Vurdere nextclade for aa annotasjon

[jonbra]

Description of feature

Må få ut en liste over alle aa substitusjoner, ikke bare forskjeller mot referansen.
Men bør i tilleg bruke nextstrain til å genotype? Det vil vel ikke fungere å bruke den samme referansen for alle? Evt. basere meg på GLUE-genotypen først, for deretter å kjøre nextclade på genotype-spesifikke datasett

[jonbra]

Man får ut fullstendig translasjon av alle CDS. Så det er bare å telle fra første posisjon i disse.

[jonbra]

Kan velge ut kun en refereanse per subtype (egen for 1a og 1b) inkludert en gff3-fil. Deretter kjøre nextclade og lagre aa-sekvenser av NS3, NS5A og NS5B.

Kan også lagre en VCF-fil med variasjon per posisjon og abundance av de ulike aa per posisjon i disse genene.