プレインストール版のテスト #4
Description
プリインストール版
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/
でのテストをしてみましたので、報告します。
結論から言うと、エラーなく動いたようです。
が、自分で「git clone→configure」したものとは、
ディレクトリ構成が違いました（プリインストール版は古い？）
特にsample fileが見当たりません。
以下では、sample fileは
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file
を流用しました。
scriptファイルの確認
Kω用の設定script
$ cat /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
. /home/issp/materiapps/tool/env.sh
export KOMEGA_ROOT=/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0
export PATH=$KOMEGA_ROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$KOMEGA_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
Interactive job用のscript(自前)
$ cat ~/job_int.sh
#!/bin/sh
#QSUB -queue i18cpu
#QSUB -node 1
#QSUB -mpi 1
#QSUB -omp 1
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -I
$ cd $PBS_O_WORKDIR
実行作業
作業ディレクトリ
/home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01
サンプルファイルのコピー
$ cp -r /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-1.0.0-0/sample/ShiftK/from_file .
$ cp -rp from_file from_file_wrk01
$ cd from_file_wrk01/
$ ll
合計 6
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 283 7月 6 00:48 namelist.def
drwxr-xr-x 2 k009900 k0099 4096 7月 6 00:48 output
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 835 7月 6 00:48 zvo_Excited.dat
-rw-r--r-- 1 k009900 k0099 521 7月 6 00:48 zvo_Ham.dat
$ mv output output_ref
実行：
$ qsub ~/job_int.sh
qsub: waiting for job 765550.sekirei-pbs to start
qsub: job 765550.sekirei-pbs ready
$ script log.txt
Script started, file is log.txt
$ source /home/issp/materiapps/tool/Komega/Komegavars.sh
$ which ShiftK.out
/home/issp/materiapps/tool/Komega/Komega-2.0.0-0/bin/ShiftK.out
$ /home/issp/materiapps/tool/bin/issp-ucount Komega
$ mpijob ShiftK.out namelist.def
mpijob CMD : mpirun -f /tmp/mpiexec.params.k009900.19373
mpijob PARAMS : -d /home/k0099/k009900/work/20170705_Komega_wrk01/from_file_wrk01
r1i0n20 1 omplace -nt 1 "ShiftK.out" "namelist.def"
SGI MPT Placement option
omplace -nt 1
Node MPI
r1i0n20 1
Open input file namelist.def
Number of processes : 1
Number of threads : 1
########## Input FileName ##########
Hamiltonian file : zvo_Ham.dat
Excited state file : zvo_Excited.dat
########## Input Hamiltonian ##########
Dim. of Hamiltonian : 16 16
Num. of Non-Zero Components : 20
COCG mathod is used.
########## Input Parameter for CG Iteration ##########
Maximum number of loop : 100
Convergence Threshold : 1.000000000000000E-006
########## Input Right Hand Side Vector ##########
Dim. of RHS vector : 16
########## Input Parameter for Spectrum ##########
Max. of Omega : (1.00000000000000,1.000000000000000E-002)
Min. of Omega : (0.000000000000000E+000,1.000000000000000E-002)
Num. of Omega : 100
Calculation type : normal
########## CG Initialization ##########
BiCG Iteration
iter status1 status2 status3 Residual Proj. Res.
1 1 0 1 0.39527E+00 0.50000E+00
2 2 0 1 0.52678E+00 0.31762E-16
3 -3 0 1 0.20711E-13 0.92658E-16
Converged in iteration 3
########## Output Restart Parameter ##########
Num. of Iteration (Current Run) : 3
Current Omega_Seed : 0.00000E+00 0.10000E-01
########## Output Restart Vector ##########
Dim. of Residual vector : 16
Done
$ exit
exit
Script done, file is log.txt
$ exit
logout
qsub: job 765550.sekirei-pbs completed
出力ファイルのまとめ
出力ファイル
log.txt
residual.txt
output/ResVec.dat0
output/TriDiagComp.dat
output/dynamicalG.dat
および、もとからあったoutput file
output_ref/ResVec.dat0
output_ref/TriDiagComp.dat
output_ref/dynamicalG.dat
をパッケージ化：
→data_komega_test_20170706.tgz.zip
→添付