Use convenience exports from pymatgen/core/__init__.py where no risk of circular imports (#3461)

* simplify imports using convenience exports from pymatgen/core/__init__.py

* revert composition.py and
structure.py

* more

Author: janosh

pymatgen/alchemy/filters.py

@@ -9,7 +9,7 @@
 from monty.json import MSONable
 
 from pymatgen.analysis.structure_matcher import ElementComparator, StructureMatcher
-from pymatgen.core.periodic_table import get_el_sp
+from pymatgen.core import get_el_sp
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 
 if TYPE_CHECKING:

pymatgen/analysis/bond_valence.py

@@ -12,7 +12,7 @@
 import numpy as np
 from monty.serialization import loadfn
 
-from pymatgen.core.periodic_table import Element, Species, get_el_sp
+from pymatgen.core import Element, Species, get_el_sp
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 
 if TYPE_CHECKING:

pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/structure_environments.py

@@ -17,9 +17,7 @@
 from pymatgen.analysis.chemenv.coordination_environments.voronoi import DetailedVoronoiContainer
 from pymatgen.analysis.chemenv.utils.chemenv_errors import ChemenvError
 from pymatgen.analysis.chemenv.utils.defs_utils import AdditionalConditions
-from pymatgen.core.periodic_table import Element, Species
-from pymatgen.core.sites import PeriodicSite
-from pymatgen.core.structure import PeriodicNeighbor, Structure
+from pymatgen.core import Element, PeriodicNeighbor, PeriodicSite, Species, Structure
 
 if TYPE_CHECKING:
     import matplotlib.pyplot as plt

pymatgen/analysis/cost.py

@@ -18,8 +18,7 @@
 from monty.design_patterns import singleton
 
 from pymatgen.analysis.phase_diagram import PDEntry, PhaseDiagram
-from pymatgen.core.composition import Composition
-from pymatgen.core.periodic_table import Element
+from pymatgen.core import Composition, Element
 from pymatgen.util.provenance import is_valid_bibtex
 
 __author__ = "Anubhav Jain"

pymatgen/analysis/hhi.py

@@ -15,8 +15,7 @@
 
 from monty.design_patterns import singleton
 
-from pymatgen.core.composition import Composition
-from pymatgen.core.periodic_table import Element
+from pymatgen.core import Composition, Element
 
 __author__ = "Anubhav Jain"
 __copyright__ = "Copyright 2014, The Materials Project"

pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.py

@@ -10,7 +10,7 @@
 
 from pymatgen.analysis.bond_valence import BVAnalyzer
 from pymatgen.analysis.local_env import LocalStructOrderParams, get_neighbors_of_site_with_index
-from pymatgen.core.periodic_table import Species, get_el_sp
+from pymatgen.core import Species, get_el_sp
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 
 if TYPE_CHECKING:

pymatgen/analysis/nmr.py

@@ -6,8 +6,7 @@
 
 import numpy as np
 
-from pymatgen.core.periodic_table import Species
-from pymatgen.core.structure import Site
+from pymatgen.core import Site, Species
 from pymatgen.core.tensors import SquareTensor
 from pymatgen.core.units import FloatWithUnit
 from pymatgen.util.due import Doi, due

pymatgen/analysis/phase_diagram.py

@@ -24,8 +24,8 @@
 from tqdm import tqdm
 
 from pymatgen.analysis.reaction_calculator import Reaction, ReactionError
+from pymatgen.core import DummySpecies, Element, get_el_sp
 from pymatgen.core.composition import Composition
-from pymatgen.core.periodic_table import DummySpecies, Element, get_el_sp
 from pymatgen.entries import Entry
 from pymatgen.util.coord import Simplex, in_coord_list
 from pymatgen.util.due import Doi, due

pymatgen/analysis/structure_analyzer.py

@@ -13,9 +13,7 @@
 from scipy.spatial import Voronoi
 
 from pymatgen.analysis.local_env import JmolNN, VoronoiNN
-from pymatgen.core.composition import Composition
-from pymatgen.core.periodic_table import Element, Species
-from pymatgen.core.sites import PeriodicSite
+from pymatgen.core import Composition, Element, PeriodicSite, Species
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 
 if TYPE_CHECKING:

pymatgen/analysis/structure_matcher.py

@@ -9,17 +9,16 @@
 import numpy as np
 from monty.json import MSONable
 
-from pymatgen.core.composition import Composition, SpeciesLike
-from pymatgen.core.lattice import Lattice
-from pymatgen.core.periodic_table import get_el_sp
-from pymatgen.core.structure import Structure
+from pymatgen.core import Composition, Lattice, Structure, get_el_sp
 from pymatgen.optimization.linear_assignment import LinearAssignment
 from pymatgen.util.coord import lattice_points_in_supercell
 from pymatgen.util.coord_cython import is_coord_subset_pbc, pbc_shortest_vectors
 
 if TYPE_CHECKING:
     from collections.abc import Mapping, Sequence
 
+    from pymatgen.util.typing import SpeciesLike
+
 __author__ = "William Davidson Richards, Stephen Dacek, Shyue Ping Ong"
 __copyright__ = "Copyright 2011, The Materials Project"
 __version__ = "1.0"