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Author: Hemanoel Passarelli

docs/hello_nextflow/01_orientation.pt.md

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+# Orientação
+
+O ambiente Gitpod contém todo o software, código e dados necessários para este curso. Você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, é necessária uma conta (gratuita) para logar - e você deveria reservar alguns minutos para se familiarizar com a interface.
+
+Caso ainda não tenha feito isso, siga [este link](../../envsetup/) antes de prosseguir.
+
+## Materiais fornecidos
+
+Ao longo deste curso, trabalharemos no diretório `hello-nextflow/`, que é carregado por padrão quando você abre o ambiente de trabalho do Gitpod. Este diretório contém todos os arquivos de código, dados de teste e arquivos auxiliares que você precisará.
+
+Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do ambiente de trabalho do Gitpod. Alternativamente, você pode usar o comando `tree`. Ao longo do curso, usamos a saída do `tree` para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível - às vezes com pequenas modificações para maior clareza.
+
+
+Aqui, geramos um índice até o segundo nível: 
+
+```bash
+tree . -L 2
+```
+
+Se você executar isso dentro do diretório `hello-nextflow`, verá a seguinte saída:
+
+```console title="Directory contents"
+.
+├── containers
+│   ├── build
+│   ├── data
+│   ├── results
+│   └── scripts
+├── data
+│   ├── bam
+│   ├── greetings.csv
+│   ├── ref
+│   ├── sample_bams.txt
+│   └── samplesheet.csv
+├── hello-config
+│   ├── demo-params.json
+│   ├── main.nf
+│   └── nextflow.config
+├── hello-containers.nf
+├── hello-genomics.nf
+├── hello-modules
+│   ├── demo-params.json
+│   ├── main.nf
+│   └── nextflow.config
+├── hello-nf-test
+│   ├── demo-params.json
+│   ├── main.nf
+│   ├── modules
+│   └── nextflow.config
+├── hello-operators.nf
+├── hello-world.nf
+├── nextflow.config
+└── solutions
+    ├── hello-config
+    ├── hello-genomics
+    ├── hello-modules
+    ├── hello-nf-test
+    ├── hello-operators
+    └── hello-world
+
+18 directories, 17 files
+```
+
+!!!nota
+
+    Não se preocupe se isso parecer muita informação até o momento. Nós passaremos pelas partes relevantes ao longo das etapas do curso. Isso é apenas para te dar uma visão geral.
+
+**Aqui está um resumo do que você deveria saber para começar:**
+
+-   **Os arquivos `.nf`** são *scripts* de fluxo de trabalho nomeados com base na parte do curso em que são utilizados.
+
+-   **Os diretórios `hello-*`** são usados nas partes posteriores do curso, onde trabalhamos com mais de um arquivo de fluxo de trabalho.
+
+-   **O arquivo `nextflow.config`** é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.
+
+-   **O diretório `data`** contém os dados de entrada que usaremos na maior parte do curso. O conjunto de dados é descrito em detalhe na Parte 3, quando o introduzimos pela primeira vez.
+
+-   **O diretório `solutions`** contém os *scripts* de fluxo de trabalho completos resultantes de cada etapa do curso. Eles servem como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. As informações de nome e o número presentes no nome do arquivo correspondem à etapa da parte relevante do curso. Por exemplo, o arquivo `hello-world-4.nf` é o resultado esperado ao completar as etapas 1 a 4 da Parte 1: Hello World.
+
+!!!dica
+
+    Se, por algum motivo, você sair deste diretório, sempre poderá executar este comando para retornar:
+
+    ```bash
+    cd /workspace/gitpod/hello-nextflow
+    ```
+
+Agora, para iniciar o curso, clique na seta no canto inferior direito desta página.