Skip to content

Commit 56e604d

Browse files
hoganwrhoganwr
authored
Merge pull request #54 from mcwdsi/fix-lor-lormet
repair lorazepam and its drug products
2 parents 58d25ef + 60aefbd commit 56e604d

File tree

6 files changed

+47
-46
lines changed

6 files changed

+47
-46
lines changed

‎src/ontology/mappings/dron-chebi-mapping.csv‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -145,7 +145,7 @@ http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010975,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEB
145145
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010978,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_116278
146146
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010979,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_6520
147147
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010983,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_47544
148-
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010986,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_52993
148+
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010986,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_6539
149149
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00010988,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_59040
150150
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00011012,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_35825
151151
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00011023,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_135144
@@ -2175,7 +2175,7 @@ http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01034861,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEB
21752175
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01034801,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_29287
21762176
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01002941,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_32026
21772177
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01034751,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_33341
2178-
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01002934,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_52993
2178+
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01002934,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_6539
21792179
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01002935,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_8397
21802180
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_01002942,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_8768
21812181
http://purl.obolibrary.org/obo/DRON_00016802,http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_232141

‎src/scripts/convert-dron-ldtab.sql‎

Lines changed: 2 additions & 2 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -82,8 +82,8 @@ INSERT INTO dron_ingredient(subject, predicate, object, datatype) VALUES
8282
('CHEBI:52071', 'rdfs:label', 'Dextran 40', 'xsd:string'),
8383
('CHEBI:52071', 'rdfs:label', 'Dextran 70', 'xsd:string'),
8484
('CHEBI:52071', 'rdfs:label', 'Dextran 75', 'xsd:string'),
85-
('CHEBI:52993', 'DRON:00010000', '6470', 'xsd:string'),
86-
('CHEBI:52993', 'rdfs:label', 'Lorazepam', 'xsd:string'),
85+
('CHEBI:6539', 'DRON:00010000', '6470', 'xsd:string'),
86+
('CHEBI:6539', 'rdfs:label', 'Lorazepam', 'xsd:string'),
8787
('CHEBI:53258', 'DRON:00010000', '56466', 'xsd:string'),
8888
('CHEBI:53258', 'rdfs:label', 'sodium citrate', 'xsd:string'),
8989
('CHEBI:61468', 'DRON:00010000', '324072', 'xsd:string'),

‎src/templates/clinical_drug_form_ingredient.tsv‎

Lines changed: 9 additions & 9 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -2493,10 +2493,10 @@ DRON:00022298 DRON:00010981
24932493
DRON:00022299 CHEBI:47544
24942494
DRON:00022300 CHEBI:47544
24952495
DRON:00022301 CHEBI:6538
2496-
DRON:00022302 CHEBI:52993
2497-
DRON:00022303 CHEBI:52993
2498-
DRON:00022304 CHEBI:52993
2499-
DRON:00022305 CHEBI:52993
2496+
DRON:00022302 CHEBI:6539
2497+
DRON:00022303 CHEBI:6539
2498+
DRON:00022304 CHEBI:6539
2499+
DRON:00022305 CHEBI:6539
25002500
DRON:00022306 CHEBI:52993
25012501
DRON:00022307 CHEBI:52993
25022502
DRON:00022308 CHEBI:5778
@@ -12894,8 +12894,8 @@ DRON:00029230 CHEBI:3077
1289412894
DRON:00029230 CHEBI:6538
1289512895
DRON:00029231 CHEBI:53248
1289612896
DRON:00029231 CHEBI:6538
12897-
DRON:00029232 CHEBI:52993
12898-
DRON:00029233 CHEBI:52993
12897+
DRON:00029232 CHEBI:6539
12898+
DRON:00029233 CHEBI:6539
1289912899
DRON:00029234 CHEBI:76172
1290012900
DRON:00029235 CHEBI:28838
1290112901
DRON:00029236 CHEBI:15948
@@ -17829,7 +17829,7 @@ DRON:00032106 CHEBI:36773
1782917829
DRON:00032106 DRON:00018290
1783017830
DRON:00032107 DRON:00019008
1783117831
DRON:00032108 DRON:00019008
17832-
DRON:00032109 CHEBI:52993
17832+
DRON:00032109 CHEBI:6539
1783317833
DRON:00032110 CHEBI:5790
1783417834
DRON:00032111 CHEBI:16714
1783517835
DRON:00032112 DRON:00017208
@@ -23135,7 +23135,7 @@ DRON:00731227 CHEBI:4464
2313523135
DRON:00731227 CHEBI:51209
2313623136
DRON:00731232 CHEBI:27953
2313723137
DRON:00731233 CHEBI:3215
23138-
DRON:00731235 CHEBI:52993
23138+
DRON:00731235 CHEBI:6539
2313923139
DRON:00731236 DRON:00014761
2314023140
DRON:00731239 CHEBI:3242
2314123141
DRON:00731240 DRON:00018108
@@ -24608,7 +24608,7 @@ DRON:00752292 CHEBI:36560
2460824608
DRON:00752293 CHEBI:7445
2460924609
DRON:00752296 CHEBI:59788
2461024610
DRON:00752296 CHEBI:8093
24611-
DRON:00752297 CHEBI:52993
24611+
DRON:00752297 CHEBI:6539
2461224612
DRON:00752298 CHEBI:116735
2461324613
DRON:00752298 CHEBI:135611
2461424614
DRON:00752298 DRON:00018290

‎src/templates/clinical_drug_strength.tsv‎

Lines changed: 32 additions & 32 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1251,9 +1251,9 @@ DRON:00035666 CHEBI:6520 100 UO:0000022
12511251
DRON:00035667 CHEBI:6520 40 UO:0000022
12521252
DRON:00035668 CHEBI:47544 200 UO:0000022
12531253
DRON:00035669 CHEBI:47544 400 UO:0000022
1254-
DRON:00035670 CHEBI:52993 0.5 UO:0000022
1255-
DRON:00035671 CHEBI:52993 1 UO:0000022
1256-
DRON:00035672 CHEBI:52993 2 UO:0000022
1254+
DRON:00035670 CHEBI:6539 0.5 UO:0000022
1255+
DRON:00035671 CHEBI:6539 1 UO:0000022
1256+
DRON:00035672 CHEBI:6539 2 UO:0000022
12571257
DRON:00035673 CHEBI:40303 10 UO:0000022
12581258
DRON:00035674 CHEBI:40303 20 UO:0000022
12591259
DRON:00035675 CHEBI:40303 40 UO:0000022
@@ -2120,7 +2120,7 @@ DRON:00036600 DRON:00018267 50 UO:0000022
21202120
DRON:00036606 DRON:00017962 850 UO:0000022
21212121
DRON:00036607 CHEBI:9435 10 UO:0000022
21222122
DRON:00036608 CHEBI:15365 300 UO:0000022
2123-
DRON:00036609 CHEBI:52993 2.5 UO:0000022
2123+
DRON:00036609 CHEBI:6539 2.5 UO:0000022
21242124
DRON:00036610 CHEBI:8214 15 UO:0000022
21252125
DRON:00036611 CHEBI:9435 20 UO:0000022
21262126
DRON:00036612 CHEBI:9352 100 UO:0000022
@@ -3295,8 +3295,8 @@ DRON:00037950 CHEBI:6121 100 UO:0000176
32953295
DRON:00037951 CHEBI:6121 50 UO:0000176
32963296
DRON:00037952 CHEBI:7983 50 UO:0000176
32973297
DRON:00037954 DRON:00012287 150 UO:0000022
3298-
DRON:00037955 CHEBI:52993 2 UO:0000176
3299-
DRON:00037956 CHEBI:52993 4 UO:0000176
3298+
DRON:00037955 CHEBI:6539 2 UO:0000176
3299+
DRON:00037956 CHEBI:6539 4 UO:0000176
33003300
DRON:00037957 CHEBI:8028 5 UO:0000176
33013301
DRON:00037958 CHEBI:271436 250 UO:0000022
33023302
DRON:00037959 CHEBI:3216 0.3 UO:0000176
@@ -6065,7 +6065,7 @@ DRON:00040915 CHEBI:8364 1 UO:0000022
60656065
DRON:00040916 CHEBI:8364 2 UO:0000022
60666066
DRON:00040918 CHEBI:6128 50 UO:0000022
60676067
DRON:00040919 CHEBI:8362 5 UO:0000022
6068-
DRON:00040920 CHEBI:52993 3 UO:0000022
6068+
DRON:00040920 CHEBI:6539 3 UO:0000022
60696069
DRON:00040921 CHEBI:135556 30 UO:0000022
60706070
DRON:00040922 CHEBI:135556 50 UO:0000022
60716071
DRON:00040923 CHEBI:10110 200 UO:0000022
@@ -10211,7 +10211,7 @@ DRON:00045325 CHEBI:47544 20 UO:0000176
1021110211
DRON:00045326 CHEBI:47544 40 UO:0000176
1021210212
DRON:00045327 CHEBI:6538 10 UO:0000022
1021310213
DRON:00045328 CHEBI:6538 10 UO:0000022
10214-
DRON:00045329 CHEBI:52993 2 UO:0000176
10214+
DRON:00045329 CHEBI:6539 2 UO:0000176
1021510215
DRON:00045330 CHEBI:31784 2 UO:0000176
1021610216
DRON:00045331 CHEBI:31784 5 UO:0000176
1021710217
DRON:00045332 CHEBI:50841 50 UO:0000176
@@ -11603,10 +11603,10 @@ DRON:00046797 CHEBI:7789 15 UO:0000176
1160311603
DRON:00046798 CHEBI:17650 10 UO:0000176
1160411604
DRON:00046800 CHEBI:27701 250 UO:0000022
1160511605
DRON:00046801 CHEBI:8228 15 UO:0000022
11606-
DRON:00046802 CHEBI:52993 1 UO:0000022
11607-
DRON:00046803 CHEBI:52993 2 UO:0000022
11606+
DRON:00046802 CHEBI:6539 1 UO:0000022
11607+
DRON:00046803 CHEBI:6539 2 UO:0000022
1160811608
DRON:00046804 CHEBI:28177 300 UO:0000022
11609-
DRON:00046805 CHEBI:52993 0.5 UO:0000022
11609+
DRON:00046805 CHEBI:6539 0.5 UO:0000022
1161011610
DRON:00046807 CHEBI:36560 850 UO:0000176
1161111611
DRON:00046807 DRON:00018280 100 UO:0000176
1161211612
DRON:00046808 DRON:00013633 0.06 UO:0000176
@@ -13269,7 +13269,7 @@ DRON:00048495 CHEBI:3311 625 UO:0000022
1326913269
DRON:00048496 CHEBI:31794 251 UO:0000022
1327013270
DRON:00048496 CHEBI:3311 300 UO:0000022
1327113271
DRON:00048497 CHEBI:3310 500 UO:0000022
13272-
DRON:00048498 CHEBI:52993 1 UO:0000022
13272+
DRON:00048498 CHEBI:6539 1 UO:0000022
1327313273
DRON:00048500 CHEBI:15356 65 UO:0000022
1327413274
DRON:00048500 CHEBI:15365 250 UO:0000022
1327513275
DRON:00048500 CHEBI:22652 125 UO:0000022
@@ -13677,7 +13677,7 @@ DRON:00048909 CHEBI:31911 8 UO:0000022
1367713677
DRON:00048910 CHEBI:31911 16 UO:0000022
1367813678
DRON:00048912 CHEBI:27470 0.3 UO:0000022
1367913679
DRON:00048912 CHEBI:75832 80 UO:0000022
13680-
DRON:00048913 CHEBI:52993 2 UO:0000022
13680+
DRON:00048913 CHEBI:6539 2 UO:0000022
1368113681
DRON:00048914 CHEBI:31302 6 UO:0000022
1368213682
DRON:00048915 CHEBI:31302 3 UO:0000022
1368313683
DRON:00048916 CHEBI:94314 500 UO:0000022
@@ -21425,9 +21425,9 @@ DRON:00056875 CHEBI:15940 750 UO:0000022
2142521425
DRON:00056875 CHEBI:9150 20 UO:0000022
2142621426
DRON:00056877 DRON:00019008 1 UO:0000022
2142721427
DRON:00056878 DRON:00019008 3 UO:0000022
21428-
DRON:00056879 CHEBI:52993 1 UO:0000176
21429-
DRON:00056880 CHEBI:52993 2 UO:0000176
21430-
DRON:00056881 CHEBI:52993 4 UO:0000176
21428+
DRON:00056879 CHEBI:6539 1 UO:0000176
21429+
DRON:00056880 CHEBI:6539 2 UO:0000176
21430+
DRON:00056881 CHEBI:6539 4 UO:0000176
2143121431
DRON:00056885 CHEBI:15365 500 UO:0000022
2143221432
DRON:00056885 CHEBI:46195 325 UO:0000022
2143321433
DRON:00056886 CHEBI:15365 520 UO:0000022
@@ -32893,8 +32893,8 @@ DRON:00066504 CHEBI:534 100 UO:0000022
3289332893
DRON:00066505 CHEBI:8357 10 UO:0000176
3289432894
DRON:00066507 CHEBI:8093 0.5 UO:0000176
3289532895
DRON:00066508 CHEBI:8093 0.06 UO:0000176
32896-
DRON:00066511 CHEBI:52993 0.1 UO:0000176
32897-
DRON:00066512 CHEBI:52993 0.2 UO:0000176
32896+
DRON:00066511 CHEBI:6539 0.1 UO:0000176
32897+
DRON:00066512 CHEBI:6539 0.2 UO:0000176
3289832898
DRON:00066517 CHEBI:6343 2 UO:0000176
3289932899
DRON:00066520 CHEBI:31624 2.5 UO:0000176
3290032900
DRON:00066520 CHEBI:8485 5 UO:0000176
@@ -35354,7 +35354,7 @@ DRON:00068135 DRON:00019031 1.1 UO:0000176
3535435354
DRON:00068136 CHEBI:37585 480 UO:0000176
3535535355
DRON:00068136 CHEBI:37586 180 UO:0000176
3535635356
DRON:00068142 CHEBI:5818 50 UO:0000176
35357-
DRON:00068145 CHEBI:52993 1 UO:0000176
35357+
DRON:00068145 CHEBI:6539 1 UO:0000176
3535835358
DRON:00068146 CHEBI:15544 0.04 UO:0000176
3535935359
DRON:00068148 CHEBI:82978 156 UO:0000176
3536035360
DRON:00068149 DRON:00019225 100 UO:0000176
@@ -35521,7 +35521,7 @@ DRON:00068480 DRON:00019185 0.0025 UO:0000176
3552135521
DRON:00068481 DRON:00019464 0.09 UO:0000176
3552235522
DRON:00068481 DRON:00020273 0.09 UO:0000176
3552335523
DRON:00068481 DRON:00020274 0.09 UO:0000176
35524-
DRON:00068484 CHEBI:52993 2 UO:0000176
35524+
DRON:00068484 CHEBI:6539 2 UO:0000176
3552535525
DRON:00068485 CHEBI:71193 6 UO:0000176
3552635526
DRON:00068486 CHEBI:17303 15 UO:0000176
3552735527
DRON:00068493 CHEBI:15407 3 UO:0000176
@@ -35564,7 +35564,7 @@ DRON:00068567 CHEBI:102166 20 UO:0000176
3556435564
DRON:00068571 DRON:00016918 4.8 UO:0000176
3556535565
DRON:00068572 CHEBI:3172 50 UO:0000176
3556635566
DRON:00068573 DRON:00016925 0.088 UO:0000176
35567-
DRON:00068574 CHEBI:52993 4 UO:0000176
35567+
DRON:00068574 CHEBI:6539 4 UO:0000176
3556835568
DRON:00068575 DRON:00019464 0.12 UO:0000176
3556935569
DRON:00068575 DRON:00020115 0.12 UO:0000176
3557035570
DRON:00068575 DRON:00020116 0.12 UO:0000176
@@ -39204,18 +39204,18 @@ DRON:00776808 CHEBI:478164 1000 UO:0000022
3920439204
DRON:00776809 CHEBI:478164 500 UO:0000022
3920539205
DRON:00776810 CHEBI:209807 1000 UO:0000022
3920639206
DRON:00776811 CHEBI:209807 2000 UO:0000022
39207-
DRON:00776812 CHEBI:52993 2 UO:0000176
39208-
DRON:00776813 CHEBI:52993 2 UO:0000176
39207+
DRON:00776812 CHEBI:6539 2 UO:0000176
39208+
DRON:00776813 CHEBI:6539 2 UO:0000176
3920939209
DRON:00776814 CHEBI:63611 1.6 UO:0000176
3921039210
DRON:00776815 CHEBI:100241 2 UO:0000176
3921139211
DRON:00776816 CHEBI:100241 2 UO:0000176
3921239212
DRON:00776817 CHEBI:100241 2 UO:0000176
3921339213
DRON:00776818 CHEBI:100241 10 UO:0000176
3921439214
DRON:00776819 CHEBI:100241 10 UO:0000176
3921539215
DRON:00776820 CHEBI:100241 10 UO:0000176
39216-
DRON:00776821 CHEBI:52993 4 UO:0000176
39216+
DRON:00776821 CHEBI:6539 4 UO:0000176
3921739217
DRON:00776822 CHEBI:15365 162.5 UO:0000022
39218-
DRON:00776823 CHEBI:52993 4 UO:0000176
39218+
DRON:00776823 CHEBI:6539 4 UO:0000176
3921939219
DRON:00776824 CHEBI:15365 162.5 UO:0000022
3922039220
DRON:00776825 CHEBI:135611 1 UO:0000176
3922139221
DRON:00776827 CHEBI:6801 1000 UO:0000022
@@ -45199,11 +45199,11 @@ DRON:00951925 DRON:00750833 10 UO:0000176
4519945199
DRON:00951926 DRON:00018259 2 UO:0000022
4520045200
DRON:00951928 CHEBI:5801 100 UO:0000022
4520145201
DRON:00951929 CHEBI:5801 300 UO:0000022
45202-
DRON:00951930 CHEBI:52993 1 UO:0000022
45203-
DRON:00951931 CHEBI:52993 1 UO:0000022
45204-
DRON:00951932 CHEBI:52993 2 UO:0000022
45205-
DRON:00951933 CHEBI:52993 3 UO:0000022
45206-
DRON:00951934 CHEBI:52993 3 UO:0000022
45202+
DRON:00951930 CHEBI:6539 1 UO:0000022
45203+
DRON:00951931 CHEBI:6539 1 UO:0000022
45204+
DRON:00951932 CHEBI:6539 2 UO:0000022
45205+
DRON:00951933 CHEBI:6539 3 UO:0000022
45206+
DRON:00951934 CHEBI:6539 3 UO:0000022
4520745207
DRON:00951935 DRON:00018290 9 UO:0000022
4520845208
DRON:00951938 CHEBI:6456 40 UO:0000176
4520945209
DRON:00951938 CHEBI:9468 10 UO:0000176
@@ -45581,9 +45581,9 @@ DRON:00967427 CHEBI:15676 5 UO:0000176
4558145581
DRON:00967427 CHEBI:6456 40 UO:0000176
4558245582
DRON:00967428 CHEBI:16914 19.5 UO:0000176
4558345583
DRON:00967429 DRON:00965880 5 UO:0000022
45584-
DRON:00967430 CHEBI:52993 1.5 UO:0000022
45584+
DRON:00967430 CHEBI:6539 1.5 UO:0000022
4558545585
DRON:00967431 DRON:00965880 50 UO:0000022
45586-
DRON:00967432 CHEBI:52993 1.5 UO:0000022
45586+
DRON:00967432 CHEBI:6539 1.5 UO:0000022
4558745587
DRON:00967433 DRON:00850349 1 UO:0000022
4558845588
DRON:00967434 CHEBI:46195 325 UO:0000022
4558945589
DRON:00967434 CHEBI:52010 4 UO:0000022

