Skip to content

setup.md

Latest commit

 

History

History
164 lines (112 loc) · 4.54 KB

setup.md

File metadata and controls

164 lines (112 loc) · 4.54 KB

Konfigurer din datamaskin

Hvis du ønsker å bruke din egen maskin til å arbeide med kursmaterialet bør du følge disse instruksjonene.

NB: Som nevnt er dette valgfritt: vi anbefaler at du heller bruker skytjenester som Google Colab til å arbeide med kodematerialet, for slik å unngå potensielle installasjonsproblemer.

Allerede installert, og skal bare tilbake til arbeidet?

Merk at du kun behøver å kjøre gjennom denne oppskriften én gang per maskin du ønsker å bruke. Hvis du har installert alt og bare skal starte opp Jupyter Notebook for å fortsette arbeidet, skriv følgende i din terminal (Anaconda Prompt hvis du bruker Windows) for å (i) gå inn i katalogen du har lagret kursrepositoriet, (ii) laste ned eventuelle oppdateringer, (iii) aktivere Python-omgivelsene og (iv) starte Jupyter Notebook. Hvis du har lagret elmed219-repositoriet et annet sted på maskinen, må du bruke cd (som betyr «Change Directory») til du står inne i korrekt katalog.

cd elmed219-2022 
git pull && conda env update
conda activate elmed219
jupyter notebook

Mac-bruker?

Hvis du bruker MacOS må du først installere Xcode (gratis): https://developer.apple.com/xcode/resources/. Deretter:

  1. Start terminal.app (søk med CMD+SPACE)
  2. Skriv xcode-select --install

GitHub

Kodematerialet hostes på kode-delingsplattformen GitHub (der du også leser dette). Opprett en brukerkonto via denne lenken: https://github.com/join.

Kaggle

Kaggle er et online felleskap for «data scientist» som arrangerer en rekke konkurranser og tilgjengeligjør mange datasett. Vi skal bruke Kaggle i ELMED219, både for kursprosjekter og som kilde til datamaterialet. Opprett en konto her: https://www.kaggle.com.

Anaconda

Python bør installeres via Anaconda Distribution.

Etter installasjon, kjør python --version i et terminal-vindu (på Windows, bruk «Anaconda Prompt»). Hvis output inneholder "Python" og "Anaconda" er du klar for neste steg.

Installer og test kursets programvare-omgivelser

Etter installasjon av Anaconda, gå gjennom følgende steg. Bruk et terminalvindu på GNU/Linux og MacOS, "Anaconda Prompt" på Windows.

Installer Git

conda install git

Last ned kursrepositoriet

git clone https://github.com/MMIV-ML/ELMED219-2022
cd ELMED219-2022

Oppdater conda

conda update -n base -c defaults conda

Konfigurer Python-omgivelsene

conda env update

Aktiver omgivelsene

conda activate elmed219

Installer en Jupyter kernel

python -m ipykernel install --user --name elmed219 --display-name "ELMED219"

Installer environment for imaging

Se setup-img.md for detaljer.

conda env update --file environment-img.yml

Aktiver omgivelsene

conda activate elmed219-img

Installer en Jupyter kernel

python -m ipykernel install --user --name elmed219-img --display-name "ELMED219-IMG"

Test din installasjon:

Gå gjennom notebooken 00-test-installation.ipynb i Lab0.2-MRI-katalogen:

cd Lab0.2-MRI
jupyter notebook  (or, jupyter lab)

Installer PyCaret

Konfigurer Python-omgivelsene

conda env update --file environment-pycaret.yml

Aktiver omgivelsene

conda activate elmed219-pycaret

Installer en Jupyter kernel

python -m ipykernel install --user --name elmed219-pycaret --display-name "ELMED219-PyCaret"

Installer rammeverk for deployment

Konfigurer Python-omgivelsene

conda env update --file environment-deploy.yml

Aktiver omgivelsene

conda activate elmed219-deployment

Installer en Jupyter kernel

python -m ipykernel install --user --name elmed219-deployment --display-name "ELMED219-deployment"

Sett opp extension for interaktive plots

jupyter nbextension enable --py bqplot

Oppdateringer

Nytt innhold vil legges til i repositoriet underveis i kurset. Kjør følgende kommandoer regelmessig for å sikre at du har siste versjon av innholdet:

  • Oppdater kode:
cd elmed219
git pull
  • Oppdater omgivelser:
conda activate elmed219
conda env update

Troubleshooting

  • Hvis du bruker GNU/Linux eller MacOS og kommandoen conda activate elmed219 feiler, kjør source ~/.bash_profile og forsøk igjen.