;2024-05-31;1891742;ggplot2
-2024-06-01;2024-06-26;1302455;ggplot2
+2024-06-01;2024-06-30;1599144;ggplot2
+2024-07-01;2024-07-31;1536478;ggplot2
+2024-08-01;2024-08-31;1458005;ggplot2
+2024-09-01;2024-09-26;1329676;ggplot2

vignettes/data-for-vignettes/produce-graphs-for-why-rJavaEnv.R

@@ -11,7 +11,7 @@ rJava_dependants_dlstats_bioc <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/
 data_table_dlstats <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv")
 ggplot2_dlstats <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv")
 
-cutoff_date <- "2024-05-31"
+cutoff_date <- "2024-09-26"
 
 rj_and_rj_dep_total_down <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
   rbind(rJava_dlstats) |>
@@ -69,15 +69,21 @@ rJavaPopularity_GTable <- ggplot_gtable(ggplot_build(p_rJavaPopularity))
 rJavaPopularity_GTable$layout$clip[rJavaPopularity_GTable$layout$name == "panel"] <- "off"
 
 # Draw the plot
-p_rJavaPopularity_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaPopularity_filepath) ) {
-  dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath), recursive = TRUE)
-  png(p_rJavaPopularity_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
-  grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
-  dev.off()
-}
+p_rJavaPopularity_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaPopularity_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
+dev.off()
+
+# resmush::resmush_file(p_rJavaPopularity_filepath, overwrite = TRUE)
+
+p_rJavaPopularity_filepath_pdf <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.pdf"
+dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath_pdf), recursive = TRUE)
+cairo_pdf(p_rJavaPopularity_filepath_pdf, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
+dev.off()
+
 
-resmush::resmush_file(p_rJavaPopularity_filepath, overwrite = TRUE)
 
 
 
@@ -97,22 +103,21 @@ p_rJavaDepIndivAll <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
        color = "Package")
 
 # Draw the plot
-p_rJavaDepIndivAll_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivAll.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivAll_filepath) ) {
-  dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivAll_filepath), recursive = TRUE)
-  png(p_rJavaDepIndivAll_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
-  grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivAll)
-  dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivAll_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivAll.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivAll_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivAll_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivAll)
+dev.off()
+
 
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivAll_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivAll_filepath, overwrite = TRUE)
 
 # top 20 rJava-dependent packages without xlsx -----------------------------------------
 
 p_rJavaDepIndivFiltered <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
   filter(! package %in% c("xlsx", "xlsxjars") ) |>
   filter(! grepl("jars$", package)) |>
-  filter(end >= "2023-05-01") |>
+  filter(end >= "2023-09-26") |>
   group_by(package) |>
   summarise(downloads = sum(downloads, na.rm = T), .groups = "drop") |>
   arrange(desc(downloads)) |>
@@ -128,27 +133,25 @@ p_rJavaDepIndivFiltered <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
   # gghighlight(max(downloads), max_highlight = 6L) +
   theme_pubclean(base_size = 18) +
   labs(title = "Top rJava-based Package Downloads",
-       subtitle = "Over the Last Year (May 2023 - May 2024)",
+       subtitle = "Over the Last Year (September 2023 - September 2024)",
        x = "Total dowloads",
        y = "")
 
 # Draw the plot
-# Draw the plot
-p_rJavaDepIndivFiltered_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFiltered.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath) ) {
-  dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath), recursive = TRUE)
-  png(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
-  grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFiltered)
-  dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivFiltered_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFiltered.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFiltered)
+dev.off()
+
 
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
 
 # top 20 rJava-dependent packages with xlsx -----------------------------------------
 
 p_rJavaDepIndivFilteredXslx <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
   filter(! grepl("jars$", package)) |>
-  filter(end >= "2023-05-01") |>
+  filter(end >= "2023-09-26") |>
   group_by(package) |>
   summarise(downloads = sum(downloads, na.rm = T), .groups = "drop") |>
   arrange(desc(downloads)) |>
@@ -164,18 +167,17 @@ p_rJavaDepIndivFilteredXslx <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
   # gghighlight(max(downloads), max_highlight = 6L) +
   theme_pubclean(base_size = 18) +
   labs(title = "Top rJava-based Package Downloads",
-       subtitle = "Over the Last Year (May 2023 - May 2024)",
+       subtitle = "Over the Last Year (September 2023 - September 2024)",
        x = "Total dowloads",
        y = "")
 
