Add training data for testing training mode

- 10 sample Campylobacter isolates with source labels
- 4 source classes: chicken, cattle, sheep, environmental waters
- Complete cgMLST profiles for immediate training testing
- Enables users to test both prediction AND training modes
- Update .gitignore to include training_data.csv

Author: andreaderuvo

.gitignore

@@ -8,6 +8,7 @@ old/
 # Large data files
 *.csv
 !sample_data.csv
+!training_data.csv
 
 # Python
 __pycache__/

data/training_data.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+ID,Location,Species,source,aspA,glnA,gltA,glyA,pgm,tkt,uncA,CAMP0001,CAMP0002,CAMP0003,CAMP0004,CAMP0005,CAMP0006,CAMP0007,CAMP0008,CAMP0009,CAMP0010,CAMP0011,CAMP0012,CAMP0013,CAMP0014,CAMP0015,CAMP0016,CAMP0017,CAMP0018,CAMP0019,CAMP0020,CAMP0021,CAMP0022,CAMP0023,CAMP0024,CAMP0025,CAMP0026,CAMP0027,CAMP0028,CAMP0029,CAMP0030,CAMP0031,CAMP0032,CAMP0033,CAMP0034,CAMP0035,CAMP0036,CAMP0037,CAMP0038,CAMP0039,CAMP0040,CAMP0041,CAMP0042,CAMP0043,CAMP0044,CAMP0045,CAMP0046,CAMP0047,CAMP0048,CAMP0049,CAMP0050,CAMP0051,CAMP0052,CAMP0053,CAMP0054,CAMP0055,CAMP0056,CAMP0057,CAMP0058,CAMP0059,CAMP0060,CAMP0061,CAMP0062,CAMP0063,CAMP0064,CAMP0065,CAMP0066,CAMP0067,CAMP0068,CAMP0069,CAMP0070,CAMP0071,CAMP0072,CAMP0073,CAMP0074,CAMP0075,CAMP0076,CAMP0077,CAMP0078,CAMP0079,CAMP0080,CAMP0081,CAMP0082,CAMP0083,CAMP0084,CAMP0085,CAMP0086,CAMP0087,CAMP0088,CAMP0089,CAMP0090,CAMP0091,CAMP0092,CAMP0093,CAMP0094,CAMP0095,CAMP0096,CAMP0097,CAMP0098,CAMP0099,CAMP0100
+TRAIN001,Italy,C.jejuni,chicken,4,1,1,1,2,1,5,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1,2,3,1,2,1,3,2,1,4,1
+TRAIN002,Italy,C.jejuni,chicken,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2,1,3,2,1,3,4,2
+TRAIN003,Italy,C.jejuni,chicken,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1
+TRAIN004,Italy,C.coli,cattle,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2,1,3,2,2
+TRAIN005,Italy,C.coli,cattle,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1,2,1,3,1
+TRAIN006,Italy,C.coli,cattle,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2,3,2,1,2
+TRAIN007,Italy,C.jejuni,sheep,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1,1,4,3,1
+TRAIN008,Italy,C.jejuni,sheep,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3,2,3,1,3
+TRAIN009,Italy,C.jejuni,environmental waters,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2,3,1,1,2
+TRAIN010,Italy,C.jejuni,environmental waters,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1,1,2,2,1