Move getGenomeAttribute function to main

Author: JoseEspinosa

main.nf

@@ -137,6 +137,25 @@ workflow {
     )
 }
 
+/*
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+    FUNCTIONS
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
+*/
+
+//
+// Get attribute from genome config file e.g. fasta
+//
+
+def getGenomeAttribute(attribute) {
+    if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
+        if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
+            return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
+        }
+    }
+    return null
+}
+
 /*
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
     THE END

subworkflows/local/utils_nfcore_chipseq_pipeline/main.nf

@@ -152,14 +152,14 @@ def validateInputParameters() {
 //
 // Get attribute from genome config file e.g. fasta
 //
-def getGenomeAttribute(attribute) {
-    if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
-        if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
-            return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
-        }
-    }
-    return null
-}
+// def getGenomeAttribute(attribute) {
+//     if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
+//         if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
+//             return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
+//         }
+//     }
+//     return null
+// }
 
 //
 // Exit pipeline if incorrect --genome key provided