+
 # Draw the plot
-# Draw the plot
-p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFilteredXslx.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath) ) {
-  dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath), recursive = TRUE)
-  png(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
-  grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFilteredXslx)
-  dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFilteredXslx.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFilteredXslx)
+dev.off()
+
 
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)

vignettes/data-for-vignettes/rJava_dependants_dlstats_bioc.csv

@@ -115,7 +115,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;87;133;BridgeDbR
 2024-04-01;2024-04-30;132;414;BridgeDbR
 2024-05-01;2024-05-31;115;421;BridgeDbR
-2024-06-01;2024-06-26;69;590;BridgeDbR
+2024-06-01;2024-06-30;81;616;BridgeDbR
+2024-07-01;2024-07-31;77;157;BridgeDbR
+2024-08-01;2024-08-31;92;162;BridgeDbR
+2024-09-01;2024-09-26;150;232;BridgeDbR
 2016-04-01;2016-04-30;8;12;CHRONOS
 2016-05-01;2016-05-31;73;99;CHRONOS
 2016-06-01;2016-06-30;88;128;CHRONOS
@@ -214,7 +217,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;96;156;CHRONOS
 2024-04-01;2024-04-30;119;412;CHRONOS
 2024-05-01;2024-05-31;91;404;CHRONOS
-2024-06-01;2024-06-26;45;564;CHRONOS
+2024-06-01;2024-06-30;56;591;CHRONOS
+2024-07-01;2024-07-31;127;229;CHRONOS
+2024-08-01;2024-08-31;97;179;CHRONOS
+2024-09-01;2024-09-26;128;236;CHRONOS
 2019-09-01;2019-09-30;1;1;debCAM
 2019-10-01;2019-10-31;5;12;debCAM
 2019-11-01;2019-11-30;17;58;debCAM
@@ -272,7 +278,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;81;184;debCAM
 2024-04-01;2024-04-30;83;422;debCAM
 2024-05-01;2024-05-31;98;476;debCAM
-2024-06-01;2024-06-26;58;669;debCAM
+2024-06-01;2024-06-30;68;716;debCAM
+2024-07-01;2024-07-31;71;286;debCAM
+2024-08-01;2024-08-31;77;259;debCAM
+2024-09-01;2024-09-26;144;368;debCAM
 2017-10-01;2017-10-31;2;2;esATAC
 2017-11-01;2017-11-30;51;113;esATAC
 2017-12-01;2017-12-31;70;126;esATAC
@@ -353,7 +362,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;173;270;esATAC
 2024-04-01;2024-04-30;209;508;esATAC
 2024-05-01;2024-05-31;122;480;esATAC
-2024-06-01;2024-06-26;71;611;esATAC
+2024-06-01;2024-06-30;85;644;esATAC
+2024-07-01;2024-07-31;61;182;esATAC
+2024-08-01;2024-08-31;109;190;esATAC
+2024-09-01;2024-09-26;176;317;esATAC
 2022-04-01;2022-04-30;22;25;fastreeR
 2022-05-01;2022-05-31;51;69;fastreeR
 2022-06-01;2022-06-30;34;44;fastreeR
@@ -380,7 +392,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;86;130;fastreeR
 2024-04-01;2024-04-30;110;390;fastreeR
 2024-05-01;2024-05-31;128;459;fastreeR
-2024-06-01;2024-06-26;65;572;fastreeR
+2024-06-01;2024-06-30;78;604;fastreeR
+2024-07-01;2024-07-31;89;188;fastreeR
+2024-08-01;2024-08-31;95;185;fastreeR
+2024-09-01;2024-09-26;108;183;fastreeR
 2022-10-01;2022-10-31;1;1;metabinR
 2022-11-01;2022-11-30;46;61;metabinR
 2022-12-01;2022-12-31;24;36;metabinR
@@ -401,7 +416,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;40;61;metabinR
