install

#!/bin/bash

# Función para imprimir mensajes bonitos
print_message() {
    echo "=================================================="
    echo "$1"
    echo "=================================================="
}

# Imprimir mensaje de inicio de instalación de conda
print_message "Instalando Entorno CONDA"

# Instalar el entorno con conda
conda env create -f environment.yml

#Descomprimir Dengue GLUE
tar -xf Dengue-GLUE.tar.xz

# Cambiar al directorio de scripts
cd Scripts || { echo "No se pudo cambiar al directorio Scripts"; exit 1; }

# Hacer ejecutables todos los scripts en el directorio
chmod +x ./*

# Imprimir mensaje de instalación de GLUE
print_message "Instalando GLUE para determinación de linajes"

# Ejecutar el script de instalación de GLUE
./GLU_INSTALL.sh || { echo "Error durante la instalación de GLUE"; exit 1; }

#hacer ejecutable el script bin

cd ..
cd bin
chmod +x ./*

# Copiar el script CONSENSO.py a bin
#cp CONSENSO.py /usr/local/bin || { echo "Error al copiar CONSENSO.py a /usr/local/bin"; exit 1; }

# Volver al directorio anterior
cd ..

# Imprimir mensaje de finalización de instalación
print_message "Instalación realizada con éxito. Haga un test de instalación corriendo 'CONSENSO --help'"