Update translations (manual) (#861)

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* Run pre-commit

* Remove orphaned files

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Co-authored-by: github-actions[bot] <github-actions[bot]@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Phil Ewels <phil.ewels@seqera.io>

Author: github-actions[bot]

docs/de/docs/nf4_science/genomics/00_orientation.md

@@ -1,19 +1,65 @@
-# Orientierung
+# Erste Schritte
 
 <span class="ai-translation-notice">:material-information-outline:{ .ai-translation-notice-icon } KI-gestützte Übersetzung - [mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen](https://github.com/nextflow-io/training/blob/master/TRANSLATING.md)</span>
 
-Die Trainingsumgebung enthält alle Software, den Code und die Daten, die für diesen Trainingskurs notwendig sind, sodass du nichts selbst installieren musst.
-Du benötigst jedoch einen (kostenlosen) Account, um dich anzumelden, und solltest dir ein paar Minuten Zeit nehmen, um dich mit der Oberfläche vertraut zu machen.
+## Eine Trainingsumgebung starten
 
-Falls du dies noch nicht getan hast, folge bitte [diesem Link](../../../envsetup/), bevor du weiter fortfährst.
+Um die vorgefertigte Umgebung zu nutzen, die wir auf GitHub Codespaces bereitstellen, klicke unten auf den Button „Open in GitHub Codespaces". Für andere Optionen siehe [Umgebungsoptionen](../../envsetup/index.md).
 
-## Bereitgestellte Materialien
+Wir empfehlen, die Trainingsumgebung in einem neuen Browser-Tab oder -Fenster zu öffnen (verwende Rechtsklick, Strg+Klick oder Cmd+Klick, je nach deinem Gerät), damit du diese Anleitung parallel zur ladenden Umgebung lesen kannst.
+Du musst diese Anleitung während des Kurses geöffnet lassen.
 
-Während dieses Trainingskurses arbeiten wir im Verzeichnis `nf4-science/genomics/`, in das du wechseln musst, wenn du den Trainings-Workspace öffnest.
-Dieses Verzeichnis enthält alle Code-Dateien, Testdaten und Zusatzdateien, die du benötigst.
+[![Open in GitHub Codespaces](https://github.com/codespaces/badge.svg)](https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master)
 
-Du kannst gerne den Inhalt dieses Verzeichnisses erkunden; am einfachsten geht das mit dem Datei-Explorer auf der linken Seite des Trainings-Workspace in der VSCode-Oberfläche.
+### Grundlagen der Umgebung
+
+Diese Trainingsumgebung enthält alle Software, den Code und die Daten, die für diesen Trainingskurs notwendig sind, sodass du nichts selbst installieren musst.
+
+Der Codespace ist mit einer VSCode-Oberfläche eingerichtet, die einen Datei-Explorer, einen Code-Editor und ein Terminal-Shell enthält.
+Alle Anweisungen während des Kurses (z. B. „öffne die Datei", „bearbeite den Code" oder „führe diesen Befehl aus") beziehen sich auf diese drei Teile der VSCode-Oberfläche, sofern nicht anders angegeben.
+
+Falls du diesen Kurs selbstständig durcharbeitest, mach dich bitte mit den [Grundlagen der Umgebung](../../envsetup/01_setup.md) vertraut, um weitere Details zu erfahren.
+
+### Versionsanforderungen
+
+Dieses Training ist für Nextflow 25.10.2 oder neuer **mit AKTIVIERTEM v2-Syntax-Parser** konzipiert.
+Falls du eine lokale oder benutzerdefinierte Umgebung verwendest, stelle bitte sicher, dass du die korrekten Einstellungen verwendest, wie [hier](../../info/nxf_versions.md) dokumentiert.
+
+## Vorbereitung zur Arbeit
+
+Sobald dein Codespace läuft, musst du zwei Dinge tun, bevor du ins Training einsteigst: Setze dein Arbeitsverzeichnis für diesen spezifischen Kurs und wirf einen Blick auf die bereitgestellten Materialien.
+
+### Das Arbeitsverzeichnis festlegen
+
+Standardmäßig öffnet sich der Codespace mit dem Arbeitsverzeichnis am Root aller Trainingskurse, aber für diesen Kurs arbeiten wir im Verzeichnis `nf4-science/genomics/`.
+
+Wechsle jetzt das Verzeichnis, indem du diesen Befehl im Terminal ausführst:
+
+```bash
+cd nf4-science/genomics/
+```
+
+Du kannst VSCode so einstellen, dass es sich auf dieses Verzeichnis fokussiert, sodass nur die relevanten Dateien im Datei-Explorer in der Seitenleiste angezeigt werden:
+
+```bash
+code .
+```
+
+!!! tip "Tipp"
+
+    Falls du aus irgendeinem Grund aus diesem Verzeichnis herausnavigierst (z. B. wenn dein Codespace in den Ruhezustand geht), kannst du jederzeit mit dem vollständigen Pfad zurückkehren, vorausgesetzt du arbeitest in der GitHub Codespaces Trainingsumgebung:
+
+    ```bash
+    cd /workspaces/training/nf4-science/genomics
+    ```
+
+Schauen wir uns nun den Inhalt an.
+
+### Die bereitgestellten Materialien erkunden
+
+Du kannst den Inhalt dieses Verzeichnisses mit dem Datei-Explorer auf der linken Seite des Trainings-Workspace erkunden.
 Alternativ kannst du den Befehl `tree` verwenden.
+
 Im Laufe des Kurses nutzen wir die Ausgabe von `tree`, um die Verzeichnisstruktur und den Inhalt in lesbarer Form darzustellen, manchmal mit kleinen Änderungen zur besseren Übersicht.
 
