From f0b148dbb1cadc6010706f07d723a265b153fb4a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Celine Provins Date: Thu, 1 May 2025 10:53:30 -0400 Subject: [PATCH] doc: update the example report for fMRI to a newer version of MRIQC --- docs/source/_static/example_funcreport.html | 587 + ...1ACH001_task-rest_desc-background_bold.svg | 3279 +++ ...-NOT1ACH001_task-rest_desc-carpet_bold.svg | 19066 ++++++++++++++++ ...es-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg | 3279 +++ ...s-NOT1ACH001_task-rest_desc-stdev_bold.svg | 3279 +++ ...-NOT1ACH001_task-rest_desc-zoomed_bold.svg | 3174 +++ docs/source/reports/bold.rst | 2 +- 7 files changed, 32665 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 docs/source/_static/example_funcreport.html create mode 100644 docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-background_bold.svg create mode 100644 docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-carpet_bold.svg create mode 100644 docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg create mode 100644 docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-stdev_bold.svg create mode 100644 docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-zoomed_bold.svg diff --git a/docs/source/_static/example_funcreport.html b/docs/source/_static/example_funcreport.html new file mode 100644 index 000000000..254f06dd0 --- /dev/null +++ b/docs/source/_static/example_funcreport.html @@ -0,0 +1,587 @@ + + + + + + +sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_bold :: MRIQC's BOLD fMRI report + + + + + + + + + + + +
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Basic echo-wise reports

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Standard deviation of signal through time

The voxel-wise standard deviation of the signal (variability along time).

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+Get figure file: sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-stdev_bold.svg + +
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View of the background of the voxel-wise average of the BOLD timeseries

This panel shows a mosaic enhancing the background around the head. Artifacts usually unveil themselves in the air surrounding the head, where no signal sources are present.

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+Get figure file: sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-background_bold.svg + +
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Voxel-wise average of BOLD time-series, zoomed-in covering just the brain

This panel shows a mosaic of the brain. This mosaic is the most suitable to screen head-motion intensity inhomogeneities, global/local noise, signal leakage (for example, from the eyeballs and across the phase-encoding axis), etc.

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+Get figure file: sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-zoomed_bold.svg + +
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Carpetplot and nuisance signals

The so-called «carpetplot» may assist in assessing head-motion derived artifacts and respiation effects.

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+Get figure file: sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-carpet_bold.svg + +
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Extended echo-wise reports

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Voxel-wise average of BOLD time-series

The average signal calculated across the last axis (time).

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+Get figure file: sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg + +
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About

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Errors

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Reproducibility and provenance information

Thanks for using MRIQC. The following information may assist in +reconstructing the provenance of the corresponding derivatives. +

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Execution environmentdocker
Input filename/sub-03286/ses-NOT1ACH001/func/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_bold.nii.gz
VersionsMRIQC24.1.0.dev0+gd5b13cb5.d20240826
VersionsNiPype1.8.6
VersionsTemplateFlow24.2.0
md5sum6462858509954133c8448a10b04757e5
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AcquisitionMatrixPE95
AcquisitionNumber8
AcquisitionTime10:15:56.720000
B0FieldSourcepepolar_fmap0
BodyPartExaminedBRAIN
CoilStringMULTI COIL
ConversionSoftwaredcm2niix
ConversionSoftwareVersionv1.0.20211006
DeviceSerialNumber17057
EchoTime0.039
EchoTrainLength95
EffectiveEchoSpacing0.000608401
EstimatedEffectiveEchoSpacing0.000608401
EstimatedTotalReadoutTime0.0577981
FlipAngle65
ImageOrientationPatientDICOM[0.998569, 0.00766079, 0.0529228, -0.00367802, 0.997181, -0.0749475]
ImageType['ORIGINAL', 'PRIMARY', 'M', 'FFE', 'M', 'FFE']
ImagingFrequency127.804
InPlanePhaseEncodingDirectionDICOMCOL
InstitutionNameSPMMRC Nottingham
InstitutionalDepartmentNameMRI
MRAcquisitionType2D
MTStateFalse
MagneticFieldStrength3
ManufacturerPhilips
ManufacturersModelNameAchieva
ModalityMR
ParallelAcquisitionTechniqueSENSE
PartialFourierDirectionPHASE
PartialFourierEnabledYES
PatientPositionHFS
PercentPhaseFOV100
PercentSampling100
PhaseEncodingAxisj
PhaseEncodingDirectionj
PhaseEncodingStepsNoPartialFourier95
PhilipsRescaleIntercept0
PhilipsRescaleSlope0.818071
PhilipsScaleSlope0.00153639
PixelBandwidth2328
ProcedureStepDescriptionH1408201447
ProtocolNameWIP rs-fmri_singleMB4_HF0.8
ReconMatrixPE96
RepetitionTime1.15
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ScanOptionsFS
ScanningSequenceGR
SequenceVariantSK
SeriesDescriptionrs-fmri_singleMB4_HF0.8
SeriesNumber801
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SoftwareVersions5.3.0\5.3.0.3
SpacingBetweenSlices2.4
StationNamePHILIPS-T6O3EHP
TaskNamerest
TotalReadoutTime0.0577981
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aor0.0037614999999999997
aqi0.023297618900000004
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tsnr25.0640248588752
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a/docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg b/docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg new file mode 100644 index 000000000..bacac4225 --- /dev/null +++ b/docs/source/_static/sub-03286/figures/sub-03286_ses-NOT1ACH001_task-rest_desc-mean_bold.svg @@ -0,0 +1,3279 @@ + + + + + + 2025-04-30T20:28:54.690849 + image/svg+xml + + + Matplotlib v3.8.2, https://matplotlib.org/ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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input functional timeseries will be generated in the path ``/reports/sub-IDxxx_task-name_bold.html```. An example report is given -`here `_. +`here <../_static/example_funcreport.html>`_. The individual report for the functional images is structured as follows: