Toolchain 202503 Version Update (deepmodeling#6615)

* build: 更新 OpenMPI 和 MPICH 版本及其校验值

更新 OpenMPI 从 5.0.7 到 5.0.8 和 MPICH 从 4.3.0 到 4.3.1，并更新对应的 SHA256 校验值
同时更新 README.md 中的任务状态标记

* build(toolchain): 更新依赖库版本和配置

- 更新OpenBLAS到v0.3.30版本
- 更新ELPA到2025.06.001版本
- 将libcomm、cereal、rapidjson、libri指向master分支

* docs(toolchain): 添加ABACUS工具链开发者指南和重构方案文档

添加详细的开发者指南文档，介绍工具链的架构设计、核心功能和实现细节
包含完整的重构方案文档，提出用户友好度改进、代码去冗余、硬编码解决和错误处理统一化的解决方案

* docs(toolchain): 添加项目规则文档以明确代码质量标准和哲学

* docs(project_rules): 更新项目规则文档，添加维护指南

- 补充各stage目录的具体用途说明
- 新增代码维护时的注意事项
- 保持文档与当前项目实践一致

* refactor(toolchain): 简化数学库默认设置逻辑

移除对MKL和AOCL的自动检测，始终默认使用openblas作为数学库

* docs(toolchain): 更新GPU架构选项的说明文档

将GPU架构选项从具体的硬件型号更新为CUDA架构编号，以提供更灵活的兼容性

* feat(toolchain): 更新工具链脚本和依赖版本

refactor(toolchain): 重构工具链安装脚本，增加模块化和错误处理
docs(toolchain): 更新脚本注释和帮助信息
fix(toolchain): 修复OpenBLAS架构检测逻辑
style(toolchain): 统一代码格式和缩进

* docs(toolchain): 更新离线安装推荐说明中的日期和下载步骤

更新推荐离线安装的注释日期至2025年，并调整下载步骤顺序和描述

* fix(openblas): 仅在未找到openblas_dir时解压openblas包

* refactor(toolchain): remove test building scripts

* docs(toolchain): 添加ABACUS工具链重构验证报告和进度报告

* feat(工具链): 添加GCC离线安装支持并优化依赖下载逻辑

添加对GCC离线安装的支持，引入repack_filename变量用于打包包含依赖的GCC源码
优化依赖下载逻辑，优先尝试官方源，失败后回退到镜像源
当检测到无网络连接时跳过依赖下载以支持纯离线模式

* docs(toolchain): 添加废弃警告提示并引导迁移到新版本脚本

* feat(工具链): 优化工具链配置管理和安装脚本

- 添加版本配置导出功能以支持阶段脚本
- 优化OpenBLAS架构检测逻辑，提前解压包
- 修复版本验证中的包名大小写问题
- 为ELPA和LibXC添加包变量提前定义
- 改进配置验证器，支持MKL作为ScaLAPACK替代
- 统一多个安装脚本的包变量定义位置
- 重构包版本导出逻辑，动态构建版本字符串
- 更新工具链模板脚本，添加版本控制和执行模式
- 完善文档，记录GCC脚本优化和网络处理改进
- 重构配置管理器，支持更灵活的数学库和MPI设置

* refactor(工具链): 优化脚本架构并修复ELPA与MKL集成问题

重构工具链脚本实现模块化架构，修复ELPA在使用MKL时的BLACS检测问题。主要变更包括：
1. 移除过时注释和冗余代码
2. 为所有安装脚本添加pack-run模式支持
3. 优化MKL环境变量设置，适配不同MPI实现
4. 修复ELPA安装时的SCALAPACK配置传递
5. 更新Intel编译器默认使用ifx
6. 改进配置管理器的静默模式处理

重构后工具链更易维护且完全兼容现有功能，为后续扩展奠定基础

* feat(toolchain): 更新工具链版本至2025.3并重构构建脚本

更新VERSION文件至2025.3版本
统一各工具链脚本中的作者和日期信息
重构构建脚本以支持MLALGO功能并优化GPU支持
添加ABACUS构建脚本自动生成功能开发文档

* docs(toolchain): 更新文档和作者信息

refactor(ui): 改进终端用户界面和输出信息
- 添加彩色输出和更美观的进度显示
- 优化安装完成后的使用说明格式
- 增强MPI检测时的信息显示

chore: 移除过时的离线安装说明

* docs(toolchain): 在构建脚本中注释CUDA编译器路径选项

* feat(工具链): 新增智能证书验证策略和并行编译控制功能

新增DOWNLOAD_CERT_POLICY环境变量支持strict|smart|skip三种证书验证模式
移除-j参数并改用NPROCS_OVERWRITE环境变量控制并行编译核数
更新README文档详细说明新功能和使用方法

* refactor(toolchain): 统一MPI实现参数名并更新文档

将各工具链脚本中的MPI实现参数从`MPI_IMPLEMENTATION`统一改为`MPI_MODE`以保持一致性
更新README文档，添加新功能说明并删除过时的Details.md文件

* [Feature] Add NEP as esolver (deepmodeling#6603)

* update NEP_CPU

* update toolchain and document

* update cmake file

* update cmake file

* update test

* update toolchain script

* remove nep_cpu; update test case and toolchain script

* update unit test

* update test.yml

* update related doc.

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Co-authored-by: Mohan Chen <[email protected]>

* feat(ui): 优化用户界面兼容性和错误提示

增加Unicode图标的三级fallback策略，确保在不同终端环境下的显示兼容性
增强GCC版本检查的错误提示，提供详细的问题分析和解决方案
添加glibc版本检测和系统信息摘要功能
改进版本号显示功能，支持智能查找VERSION文件
更新帮助文档和进度报告，反映最新优化内容

* refactor(toolchain): 将NEP选项加入注释

* style(toolchain): 统一调整可选特性的变量顺序

* feat(toolchain): 添加NEP包支持并更新相关文档

在工具链中添加NEP(Neural Evolution Potential)包支持，包括：
1. 在package_versions.sh中添加版本管理
2. 更新config_manager.sh中的配置项
3. 修改install_nep.sh使用集中版本管理
4. 更新用户界面显示
5. 添加NEP集成案例文档
6. 更新README中的包列表和文档

此变更使工具链支持NEP包的安装和配置，为ABACUS提供机器学习势能支持

* feat(toolchain): 增强package-version参数支持多键值对

修复--package-version参数仅支持单个键值对的问题，现支持两种写法：
1. 多个独立参数：--package-version PKG1:VER1 --package-version PKG2:VER2
2. 单个参数多键值对：--package-version PKG1:VER1 PKG2:VER2

同时更新相关文档说明和README，添加环境变量使用注意事项

* add system option for libcomm, libri and libnpy

* refactor(toolchain): 对stage4的头文件添加system和path选项支持

* fix(toolchain): 移除合并冲突标记并改进配置验证

重构配置验证逻辑以更精确检查cmake依赖
当使用系统cmake时增加额外检查

* feat(validator): 优化系统检测与错误计数机制

- 新增错误组概念，区分逻辑错误与描述行，提供准确错误计数
- 实现智能cmake检查，根据用户配置进行条件验证和版本检测
- 增强GCC工具链验证，包括版本一致性检查和最小版本要求
- 提供更详细的错误信息和解决方案指导

* refactor(toolchain): 统一安装脚本中环境变量设置的格式和顺序

确保在system选项下，环境变量不会被额外写入setup中

* move a doc

* chore: remove Trae Files

* fix(install_nep.sh):
unify --pack-run exit way

* refactor(toolchain):  clean the redundant and out-dated comments

* Update paths in install_cereal.sh for include directory

Modify the wrong paths.

* Fix path setup for cereal installation script

* Fix CEREAL include path in build script

The Include  Dir should be "include/", not "include/cereal/".

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Co-authored-by: m0sey <[email protected]>
Co-authored-by: Mohan Chen <[email protected]>
Co-authored-by: Levi Zhou <[email protected]>

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