entrypoint.sh

#!/bin/bash

# Stop script if any error is encountered
set -e

# Replace GROBID_SERVER in conf file
sed -i -e "s/localhost/${GROBID_SERVER}/g" /workspace/s2orc-doc2json/doc2json/grobid2json/grobid/grobid_client.py

# Run pdf2text in the doc2json conda env
echo '######################################'
echo '#######    RUNNING pdf2text    #######'
echo '######################################'
cd /workspace/pdf2text
conda run --no-capture-output -n doc2json bash ./pdf2txt.sh

# TODO: move files?

# Run reactionminer example script in the base conda env
echo '###########################################'
echo '#######    RUNNING ReactionMiner    #######'
echo '###########################################'
cd /workspace
python ./run_reactionminer.py

# Run ChemScraper using input PDF and ReactionMiner JSON output
echo '###########################################'
echo '########    RUNNING ChemScraper    ########'
echo '###########################################'
python ./run_chemscraper.py