FIX: Adds inputs to the copying of aseg_presurf to aseg.mgz.

Author: David Ellis

nipype/workflows/smri/freesurfer/autorecon3.py

@@ -622,6 +622,9 @@ def out_aseg(in_aparcaseg, in_aseg, out_file):
                                        ['out_file'],
                                        out_aseg),
                               name="Aseg")
+        ar3_wf.connect([(aparc_2_aseg, apas_2_aseg, [('out_file', 'in_aparcaseg')]),
+                        (inputspec, apas_2_aseg, [('aseg_presurf', 'in_aseg')])])       
+
     apas_2_aseg.inputs.out_file = "aseg.mgz"