bgen/example/complex.vcf at master · gavinband/bgen · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
##fileformat=VCFv4.2
##FORMAT=<ID=GT,Type=String,Number=1,Description="Consensus genotype call">
##FORMAT=<ID=GP,Type=Float,Number=.,Description="Genotype probabilities">
##FORMAT=<ID=HP,Type=Float,Number=.,Description="Haplotype probabilities">
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	sample_0	sample_1	sample_2	sample_3
01	1	V1	A	G	.	.	.	GT:GP	0:1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
01	2	V2,V2.1	A	G	.	.	.	GT:GP	0:1,0	0:1,0	0:1,0	1:0,1
01	3	V3	A	G	.	.	.	GT:HP	0:1,0	1|1:0,1,0,1	0|0:1,0,1,0	0|1:1,0,0,1
01	4	M4	A	G,T	.	.	.	GT:GP	0:1,0,0	0/0:1,0,0,0,0,0	0/1:0,1,0,0,0,0	0/2:0,0,0,1,0,0
01	5	M5	A	G	.	.	.	GT:HP	0:1,0	0|0|0:1,0,1,0,1,0	0|0|1:1,0,1,0,0,1	0|1:1,0,0,1
01	7	M6	A	G,GT,GTT	.	.	.	GT:GP	0:1,0,0,0	1:0,1,0,0	2:0,0,1,0	3:0,0,0,1
01	7	M7	A	G,GT,GTT,GTTT,GTTTT	.	.	.	GT:GP	0:1,0,0,0,0,0	3:0,0,0,1,0,0	4:0,0,0,0,1,0	5:0,0,0,0,0,1
01	8	M8	A	G,GT,GTT,GTTT,GTTTT,GTTTTT	.	.	.	GT:GP	0:1,0,0,0,0,0,0	3:0,0,0,1,0,0,0	4:0,0,0,0,1,0,0	5:0,0,0,0,0,1,0
01	9	M9	A	G,GT,GTT,GTTT,GTTTT,GTTTTT,GTTTTTT	.	.	.	GT:GP	0:1,0,0,0,0,0,0,0	6:0,0,0,0,0,0,1,0	4:0,0,0,0,1,0,0,0	1/5:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
01	10	M10	A	G	.	.	.	GT:GP	0/0/0/0:1,0,0,0,0	0/0/0/1:0,1,0,0,0	0/0/1/1:0,0,1,0,0	0/1/1/1:0,0,0,1,0