 2024-04-01;2024-04-30;63;324;metabinR
 2024-05-01;2024-05-31;83;389;metabinR
-2024-06-01;2024-06-26;46;526;metabinR
+2024-06-01;2024-06-30;53;545;metabinR
+2024-07-01;2024-07-31;47;116;metabinR
+2024-08-01;2024-08-31;54;101;metabinR
+2024-09-01;2024-09-26;81;148;metabinR
 2014-10-01;2014-10-31;73;108;paxtoolsr
 2014-11-01;2014-11-30;172;261;paxtoolsr
 2014-12-01;2014-12-31;151;198;paxtoolsr
@@ -518,7 +536,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;105;176;paxtoolsr
 2024-04-01;2024-04-30;104;330;paxtoolsr
 2024-05-01;2024-05-31;33;91;paxtoolsr
-2024-06-01;2024-06-26;122;698;paxtoolsr
+2024-06-01;2024-06-30;136;731;paxtoolsr
+2024-07-01;2024-07-31;146;372;paxtoolsr
+2024-08-01;2024-08-31;182;333;paxtoolsr
+2024-09-01;2024-09-26;224;390;paxtoolsr
 2023-01-01;2023-01-31;3;3;RBioFormats
 2023-02-01;2023-02-28;8;13;RBioFormats
 2023-03-01;2023-03-31;12;18;RBioFormats
@@ -536,7 +557,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;283;363;RBioFormats
 2024-04-01;2024-04-30;183;516;RBioFormats
 2024-05-01;2024-05-31;208;553;RBioFormats
-2024-06-01;2024-06-26;133;668;RBioFormats
+2024-06-01;2024-06-30;155;711;RBioFormats
+2024-07-01;2024-07-31;157;279;RBioFormats
+2024-08-01;2024-08-31;170;264;RBioFormats
+2024-09-01;2024-09-26;147;262;RBioFormats
 2011-11-01;2011-11-30;35;64;ReQON
 2011-12-01;2011-12-31;29;34;ReQON
 2012-01-01;2012-01-31;59;85;ReQON
@@ -688,7 +712,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;104;221;ReQON
 2024-04-01;2024-04-30;151;381;ReQON
 2024-05-01;2024-05-31;20;89;ReQON
-2024-06-01;2024-06-26;5;51;ReQON
+2024-06-01;2024-06-30;5;55;ReQON
+2024-07-01;2024-07-31;16;33;ReQON
+2024-08-01;2024-08-31;76;122;ReQON
+2024-09-01;2024-09-26;86;144;ReQON
 2018-01-01;2018-01-31;4;7;RGMQL
 2018-02-01;2018-02-28;11;12;RGMQL
 2018-03-01;2018-03-31;13;14;RGMQL
@@ -766,7 +793,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;83;137;RGMQL
 2024-04-01;2024-04-30;209;613;RGMQL
 2024-05-01;2024-05-31;58;394;RGMQL
-2024-06-01;2024-06-26;35;553;RGMQL
+2024-06-01;2024-06-30;42;576;RGMQL
+2024-07-01;2024-07-31;37;126;RGMQL
+2024-08-01;2024-08-31;66;159;RGMQL
+2024-09-01;2024-09-26;123;235;RGMQL
 2019-02-01;2019-02-28;1;1;rmelting
 2019-03-01;2019-03-31;21;24;rmelting
 2019-04-01;2019-04-30;11;17;rmelting
@@ -831,7 +861,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;57;89;rmelting
 2024-04-01;2024-04-30;120;393;rmelting
 2024-05-01;2024-05-31;101;412;rmelting
-2024-06-01;2024-06-26;65;554;rmelting
+2024-06-01;2024-06-30;79;586;rmelting
+2024-07-01;2024-07-31;58;143;rmelting
+2024-08-01;2024-08-31;70;135;rmelting
+2024-09-01;2024-09-26;94;234;rmelting
 2014-10-01;2014-10-31;60;72;rRDP
 2014-11-01;2014-11-30;142;185;rRDP
 2014-12-01;2014-12-31;116;146;rRDP
@@ -948,7 +981,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
 2024-03-01;2024-03-31;83;142;rRDP
 2024-04-01;2024-04-30;109;381;rRDP
 2024-05-01;2024-05-31;82;390;rRDP
-2024-06-01;2024-06-26;59;578;rRDP
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