Stiff equations (Equações rígidas) #18
Description
@schneiderfelipe @Leticia-maria @caprilesport
For overreact==1.2.0, scipy==1.13.1, matplotlib==3.9.4, cclib==1.8.1, numpy==1.26.4 and latest jax and jaxlib -> When simulating a reaction using overreact and inserting free energies in get_k command, A <=> B <=> C -> D works fine. The thing is that for 16 components and 1 or 2 transition states (example: isomerization of a carbocation), the problem is stiff. And I have some occasions where when I use jax, it can both fail or simply run the code nonstop (didnt test for hours though), and when I dont use jax the solver simply just fails on its task.
What should I do?
Here is what I obtain as an answer (in this case, I uninstalled jax and jaxlib):
8: DeprecationWarning: Accessing jax.config via the jax.config submodule is deprecated.
from jax.config import config
Reacoes criadas:
A -> B
B -> A
B -> C
C -> B
C -> D
D -> C
D -> E
E -> D
E -> F
F -> E
F -> G
G -> F
G -> H
H -> G
H -> I
I -> H
I -> J
J -> I
J -> K
K -> J
K -> L
L -> K
L -> M
M -> L
M -> N
N -> M
N -> O
O -> N
O -> P
P -> O
P -> Q
Q -> P
Q -> Q++
Q++ -> Q
Q++ -> P_final
Objeto scheme:
((-1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0, 0.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, -1.0, -1.0), (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0))
assuming unitary tunneling coefficients due to incomplete compound data
[3.39774556e+02 1.13588216e+23 3.35944205e+13 1.14883321e+12
1.16193191e+01 3.32157034e+24 2.10052664e+22 1.83736712e+03
6.28327065e+01 6.14240385e+23 1.16193191e+01 3.32157034e+24
3.32157034e+24 1.16193191e+01 2.67152673e+12 1.44465655e+13
9.13585820e+10 4.22449484e+14 2.28444060e+15 1.68944580e+10
4.27266146e+03 9.03286772e+21 7.18320102e+20 5.37286729e+04
1.85831632e-08 2.07684695e+33 7.02215837e+42 5.49608592e-18
1.14883321e+12 3.35944205e+13 6.21243799e+12 6.21243799e+12
1.14883321e+12 3.35944205e+13 6.21243799e+12]
max step = 1800.0 s
first step = 2.220446049250313e-16 s
@t = �[94m 0.000 �[ms�[K
message: Required step size is less than spacing between numbers.
success: False
status: -1
t: [ 0.000e+00 9.518e-20 9.533e-20 9.536e-20 9.539e-20
9.541e-20 9.543e-20 9.543e-20]
y: [[ 1.000e+00 1.000e+00 ... 1.000e+00 1.000e+00]
[ 0.000e+00 6.298e-10 ... -2.470e-06 -2.470e-06]
...
[ 0.000e+00 0.000e+00 ... -3.143e-154 8.413e-112]
[ 0.000e+00 0.000e+00 ... 2.781e-184 -7.443e-142]]
sol: <scipy.integrate._ivp.common.OdeSolution object at 0x0000020BBC435AF0>
t_events: None
y_events: None
nfev: 106
njev: 0
nlu: 0