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episodes/delays-access.Rmd

Lines changed: 7 additions & 8 deletions
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@@ -47,11 +47,15 @@ Regardez le [glossaire](../learners/reference.md) pour connaître les définitio
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4848
Toutefois, au début d'une épidémie, les efforts visant à comprendre l'épidémie et les implications pour la lutte peuvent être retardés par l'absence d'un moyen facile d'accéder aux paramètres clés de la maladie en question ([Nash et al., 2023](https://mrc-ide.github.io/epireview/)). Des projets tels que `{epiparameter}` et `{epireview}` construisent des catalogues en ligne en suivant des protocoles de synthèse de la littérature qui peuvent aider à informer l'analyse et à paramétrer les modèles en fournissant une bibliothèque de paramètres épidémiologiques précédemment estimés à partir d'épidémies passées.
4949

50-
<Les premiers modèles pour COVID-19 utilisaient des paramètres d'autres coronavirus. https://www.thelancet.com/article/S1473-3099(20)30144-4/fulltext -->
50+
:::::::::::::::::: instructor
51+
52+
Les premiers modèles pour COVID-19 utilisaient des paramètres d'autres coronavirus. <https://www.thelancet.com/article/S1473-3099(20)30144-4/fulltext>
53+
54+
::::::::::::::::::
5155

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Pour illustrer l'utilisation de l'outil `{epiparameter}` R dans votre pipeline d'analyse, notre objectif dans cet épisode sera d'accéder à un ensemble spécifique de paramètres épidémiologiques de la littérature, au lieu d'extraire des articles et de les copier-coller à la main. Nous les insérerons ensuite dans un `{EpiNow2}` flux de travail d'analyse.
5357

54-
<Dans cet épisode, nous allons apprendre comment accéder à un ensemble spécifique de paramètres épidémiologiques à partir de la littérature et ensuite obtenir leurs **statistiques sommaires** en utilisant `{epiparameter}`. -->
58+
<!-- cet épisode, nous allons apprendre comment accéder à un ensemble spécifique de paramètres épidémiologiques à partir de la littérature et ensuite obtenir leurs **statistiques sommaires** en utilisant `{epiparameter}`. -->
5559

5660
Commençons par charger le fichier `{epiparameter}` paquetage. Nous utiliserons le tube `%>%` pour connecter certaines de ses fonctions, certaines `{tibble}` et `{dplyr}` donc appelons aussi à la fonction `{tidyverse}` paquetage :
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@@ -388,7 +392,7 @@ epiparameter::epiparameter_db(
388392

389393
::::::::::::::::: callout
390394

391-
### Comment fonctionne "single\_epiparameter" ?
395+
### Comment fonctionne "single_epiparameter" ?
392396

393397
En regardant la documentation d'aide pour `?epiparameter::epiparameter_db()`:
394398

@@ -550,8 +554,6 @@ Nous explorerons ces concepts au fil des épisodes !
550554

551555
Un paramètre de gravité tel que la durée de l'hospitalisation pourrait compléter les informations nécessaires sur la capacité d'accueil en cas d'épidémie ([Cori et al.](https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2016.0371)).
552556

553-
<De plus, `{EpiNow2}` peut également inclure l'incertitude autour de chaque statistique sommaire, comme l'écart-type de l'écart-type. -->
554-
555557
Pour Ebola :
556558

557559
- Qu'est-ce qui est rapporté ? *estimation ponctuelle* de la durée moyenne des soins de santé et de l'isolement des cas ?
@@ -637,6 +639,3 @@ la mettre à jour à partir du dernier test d'épiparamètre
637639
- Réutiliser les estimations connues pour une maladie inconnue au début d'une épidémie lorsqu'il n'y a pas de données sur la recherche des contacts.
638640

639641
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
640-
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