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Author: jvfe

docs/basic_training/orientation.pt.md

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+---
+title: Orientação
+description: Como configurar um ambiente de desenvolvimento para executar Nextflow
+---
+
+# Orientação
+
+O ambiente do Gitpod contem dados de teste que serão utilizados nesse treinamento.
+
+!!! note
+
+    Vá [para este link](../envsetup/index.md) se você ainda não configurou seu ambiente no Gitpod.
+
+## Começando
+
+Você irá completar esse módulo na pasta `nf-training/`.
+
+Nessa pasta você irá encontrar vários arquivos de dados (`ggal`, `index`, `meta`...) e também alguns scripts e arquivos de configuração.
+
+```console
+.
+├── data
+│   ├── ggal
+│   │   └── <data files>
+│   ├── index
+│   │   └── <data files>
+│   ├── meta
+│   │   └── <data files>
+│   ├── prots
+│   │   └── <data files>
+│   ├── reads
+│   │   └── <data files>
+│   └── test
+│       └── <data files>
+├── env.yml
+├── hello.nf
+├── hello_py.nf
+├── modules.hello.nf
+├── nextflow.config
+├── script1.nf
+├── script2.nf
+├── script3.nf
+├── script4.nf
+├── script5.nf
+├── script6.nf
+├── script7.nf
+└── snippet.nf
+```
+
+Cada arquivo será utilizado nesse treinamento.
+
+## Escolhendo uma versão do Nextflow
+
+Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
+
+No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
+
+As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, [aqui](https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases).
+
+Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável `NXF_VER` como mostrado abaixo:
+
+```bash
+export NXF_VER=23.10.1
+```
+
+!!! question "Exercise"
+
+    Abra o [ambiente de treinamento no Gitpod](https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training) e use o seguinte comando para ir até a pasta `nf-customize`. Visualize os arquivos nessa pasta utilizando o comando `tree`:
+
+    ```bash
+    cd /workspace/gitpod/nf-training
+    tree .
+    ```
+
+## Variáveis do ambiente
+
+Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
+
+No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
+
+As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, [aqui](https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases).
+
+Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável `NXF_VER` como mostrado abaixo:
+
+```bash
+export NXF_VER=23.10.1
+```
+
+!!! note
+
+    Esse material requer uma versão igual ou posterior a `NXF_VER=23.10.1`.
+
+Se você exportou a variável `NXF_VER` como acima, execute `nextflow -version` novamente para confirmar que suas mudanças foram aplicadas.