 Hier erstellen wir ein Inhaltsverzeichnis bis zur zweiten Ebene:
@@ -22,53 +68,52 @@ Hier erstellen wir ein Inhaltsverzeichnis bis zur zweiten Ebene:
 tree . -L 2
 ```
 
-Wenn du dies innerhalb von `nf4-science/genomics` ausführst, solltest du folgende Ausgabe sehen:
-
-```console title="Verzeichnisinhalt"
-
-.
-├── data
-│   ├── bam
-│   ├── ref
-│   ├── sample_bams.txt
-│   └── samplesheet.csv
-├── genomics-1.nf
-├── genomics-2.nf
-├── genomics-3.nf
-├── genomics-4.nf
-├── nextflow.config
-└── solutions
-    ├── modules
-    ├── nf-test.config
-    └── tests
-
-6 directories, 8 files
-
-```
+??? abstract "Verzeichnisinhalt"
 
-!!!note "Hinweis"
+    ```console
+    .
+    ├── data
+    │   ├── bam
+    │   ├── ref
+    │   ├── sample_bams.txt
+    │   └── samplesheet.csv
+    ├── genomics.nf
+    ├── modules
+    │   ├── gatk_haplotypecaller.nf
+    │   └── samtools_index.nf
+    ├── nextflow.config
+    └── solutions
+        ├── modules
+        ├── nf-test.config
+        ├── part2
+        └── tests
+
+    8 directories, 8 files
+    ```
 
-    Mach dir keine Sorgen, falls das viel erscheint; wir werden die relevanten Teile bei jedem Schritt des Kurses durchgehen.
-    Dies soll dir nur einen Überblick geben.
+Klicke auf das farbige Feld, um den Abschnitt zu erweitern und seinen Inhalt anzuzeigen.
+Wir verwenden klappbare Abschnitte wie diesen, um erwartete Befehlsausgaben sowie Verzeichnis- und Dateiinhalte kompakt darzustellen.
 
-**Hier ist eine Zusammenfassung dessen, was du für den Einstieg wissen solltest:**
+- **Die Datei `genomics.nf`** ist ein Workflow-Skript, das du im Verlauf des Kurses aufbaust.
 
-- **Die `.nf`-Dateien** sind Workflow-Skripte, die nach dem entsprechenden Teil des Kurses benannt sind, in dem sie verwendet werden.
+- **Das Verzeichnis `modules`** enthält Skeleton-Moduldateien, die du während des Kurses ausfüllst.
 
 - **Die Datei `nextflow.config`** ist eine Konfigurationsdatei, die minimale Umgebungseigenschaften festlegt.
   Du kannst sie vorerst ignorieren.
 
 - **Das Verzeichnis `data`** enthält Eingabedaten und zugehörige Ressourcen, die später im Kurs beschrieben werden.
 
-- **Das Verzeichnis `solutions`** enthält Moduldateien und Testkonfigurationen, die aus den Teilen 3 und 4 des Kurses resultieren.
+- **Das Verzeichnis `solutions`** enthält fertige Moduldateien und eine Lösung für Teil 2, die als Ausgangspunkt für Teil 3 dienen kann.
   Sie sind als Referenz gedacht, um deine Arbeit zu überprüfen und eventuelle Probleme zu beheben.
 
-!!!tip "Tipp"
+## Checkliste zur Bereitschaft
 
-    Falls du aus irgendeinem Grund aus diesem Verzeichnis herausnavigierst, kannst du jederzeit mit diesem Befehl zurückkehren:
+Glaubst du, du bist bereit einzusteigen?
 
-    ```bash
-    cd /workspaces/training/nf4-science/genomics
-    ```
+- [ ] Ich verstehe das Ziel dieses Kurses und seine Voraussetzungen
+- [ ] Meine Umgebung läuft
+- [ ] Ich habe mein Arbeitsverzeichnis entsprechend gesetzt
+
+Wenn du alle Kästchen abhaken kannst, kann es losgehen.
 
-Um den Kurs zu beginnen, klicke auf den Pfeil in der unteren rechten Ecke dieser Seite.
+**Um mit [Teil 1: Methodenübersicht und manuelle Tests](./01_method.md) fortzufahren, klicke auf den Pfeil in der unteren rechten Ecke dieser Seite.**