docker-matlabmcr2018b/Dockerfile at master · murphygroup/docker-matlabmcr2018b · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
FROM ubuntu:16.04 as intermediate

###############################################################################################
MAINTAINER Ivan E. Cao-Berg <icaoberg@andrew.cmu.edu>
LABEL Description="Ubuntu 16.04 + MATLAB MCR 2018b"
LABEL Vendor="Murphy Lab in the Computational Biology Department at Carnegie Mellon University"
LABEL Web="http://murphylab.cbd.cmu.edu"
LABEL Version="2018b"
###############################################################################################

###############################################################################################
# UPDATE OS AND INSTALL TOOLS
USER root
ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    git \
    unzip \
    wget \
    tree \
    curl \
    vim \
    sudo \
    xorg xserver-xorg \
    software-properties-common \
    uuid-runtime

RUN add-apt-repository ppa:webupd8team/java && \
    apt-get update && apt-get upgrade -y && \
    apt-get install -y openjdk-8-jdk && \
    apt-get clean
###############################################################################################

###############################################################################################
# INSTALL MATLAB MCR 2018b
USER root
RUN echo "Downloading Matlab MCR 2018b"
COPY mcr-install /mcr-install
RUN mkdir /opt/mc && \
    cd /mcr-install && \
    ./install -destinationFolder /opt/mcr -agreeToLicense yes -mode silent && \
    cd / && \
    echo "Removing temporary files" && \
    rm -rvf mcr-install
###############################################################################################

###############################################################################################
FROM ubuntu:16.04
COPY --from=intermediate /opt/mcr /opt/mcr
###############################################################################################

###############################################################################################
# CONFIGURE ENVIRONMENT VARIABLES FOR MCR
RUN mv -v /opt/mcr/v95/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 /opt/mcr/v95/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6.old
ENV LD_LIBRARY_PATH /opt/mcr/v95/runtime/glnxa64:/opt/mcr/v95/bin/glnxa64:/opt/mcr/v95/sys/os/glnxa64
ENV XAPPLRESDIR /opt/mcr/v95/X11/app-defaults
###############################################################################################

###############################################################################################
# CONFIGURE ENVIRONMENT
ENV DEBIAN_FRONTEND noninteractive
ENV SHELL /bin/bash
ENV USERNAME murphylab
ENV UID 1000
RUN useradd -m -s /bin/bash -N -u $UID $USERNAME
RUN if [ ! -d /home/$USERNAME/ ]; then mkdir /home/$USERNAME/; fi
###############################################################################################