‎src/templates/ingredient.tsv‎

Lines changed: 1 addition & 0 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -2274,6 +2274,7 @@ CHEBI:65347 carfilzomib 1302966
22742274
CHEBI:65349 mirabegron 1300786
22752275
CHEBI:65353 lorcaserin 1300701
22762276
CHEBI:6538 loratadine 28889
2277+
CHEBI:6539 lorazepam 6470
22772278
CHEBI:6541 losartan 52175
22782279
CHEBI:6603 Lypressin 6531
22792280
CHEBI:6633 Mafenide 6572

‎src/templates/obsolete.tsv‎

Lines changed: 1 addition & 1 deletion
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -7918,7 +7918,7 @@ DRON:00997003 obsolete calcium chloride 0.33 MG/ML / glucose 50 MG/ML / potassiu
79187918
DRON:00997004 obsolete calcium chloride 0.2 MG/ML / potassium chloride 0.3 MG/ML / sodium chloride 6 MG/ML / sodium lactate 3.1 MG/ML Injectable Solution owl:Class DRON:00058165
79197919
DRON:00997005 obsolete calcium chloride 0.2 MG/ML / glucose 50 MG/ML / potassium chloride 3.28 MG/ML / sodium chloride 6 MG/ML / sodium lactate 3.1 MG/ML Injectable Solution owl:Class DRON:00789861
79207920
DRON:01002930 obsolete cholecalciferol owl:Class CHEBI:28940
7921-
DRON:01002934 obsolete lorazepam owl:Class CHEBI:52993
7921+
DRON:01002934 obsolete lorazepam owl:Class CHEBI:6539
79227922
DRON:01002935 obsolete prenylamine owl:Class CHEBI:8397
79237923
DRON:01002939 obsolete enoxaparin owl:Class CHEBI:28304
79247924
DRON:01002941 obsolete poloxamer owl:Class CHEBI:32026

0 commit comments

Comments
 (0)