色々おかしい
Pythonでの呼び出し方

iric.cg_iRIC_Write_Grid3d_Coords_WithGridId(fid, isize, jsize, ksize, x_arr, y_arr, z_arr, gid)
ではなく
gid = iric.cg_iRIC_Write_Grid3d_Coords_WithGridId(fid, isize, jsize, ksize, x_arr, y_arr, z_arr)
では?
引数の説明
x_arr, y_arr, z_arrのI/Oが出力になっている。