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STRUCTURE by Pritchard, Stephens and Donnelly (2000)
and Falush, Stephens and Pritchard (2003)
Code by Pritchard, Falush and Hubisz
Version 2.3.1 (Febrauary 2009)
----------------------------------------------------
Command line arguments: /home/ebm447/fastPhase/structure -K 2 -i /home/ebm447/eig/struct3k.inp -N 1464 -L 1814 -o struct_out_2a
Input File: /home/ebm447/eig/struct3k.inp
Run parameters:
1464 individuals
1814 loci
2 populations assumed
1000 Burn-in period
20000 Reps
--------------------------------------------
Proportion of membership of each pre-defined
population in each of the 2 clusters
Given Inferred Clusters Number of
Pop 1 2 Individuals
100: 0.009 0.991 90
101: 0.013 0.987 98
102: 0.023 0.977 100
103: 0.044 0.956 53
104: 0.012 0.988 78
105: 0.109 0.891 10
106: 0.145 0.855 7
107: 0.010 0.990 4
109: 0.037 0.963 5
110: 0.111 0.889 7
111: 0.091 0.909 5
112: 0.041 0.959 8
113: 0.004 0.996 5
114: 0.020 0.980 4
116: 0.057 0.943 29
117: 0.024 0.976 5
118: 0.017 0.983 5
119: 0.126 0.874 29
120: 0.050 0.950 5
121: 0.113 0.887 114
122: 0.011 0.989 8
123: 0.172 0.828 37
124: 0.003 0.997 99
125: 0.014 0.986 5
127: 0.010 0.990 4
128: 0.142 0.858 8
129: 0.005 0.995 15
200: 0.076 0.924 100
201: 0.027 0.973 10
202: 0.082 0.918 10
204: 0.047 0.953 10
205: 0.024 0.976 10
210: 0.003 0.997 3
211: 0.014 0.986 2
212: 0.025 0.975 3
213: 0.051 0.949 4
214: 0.018 0.982 3
215: 0.057 0.943 4
216: 0.027 0.973 4
217: 0.035 0.965 4
218: 0.018 0.982 4
219: 0.548 0.452 5
220: 0.158 0.842 4
221: 0.036 0.964 5
222: 0.361 0.639 5
223: 0.020 0.980 21
500: 0.289 0.711 59
501: 0.815 0.185 44
502: 0.629 0.371 41
503: 0.974 0.026 98
504: 0.969 0.031 62
505: 0.986 0.014 3
506: 0.997 0.003 10
507: 0.996 0.004 25
552: 0.328 0.672 24
555: 0.322 0.678 24
558: 0.650 0.350 20
998: 0.137 0.863 5
999: 0.034 0.966 1
--------------------------------------------
Allele-freq. divergence among pops (Net nucleotide distance),
computed using point estimates of P.
1 2
1 - 0.0962
2 0.0962 -
Average distances (expected heterozygosity) between individuals in same cluster:
cluster 1 : 0.3366
cluster 2 : 0.4612
--------------------------------------------
Estimated Ln Prob of Data = -3333854.8
Mean value of ln likelihood = -3332441.5
Variance of ln likelihood = 2826.5
Mean value of alpha = 0.2088
Mean value of r = 1.0774
Standard deviation of r = 2.0626
Mean value of Fst_1 = 0.3470
Mean value of Fst_2 = 0.0089
Inferred ancestry of individuals:
Label (%Miss) Pop: Inferred clusters
1 503029890 (0) 503 : 0.979 0.021
2 109275110 (0) 109 : 0.016 0.984
3 223338089 (0) 223 : 0.011 0.989
4 200045019 (3) 200 : 0.112 0.888
5 503334609 (0) 503 : 0.994 0.006
6 503029940 (2) 503 : 0.971 0.029
7 104208800 (0) 104 : 0.003 0.997
8 102143890 (0) 102 : 0.004 0.996
9 502081100 (0) 502 : 0.637 0.363
10 501080800 (0) 501 : 0.822 0.178
11 223338159 (0) 223 : 0.025 0.975
12 200068930 (0) 200 : 0.049 0.951
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